4月20日，2016自然指数排行榜（Nature Index 2016 Tables）正式发布，中国科学院位列全球首位。根据同时发布的2012-2015年自然指数数据，中科院已连续四年位列该排行榜全球第一。2016自然指数排行榜显示，中科院在全球科研机构综合排名中高居榜首且分值相较上年有小幅增长，美国哈佛大学和法国国家科研中心位列第二、三位。
同时，中科院在化学、地球与环境科学、物理科学三个学科领域均力压群雄、排名第一，在生命科学领域排名全球第九。2016自然指数排行榜国家与地区排名显示，中国是全球高质量科研论文的第二大贡献国，仅次于美国。在自然指数排列前十的国家中，只有中国在三年间呈现两位数的年均增长率。
自然指数于2014年11月首次发布，纳入指数的68种自然科学期刊由在职科学家所组成的两个独立小组选出，评选小组组长分别为伦敦大学学院教授John Morton和伦敦国王学院博士孙引飚。
自然指数有三种计量方法来追踪作者的单位信息，其中论文计数 (AC)指不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值；分权式计量（FC）考虑的是每位论文作者的相对贡献；加权分权式计量（WFC）即为FC增加权重，以调整占比过多的天文学和天体物理学论文。
美国时间4月20日，自然出版集团发布最新的自然指数，NatureIndex 2016，全面衡量全球各个国家/地区、科研院所、高等学校、以及产业机构的高水平论文产出，并评估各个院校在化学、地球与环境科学、生命科学、以及物理科学四个核心学科领域的排名。中国科学院在综合排名以及三个核心学科均力压群雄，高居榜首。而以北大清华为首的各个高校，也都表现优异。
特别令人惊喜的是，多家中国产业机构进入了全球50强，令人刮目相看。与全球大学研究影响力排名类似，自然指数基于客观数据而排除主观印象，注重学术产出而忽略其他因素，因而能客观公正准确反映各个机构研究产出和影响力，体现中国科研在向质变飞跃过程中的量变过程。在国家与地区排名之中，美国毫无悬念地排在第一，中国屈居第二，得分差不多只有美国的三分之一，差距仍然十分悬殊。
但是也需要看到，纵向比较中国在增长，而美国在下降，双方差距在缩小。德国、英国、和日本名列五强，而中国的台湾地区也排在全球第18名，略微落后于新加坡。值得注意的是，老牌超级大国俄罗斯落在台湾后面，仅排名19。毫无悬念第一的美国，当然是因为美国科学家高质量的科学研究，2015年在国际顶级学术期刊发表的论文数量也遥遥领先他国。
高质量论文加权指数是中国的三倍，高质量论文数量为26000篇，占全世界总数的40%。不过2012年以后，美国的想对贡献逐渐下降。中国的论文加权指数6478.34，论文数量为9666。中国的高质量论文指标正在追赶美国，虽然仍然远远落后，但是增长速度明显，按照这个趋势，不久的将来和美国平齐似乎没有悬念。
2012年以后，中国科学家在高水平杂志上发表论文指数每年增加13%（数量增加14%），相当于每年增加3000篇论文。当然中国的科技人员数量也非常多，OECD数据显示2014年为150万科研人员，这一规模略少于欧盟的总数。但是中国科研人员在产业人员中的比例仍然比较低，没1000人中平均2名科研人员。而欧盟每1000人中平均8名。按照这样的比例，中国的科研队伍可以扩大4倍？！
第三名的德国虽然比中国少不少，但是要知道，德国的科研人员数量只有36万，相当于中国的1/4，而论文数量也接近中国，说明中国的科研平均水平远低于德国，我们是依靠人海战术取胜的。