唐代诗人李正封曾写诗赞美牡丹：“国色朝酣酒，天香夜染衣”，至此牡丹有了“国色天香”的美誉。自隋唐牡丹从荒野进入宫廷，一千多年来经过历代育种者和园丁的辛勤培育，牡丹已经与它山野中最初的模样发生了天翻地覆的变化，形成了白、粉、红、紫、黒、蓝、绿、黄和复色这九大色系，上千个品种。在这些花色中，白、粉、红和紫色是牡丹中较为常见的颜色，而黑、蓝、绿和黄色在传统牡丹中是比较稀缺的。
在牡丹爱好者之间经常存在着“黑牡丹不黑、黄牡丹不黄、绿牡丹不绿”的说法。
关于是否存在真正黄色的牡丹，在很长一段时间里，这一直是个谜，直到1906年法国植物学家A. Franchet发表了两个野生牡丹：Paeonia delavayi（紫牡丹）和P. lutea（黄牡丹），植物学界才首次见到了真正开黄色花的牡丹。
这两个野生种都是法国传教士Delavayi在中国云南发现并采集的，其中黄牡丹（P. lutea）采集自云南洱源，花为金黄色。植物学家对中国西南地区的野生牡丹资源调查后发现，黄牡丹的分布范围极广，在云南昆明、大理、香格里拉、德钦以及西藏林芝市的林芝县、米林县和波密县等地区都有分布。至此，黄牡丹的神秘面纱才被揭开。
野生黄牡丹虽然有亮丽的黄色花，但花朵很小，同时适应性较差，不耐高温和严寒，直接驯化作为园艺花卉的效果较差。
而小花的野生黄牡丹和园艺栽培的大花栽培牡丹亲缘关系较远，虽然它们同属于芍药科芍药属牡丹组，但却分属于不同的亚组，黄牡丹属于肉质花盘亚组，而园艺栽培的大花型的传统牡丹（P. × suffruticosa）属于革质花盘亚组，不同亚组之间存在严重的生殖隔离，杂交极难形成种子，即使形成种子也很难发芽，因此巴黎的园艺学家Maxime Cornu教授曾断言这个种在园艺育种中将一事无成。
但打脸来的太快，与Maxime Cornu教授同时期的Victor Lemoine教授和Louis Henry 教授在利用种子培育出黄牡丹之后，就尝试利用黄牡丹做母本和从中国引入的传统栽培牡丹（花大，高度重瓣）进行杂交，经过大量的尝试和失败之后，1904年Victor Lemoine教授率先获得成功，杂交出了首个黄色重瓣大花栽培牡丹品种‘La Lorraine’，1908年Louis Henry 教授也获得了成功，杂交出了迄今在世界范围内流传非常广的黄色牡丹品种‘Souvenir du Prof. Maxime Cornu’（金阁）。
之后，Victor Lemoine和他的儿子Emile Lemoine又陆续培育出诸多黄色系新品种。
第一次世界大战期间Lemoine家族的黄色牡丹新品种在美国牡丹芍药协会（American Peony Society，APS）的展览上出现引起了巨大的轰动，也带动了美国一些育种者加入到培育黄色牡丹新品种的队伍中来。这其中成果最突出的育种家是A. P. Saunders。
Saunders意识到Lemoine培育的品种虽然花色新颖，但它们中的大多数继承了黄牡丹花梗细弱的特点，细弱的花梗无法支撑起巨大的花朵，多数品种花朵有垂头的问题，甚至部分品种的花是完全下垂的，这使得观赏性大打折扣。为了尽量避免杂交后代出现花头下垂的问题，Saunders选择了花梗更直立且强壮，花型多为单瓣或半重瓣的日本传统栽培牡丹品种作为父本与滇牡丹（黄色和紫红色的类型都有）进行杂交。
中国虽然是滇牡丹的原产国，但黄牡丹被发现的时间正是中国最后一个封建王朝清朝的统治末期，整个中国都处在内忧外患之中。在之后的几十年里，观赏园艺也几乎处于停滞发展的状态。新中国成立之后中国牡丹迎来了新的发展，改革开放之后国内外信息交流更加顺畅，国外滇牡丹育种的信息也传入了国内。
二十世纪末甘肃省林业科技推广总站的李嘉珏团队和兰州和平牡丹园的陈德忠高工等最先开始牡丹野生资源的调查与引种工作，并在兰州建立了野生牡丹引种驯化基地，几乎同时期北京林业大学的王莲英教授团队也在洛阳栾川建立了芍药科迁地保育基地，这两个基地都对滇牡丹进行了较为系统的收集和保存。