6月7日，2018自然指数年度榜单（Nature Index 2018 Annual Tables）正式发布，中国科学院位列该榜单全球十大科研机构首位。此前，中科院已连续6年位列自然指数全球首位。全球十大科研机构排名2至10位的分别是美国哈佛大学、德国马普学会、法国国家科研中心、美国斯坦福大学、美国麻省理工学院、德国亥姆霍兹国家研究中心联合会、日本东京大学、美国加州大学伯克利分校、英国剑桥大学。
自然指数年度榜单展现了最近3年各个国家、机构和公司在指数入选期刊上的年度科研产出及排名情况。根据此次的榜单，美国仍是世界上高质量科研论文的最大贡献国，中国和德国位居其后。尽管美国的科研产出较上一年略有下降，但依然保持领先地位。美国高质量科研产出仍是中国的两倍多，而中国也延续着急速上升之势。除美国外，中国、德国、南非、巴西都是所在区域的领先者。
其中，中国是自然指数十大贡献国中唯一实现指数值正增长的国家。自然指数创始人David Swinbanks表示，中国持续和显著地提升了指数中的地位，中科院继续居于指数榜首，北京大学、清华大学、南京大学、中国科学技术大学这4所中国大学已位居全球大学研究机构25强之列。与前一年相比，中国有49家科研机构提升了在全球500强科研机构榜单中的排名，另有14家中国机构新进入了全球500强，仅有15家位次下滑。
相比之下，美国有62家机构排名上升，74家下滑。位居自然指数整体排名第五位的日本只有4家机构排名上升，15家下滑。该榜单还列出了自然指数全球十大企业科研机构，分别是瑞士霍夫曼·罗氏公司、美国IBM公司、瑞士诺华公司、美国默克公司、英国阿斯利康公司、美国辉瑞公司、英国葛兰素史克公司、新西兰GNS Science、韩国三星集团、美国安进公司。
自然指数由施普林格·自然（Springer Nature）旗下自然科研（Nature Research）编制，于2014年11月首次发布，通过追踪高质量自然科学期刊所发表的科研论文的作者信息，为科研共同体提供有关全球科研状况和出版趋势的信息。自2018年6月起，纳入自然指数的期刊数量已由原先的68本增至82本。
自然指数目前采用两种计算论文产出的方法，其中论文计数 (AC)指不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值；分数式计量（FC）则考虑了每位论文作者的相对贡献。