2016年4月20日，2016自然指数排行榜（Nature Index 2016 Tables）正式发布，中国科学院位列全球首位。根据同时发布的2012-2015年自然指数数据，中科院已连续四年位列该排行榜全球第一。2016自然指数排行榜显示，中科院在全球科研机构综合排名中高居榜首且分值相较上年有小幅增长，美国哈佛大学和法国国家科研中心位列第二、三位。
同时，中科院在化学、地球与环境科学、物理科学三个学科领域均力压群雄、排名第一，在生命科学领域排名全球第九。2016自然指数排行榜国家与地区排名显示，中国是全球高质量科研论文的第二大贡献国，仅次于美国。在自然指数排列前十的国家中，只有中国在三年间呈现两位数的年均增长率。
自然指数于2014年11月首次发布，纳入指数的68种自然科学期刊由在职科学家所组成的两个独立小组选出，评选小组组长分别为伦敦大学学院教授John Morton和伦敦国王学院博士孙引飚。
自然指数有三种计量方法来追踪作者的单位信息，其中论文计数 ( AC ) 指不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个 AC 分值；分权式计量（FC）考虑的是每位论文作者的相对贡献；加权分权式计量（WFC）即为 FC 增加权重，以调整占比过多的天文学和天体物理学论文。