8月25日凌晨，微信公众号《赛先生》发表文章“赛先生周年记：让流言走开 让科学前行”。文章作者署名——赛先生出品人张赋宇。文章透漏，该微信公众号的三位创始主编北京大学教授饶毅、清华大学教授鲁白、美国国家科学院院士谢宇，确实已经离开。至此，关于《赛先生》长达一个月之久的控制权争夺、主创团队调整、主编离职等传言，终于坐实。2014年7月21日，《赛先生》正式上线，每天推送一期科普类文章。
由于内容和形式新颖，并由三位来自不同领域的顶尖科学家坐镇，上线后很快引起科学家群体以及媒体的关注。
《赛先生》推送的每篇文章下方“关于我们”位置，三位创始主编的名字已悄然换下，而改为“《赛先生》由百人传媒投资和主办，全球范围内邀请顶尖科学家轮值担任主编”。据了解，百人传媒于2014年3月7日成立，在上海自贸试验区登记，注册资本1千万元，投资《三剑客》、《赛先生》两个产品，法人代表张赋宇。
对于三位创始主编的离开，张赋宇在文中称，“固定不变的主编容易形成固守的观念，而轮值主编制的好处是每轮换一次，新的主编会带来新的思想、新的视野、新的活力。”
8月18日，新浪微博用户“华夏凯奇”发布系列图片文章，披露了创始主编的此次出走与《赛先生》的控制权争夺战有关。据称，文章正是由三位创始主编之一的饶毅所写。
该文章认为，作为传播科学的媒体平台，《赛先生》应该由科学家主导，其控制权和股权应该分开，科学家主管控制权。“而他坚持一人做主”，“我们三人与他的矛盾起因于他要做我们的老板”，“他不受约束用赛先生的名义做我们不同意的事情”，文字中可见不满情绪。文章中所说的“不同意的事情”，即是张赋宇等人利用赛先生来谋取私利。
今年3月25日开始的“科学中国行”活动正是双方争议的焦点之一。
当第一场活动在复旦大学拉开序幕的时候，张赋宇表示，这是科学思想的一次中国之旅。“科学中国行”希望能够传递科学的美、科学的有趣。然而，在新浪微博文章的描述中，“科学中国行”活动“我一开始就明确不参加，后来明确反对用科学家做猴他收钱”。有媒体报道，“科学中国行”每次活动，仅企业提供的赞助就高达百万元人民币。对于这个说法，张赋宇并不认同，“如果真的如此，那真是中国之幸！
说明科学在中国是多么的有吸引力和市场号召力，政府再也不需要为中国的科学操心。”
根据张赋宇的说法，“科学中国行”是一个纯公益的科普活动，“没有向任何听众收取过费用，也没有让任何科学家免费为它站台”，企业的支持，有市场的诱因，但更多的是公益心。不仅如此，张赋宇还否认了控制权之争。“上帝的归上帝，恺撒的恺撒”，“我们一直按分权原则在运行：内容决定权属于科学家，股权归于股东。”
“以科学家的专业判断和媒体人的新闻敏感，做出一份好产品，然后用市场来驱动它，这是《赛先生》发展的基本思路。”张赋宇说。曾在《赛先生》上发表过文章的中科院国家天文台副研究员郑永春，则将《赛先生》目前的处境归为“科普媒体市场化的尴尬”。“饶毅他们是典型的科学家，希望把它做成公益性科普媒体，而运营科普媒体需要资金支持。”这意味着，《赛先生》的运作必然会受到企业行为的影响。
张赋宇声称，《赛先生》一直在寻求科学家和市场一同参与的路径，其中一种方案就是坚持股权和控制权分离的原则：由科学家共同体获得70%的控制权，投资人只保留30%的控制权。而在股权收益设置方面，则倒置。纵使如此，“两者还是在不同的语境下交谈。”一位院士向《中国科学报》表示。就《赛先生》与饶毅等人的纷争，《中国科学报》采访了果壳网创始人姬十三。
“作为一种市场行为，科学家在参与科学类媒体时，必须要从市场行为的角度考虑，而这则包括前期控制权和股权的确定，只有这样，才能避免纷争。”姬十三说。郑永春也表示，日后科学媒体的运营，资金可以找政府投资的基金会或者公益组织来解决，也可以通过市场化运营找企业，毕竟科普会让整个社会受益。不管怎样，保持科学家的专业判断，让他们在科普媒体运行中独立发挥作用，至关重要。