科研人员成功构建树鼩基因组数据库

来源: 中国科学院昆明动物研究所

发布日期: 2014-12-02 13:33:15

科研人员成功构建了一个信息含量丰富、使用方便、分析工具齐全的树鼩基因组数据库,旨在为树鼩生物学研究提供一个有利的交流平台。

树鼩是一种分布于南亚、东南亚及我国南部地区的小型哺乳动物。由于其与灵长类动物亲缘关系近,且成体个体小,繁殖周期较短,养殖成本低,树鼩具有作为新型实验动物的美好前景,且一直有提议用于替代生物医学研究中使用的非人灵长类动物。

前期中国科学院昆明动物研究所动物模型与人类疾病机理重点实验室、深圳华大基因研究院合作完成了树鼩基因组草图,注释了相关基因,从基因组水平证实树鼩是灵长类的近亲,阐明了树鼩用于若干疾病模型创建的遗传基础,该研究结果2013年发表在Nature Communications期刊后,掀起了树鼩研究的热潮。

树鼩基因组的完成为研究人员提供了大量基础数据,更多关于树鼩基因功能、药物靶点、疾病模型等研究正在如火如荼地进行中。然而,由于种种原因,一些研究人员难以高效地利用这些海量的树鼩基因组数据。

为了让众多研究者能方便地访问树鼩基因组的数据资源,获取对树鼩基因功能研究有用的信息或线索,来自姚永刚学科组的范宇和余丹丹整合了现有树鼩基因组相关数据,更新了相关基因预测信息,构建了一个信息含量丰富、使用方便、分析工具齐全的树鼩基因组数据库。树鼩基因组数据库设计了3个功能模块组成:检索模块、数据分析模块、数据传送模块。

检索模块提供了“一站式”检索功能,使用户可以浏览到树鼩所有注释基因的相关信息,包括基因名、基因位置、基因序列和对应的蛋白质序列、同源基因、基因的功能注释、基因表达谱信息等,而且可以链接到相应的数据库,以便进一步获取信息。

数据分析模块整合了一些常用软件,比如Blast,Muscle,GeneWise等,并自主编写了一些序列处理软件,如ExtractSeq,ReverseSeq,TranslateCDS。在数据传送模块,用户可以下载树鼩基因组相关数据、分析结果或将结果传送到个人电子邮箱中。目前,树鼩基因组数据库已经对外开放。相信该数据库的发布将为树鼩生物学研究提供一个有利的交流平台。

关于该数据库的详细描述,近期发表在Scientific Reports期刊。

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