《中国科学院“率先行动”计划暨全面深化改革纲要》提出按照创新研究院、卓越创新中心、大科学研究中心、特色研究所等四种类型，对现有科研机构进行分类改革。为稳步推进分类改革试点工作，中科院研究制定了《四类机构的标准、启动程序与共性政策》。
一、四类机构分类改革的目标
1、根据“四个率先”和深化科技体制改革要求，在院所两级法人管理体制的基础上，针对不同类型科研活动的特点和规律，改革科研组织模式和管理体制，构建四类新型机构，作为院机关分类进行业务布局、业务管理、资源配置和考核评价的主体，形成新型院所治理体系。
2、通过分类改革，确立四类机构在国家创新体系中各自不可替代的定位，破除跨所的法人壁障，克服分散封闭、交叉重复等碎片化和孤岛现象，将我院综合优势建制化，促进重大产出，为实现“四个率先”提供体制机制保障。
3、四类机构是加强院统筹布局的新型组织模式，在集成研究所优势的基础上组建，应成为科技体制改革的试验田、凝聚培养人才的高地、集成院所两级“重大突破”和“重点培育方向”核心优势的汇聚地、承担重大科技任务的主要载体、原始创新和关键技术突破与系统集成的发源地。
4、鼓励以学科建设和基础研究为主的研究所，与院属大学深度融合，形成科研与教育紧密结合的创新模式。
总体上看，通过改革逐步建立院所新型治理体系，其中，院层面重点对四类机构进行业务管理，强化调控能力，抓重大、抓集成、抓综合。四类机构按研究性质分类，院资源给予重点支持，实行重大产出导向、重大任务牵引、协同创新管理。
二、四类机构的基本标准
四类机构各具特色，分别代表了我院科研活动组织的不同类型，其标准可从不可替代的定位、有显示度的重大贡献、协同创新的体制机制等三个基本方面来表征。
三、四类机构的启动程序
1、业务局提出各类机构组建的建议。根据“率先行动计划”总体要求和四类机构的标准，提出相关机构组建的建议书，明确重大产出目标。
2、院长办公会议审定拟启动的各类机构候选名单和实施方案制定的牵头人与责任部门。
3、组织制定实施方案。制定过程中要充分听取院内外相关方的意见，与院机关各相关部门互动研究提出给予支持的政策。
4、规划局会同有关部门组织对实施方案的咨询论证。根据不同机构的特点，组织不同的专家进行咨询论证，充分发挥院学术委员会的作用。
5、秘书长办公会协调实施方案的相关事项，决定是否提请院长办公会审议。
6、院长办公会审议决策，批准实施方案，正式启动筹建。
7、筹建组负责筹建工作，相关局指导督促。若筹建期较长可组织中期评估。
8、规划局会同有关部门对照实施方案，组织评估验收。
9、院长办公会审议批准验收结果，正式任命管理团队。10、院长与管理团队的主要负责人签订目标任务书。
四、总体要求与共性政策
（一）总体要求
根据四类机构的标准和特点，院机关加强系统的顶层设计，总结经验吸取教训，开拓视野结合国情，创新管理思路，构建符合不同类型科研活动特点和规律的新体制、新机制，既保证四类机构能够凝聚和稳定核心骨干和优势力量，在重要方向和领域联合攻关，又能激发研究所改革发展的活力。
一是做好宏观布局。面向世界科技前沿、面向国家重大需求、面向国民经济主战场，有效集成我院优势力量，统筹布局四类机构。
二是分类设计体制机制及配套政策。根据四类机构的标准和特点，分类设计，包括明晰责权利关系的治理结构、管理运行机制、资源配置模式、人事管理等配套政策。
三是制定改革路线图和时间表。试点先行，树立标杆，形成可复制、可推广的制度和模式，逐步推开，“十三五”期间建立四类机构并逐步完善体制机制。
四是与国家科技体制改革和事业单位分类改革同步推进。四类机构建设是我院科技体制改革的重大举措，要按照国家深化科技体制改革、事业单位分类改革的统一部署，做好衔接，统筹协调，同步推进。
（二）共性政策
四类机构建设试点过程中，在宏观管理、经济资源配置、人事政策、业务管理、考核评价等方面试行以下共性政策。
1、四类机构的宏观管理。院机关对四类机构实行分类管理，主要是战略重点布局、人财物资源组合配置、考核评价与制度建设等。
2、四类机构的经济资源配置。按照“定位准确、规模合理、标准清晰、综合预算”的原则，根据任务要求，分类支持四类机构的人员经费、运行经费、科研经费、条件建设经费等。
3、四类机构的人事政策。一是人力资源配置。非法人四类机构原则上不新增编制，新设法人机构的编制从原单位划转，需要从院外招聘人员的，新增编制根据四类机构建设需要核定。
4、四类机构的业务管理。四类机构的业务主管部门分工是：卓越创新中心由前沿局负责；创新研究院由重大任务局和科发局负责；大科学研究中心的建设运行由条财局负责，相关科研任务部署按照业务管理分工由相关业务局负责；特色研究所由科发局和重大任务局负责。
5、四类机构的考核评价。依据四类机构目标任务书，院对四类机构进行考核评价，包括年度报告、中期诊断、五年周期性评估。