6月20日，自然出版集团以《自然》杂志增刊形式发布了“自然出版指数（Nature Publishing Index：NPI）（2012）”全球排名（TOP 200），中国大陆科研机构占据9席，比2011年增加了6席。中国科学院以总贡献点数（Corrected Counts：CC）37.88，在全球位列第12，比2011年上升了10位；中国科大位列第72；清华大学位列第88。
同时，“自然出版指数（2012）”还显示：2012年，中国科学院在《自然》及其子刊上发表的生命科学、物理、化学、地球和环境科学四大学科领域研究型论文总贡献点数在中国大陆机构均位列第一；清华大学、华大基因、中国科大、浙江大学分别在化学领域、生命科学领域、物理学领域、地球和环境科学领域位列第二。
自然出版集团同时表示，2011年以来的“自然出版指数”也反映了中国大陆高质量科研产出正在迅速提升。2012年，在所有《自然》及其子刊上发表的研究型论文中，有8.5%的论文（303篇）来自中国大陆作者。
“自然出版指数（2012）”所有内容均可以在Nature网站下载（nature.asia/publishing-index-global）。该指数根据2012年发表的研究论文的数据进行统计，同时还提供从2008到2011年的历史数据。