立项依据撰写中最常见的叙述套路是两种“三段体”格式，即“意义—现状—拟研究…...”和“热点—意义—拟研究…...”。其实，“三段体”式的论述是远远不够的，因为这种方式不能让评审专家清楚地了解申请者拟开展研究的价值究竟几何。在文献阅读没有遗漏的前提下，这种表述最多只是让评审专家知道某个领域或方向上的研究热点和重要进展，而专家特别想要了解和把握的申请者自己的想法和思路却论述不够充分。
因此，申请者在问题的提出、思路的凝练，以及论证过程逻辑上的连贯和推进的严密性方面需要下更大的功夫。
很多申请书的研究方案部分写得平淡而缺乏特色。写法中常见的套路是先堆砌实验手段和方法，接着罗列很多“高、精、尖”仪器，然后画上带有一定程序性、指向性的框图谓之技术路线，最后再添上一段试验方案叙述和无关痛痒的可行性分析。其实，研究方案部分是大有文章可做的，好的研究方案不但能够为申请书增添光彩，同时也是创新性工作的重要保障。
科学基金的灵魂是创新，这就要求申请者在立项依据中能够对自己拟开展研究工作的创新性给出科学的、符合逻辑的和严密的论证。高质量的立项依据一定要有确切的科学问题和凝练得令人信服的研究思路，并要围绕上述科学问题展开论述申请人是如何认识和理解这个问题的，以及解决该问题的新想法。通过摆事实、讲道理，获得评议人对自己研究工作科学价值的认同。
换言之，立项依据必须回答如下问题：拟开展的研究是否会对所在领域做出新的贡献？拟开展的研究有何预期意义和影响？是否会增进所在领域的知识？拟开展的研究是否有明确的研究目的和长远的目标？立项依据撰写中，需要对下面五个问题给出令人满意的回答和交代。
首先研究者需明确拟开展的研究究竟是个什么样的问题（what），为什么要研究它（why），从何处入手（where），有什么对策、如何破解（how），谁来做最合适（who）。问题和思路如何进行思考？思辩如何全面而透彻？论述如何符合逻辑？在这个过程中申请者要能够做到视野再阔一分，洞察再深一层，远见再进一步。如果对上述五个问题能够给出清晰、透彻的论述，那么立项依据的功课就基本做到位了。
提出问题需要想象力，但论证需要严密的逻辑过程。要在真正理解和吃透的基础上，以事实为依据，以想象力为翅膀，将科学问题论述透彻，把为什么这样解决的道理讲清楚，把来龙去脉说明白，把自己的思路和想法叙述到位，把研究的问题所涉及因素的本质和因素之间的关系梳理清楚。唯此，才有可能获得评议人的支持。
问题的提出和切入可以是千差万别的，例子也不胜枚举，但核心要义是在自己的研究生涯中不但要学会勤于观察和思考，还要能做到善于观察和思考，更要深度挖掘藏在表象背后的本质，发现和理解事物之间的关联和区别，这样才能从必然王国走向自由王国。对于研究思路的论证，需要一个相对完整的思辨和缜密的逻辑演进过程，这其中涉及到诸如看事物的切入点和角度问题分析、认识、理解和把握。
一个符合逻辑发展的思路，一定是从A点到B点缜密而又线性的推进过程。
关于研究方案的撰写，申请者需要对其中一些重要事项有总体把握和认识。例如，拟采用的研究方法是否正确和新颖？研究方案的必要性和可行性如何？所提到的研究方法能否保证目标的实现？其中不但要保证相关的宏观思路是确切的，对于实验过程中所涉及的细节也需要申请者深思熟虑。
总之，研究方案一定要体现独一无二的特性，不能让评议人读起来感觉张三的研究能用，李四的研究也能用，从而失去了研究方案的应有独特价值。精心准备的研究方案一方面在篇幅上要有所保证，另一方面还要言之有物，使之能够充分体现申请者对方案的深思熟虑和关键点的把握。在撰写的形式上，不必拘泥于特定的套路，只要能够反映前述各要素的价值和可行性就可以了。
在申请书撰写的过程中，项目申请人可以通过不同的方式进行表述，但立项依据和研究方案中涉及到的要素、核心内涵及其价值必须给予足够坚实和充分的论述。在提出新思路、新想法之后，论述过程演进的逻辑线必须是连续的，不能有破点，论据必须是坚固的，不能有断点；方案的制订能够体现针对性、整体性、完整性，思路上的独到性和可行性，还要特别注意技术上的细节是否能够支撑得起整个方案，不要因小失大而留下遗憾。