中科院学部自1955年6月1日正式成立，至今已走过60余年的风雨历程。60余年来，学部的变动之大，不仅中科院历史上少有，在世界各国科学院历史上也不多见。从1955年成立时作为中科院的学术领导机构，到1981年确定为中科院的最高决策机构，再到1984年重新定位为国家在科学技术方面的最高咨询机构，学部的性质和职能都发生了很大的变化。
2013年以来，中科院党组提出了构建科研院所、学部、教育机构“三位一体”的发展架构，实现出成果、出人才、出思想的战略使命，学部原有的职能有所恢复。在全国全面深化改革的形势下，中科院于2014年启动了以实施“率先行动”计划为核心的全面改革，学部承载着新的使命，也面临着新的发展机遇。
学部60年的历史，可以分为4个时期。
1.2.1学部发展早期阶段（1955—1966年）该阶段学部定位为中科院的学术领导机构，分学部领导各学部所属研究所的科研业务工作。1.2.2学部发展的新时期（1979—1983年）“文革”刚开始，学部就被当作“专家治院”的所谓资产阶级科技路线的产物而被撤销了，被迫中止活动10余年。
1.2.3学部职能转变，向院士制度过渡时期（1984—1993年）为适应面向经济建设的科技体制改革的新形势，中共中央和国务院于1983年底对中科院的基本任务、办院方针和领导体制等问题提出了改革建议。
1.2.4院士制度的发展和改革完善时期（1994年至今）1984年以来，学部的定位没有变化，学部的职责和使命进一步明确，即负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询，对国家经济建设和社会发展中的重大科学技术问题提出研究报告，对学科发展战略和中长期目标提出建议，对重要研究领域和研究机构的学术问题进行评议和指导。