三色堇育种的历史可以追溯到莎士比亚时代，他在《仲夏夜之梦》中提到了三色堇，这种花因丘比特的爱情之箭而成为爱情的象征。人们从自然界的野生种身上培育出现在的美丽的三色堇品系，已经花了将近两百年的时间。早在公元前4世纪，希腊人就对三色堇十分熟悉，它的起源地是欧洲大陆。三色堇和香堇菜在欧洲栽培历史悠久，被许多园丁培育并进行杂交选育。
我们现在称之为“三色堇”的大花三色堇最早起源于英格兰白金汉郡的Iver Grove庄园。在19世纪早期，冈比亚勋爵和他的园丁威廉·汤普逊在庄园里开始对不同种类的堇菜属植物进行杂交。通过三色堇、高山堇菜和一种源于俄罗斯的蓝花阿尔泰堇菜进行杂交，不断创造出花色特异与花朵大小明显增加的植物——大花三色堇。
从1814年到1830年，花卉学家们一直致力于获得花朵更大斑纹更明显的品种。通过杂交选育，威廉·汤普逊于1839年终于发现了一类品系，花瓣上不再有深色的“胡子”线条，而是下面的三个较低花瓣（唇瓣及两侧翼瓣）上有大块的黑斑，叫做“脸”，并将其命名为“Medora”。这种大花三色堇和它的后代，成为当时及其后相当长一段时间整个欧洲的园丁和种植者中的广泛流行的品种。
从1860年起，苏格兰成为培育大花三色堇的主要地区，当地的花商们十分热情致力于其文化传播和品种改良。得益于苏格兰的地域优势，处于北方较冷的气温在很大程度上使得大花型品种生长缓慢花期得以延长，这使得大花品种的美感在当地得以完美展现。
自1860年，第一批大花三色堇种子由美国进入日本，花色绮丽颇具亚洲审美的品种开始不断被创造出来。第二次世界战后，以铃木章教授及其学生平塚弘子和早野雪枝为代表的个人育种家开始以原生种为杂交亲本进行杂交选育，但当时以坂田和龙汫公司为代表的商业化育种及品种推广逐渐成为主流。