青藏高原作为世界上平均海拔最高、地质历史最年轻的高原，享有“世界屋脊”和“第三极”的美誉。青藏高原的隆升和第四纪时期剧烈的气候震荡对该区域内物种的遗传结构和地理分布产生了深远影响，并影响全球生态格局。青藏高原拥有独特的环境和丰富生物资源，是全球生物多样性热点地区之一，也是探索物种适应性进化、物种多样性及物种对第四纪冰期的响应等科学问题最理想的区域。
梅花草属隶属于卫矛科，主要分布于北温带高山地区，我国西南部山区是该属分布和分化的中心区域。长期以来，梅花草属的系统位置存在较大争议，且存疑物种较多，亟须建立全面可靠的系统发育关系。中国科学院西北高原生物研究所青藏高原植物适应与进化学科组以梅花草属25个物种及卫矛科23为研究材料，利用高通量测序平台获取并组装质体基因组和核糖体DNA序列。
研究结合GenBank数据库已发布的蔷薇超目质体基因组序列，采用最大似然法和贝叶斯法构建了梅花草属高分辨率的系统发育树，支持了大量分类学修订建议——梅花草属为单系，且与卫矛科的亲缘关系最近。
研究通过分歧时间估算发现，梅花草属于渐新世开始分化，中新世早期和中期的造山运动和亚洲季风促进本属的物种多样性和分布区域的扩散，中新世晚期或上新世时期青藏高原的最终抬升和气候振荡共同推动了梅花草属物种的快速辐射演化。
乌头属多倍化、杂交和基因流交流频繁，导致物种形成和遗传分化的研究难度较大。铁棒锤和伏毛铁棒锤是乌头属多年生的草本植物，主要分布在青藏高原及其毗邻地区。
两种铁棒锤形态特征相似，是研究青藏高原区域物种形成和演化历史的理想材料。研究利用二代测序技术获取铁棒锤与伏毛铁棒锤的叶绿体基因组。研究通过叶绿体基因组结构比较发现，铁棒锤与伏毛铁棒锤在叶绿体基因组的基因内容、基因顺序、GC含量、密码子偏好性、IR/SC边界的扩张和收缩等方面具有微小的差异。系统发育分析结果表明，铁棒锤与伏毛铁棒锤未按照形态物种聚类，不是相互独立的单系。
蒿属腺毛蒿组以密被腺毛和粘质柔毛而得名，大部分为青藏高原特有种，主要分布在青藏高原东南边缘。由于特殊的地理分布，使该组物种在之前有关蒿属的研究中很少出现。研究利用二代测序技术Illumina和三代测序技术PacBio，分别对蒿属腺毛蒿组的甘青蒿进行测序，并分别组装及混合组装。通过PCR验证，混合组装获得的叶绿体基因组最为准确。
结构分析发现重复序列在叶绿体基因组中的分布存在一定差异，光系统II和核糖体大亚基基因具有较高的核苷酸替代率。系统发育分析发现，腺毛蒿组嵌在艾组中，蒿属或为多系起源，与亚菊属和菊属的系统发育关系需要进一步研究。
莛子藨为忍冬科莛子藨属的一种多年生草本植物，主要分布在青藏高原东北部及邻近高山地区，为东亚特有种。
基于cpDNA与低拷贝核基因对莛子藨13个居群的遗传多样性、群体遗传结构进行分析，并对动态历史和适生区进行模拟，结果显示位于高原边缘和周边区域的莛子藨居群的遗传多样性水平较高，且cpDNA分化水平高于核基因，表明物种经历过从低海拔山地往高原台面的扩张。
研究工作得到第二次青藏高原科学综合考察研究、中科院战略性先导科技专项、中科院-青海省人民政府三江源国家公园联合研究专项、青海省国际合作计划、青海省应用基础研究计划、青海省作物物种分子育种重点实验室等的支持。