在科学上，他是20世纪最耀眼的理论物理学家之一。然而，在政治上，人们对他却充满了截然不同的评价。作为当时最著名的科学家之一，维尔纳·海森伯（1901—1976）为何坚持留在纳粹德国？为何会为那样一个政权从事核裂变，甚至是核武器研究？这些疑问让海森堡在生前身后充满了争议，甚至让他被看作是纳粹的“帮凶”。
海森堡出生在一个典型的德国知识分子家庭。他出生前夕，在中学教古希腊语的父亲刚被聘为维尔茨堡大学教授。这对海森堡的成长影响极大。在他的观念中，德国文化掌握在少数精英手中。他想成为这样的精英，为德国文化作贡献。这或许让海森堡养成了在做每一件事情时都要出人头地的强烈的终生动力。
1920年后，海森堡又开始征服量子物理学之谜。他师从慕尼黑大学教授阿诺尔德·索末菲，进入理论物理学领域。当时，物理学家受困于解释反常塞曼效应中单条谱线在磁场中的分裂。而海森堡在加入索末菲的项目一年之后，就提出一个似乎可以一举解决所有光谱谜题的原子实模型，让他的老师大吃一惊。
纳粹政权期间，物理学家塞缪尔·古德斯米特、恩里科·费米等先后邀请海森堡移民美国，他却一次次回答：“我不能，因为德国需要我。”这成为战后很多物理学家批评他为纳粹政权服务的原因之一。实际上，和当时德国大多数知识分子一样，当纳粹政权的公职清洗蔓延到他周围的同事和朋友时，海森堡曾考虑从大学中辞职。
然而，为了自己的地位和德国物理学的未来，海森堡不得不顺应纳粹当局的要求，作出一些妥协，这也成为他后来被广为诟病的重要原因。时至今日，让海森堡依然身陷争议的原因之一，就是他在纳粹德国核计划中的角色。二战爆发后，只有那些对纳粹战争机器运转有利的研究才能获得支持。
另一件让海森堡陷入非议，并让他在战后备受煎熬的事，便是1941年秋天他对玻尔的造访。当时，海森堡和一些德国科学家前往被占领的哥本哈根，其正式目的是到那里的德意志文化宣传研究所去参加系列演讲，而非正式的意向则是会见前导师玻尔。彼时，德意志帝国已经扩张到顶点。
海森堡也考虑过战争和个人——他自己——在战争中的具体现实。他认为：“人道地对待别人比完成任何种类的职业的、民族的或政治的义务更重要。”这表明，至少他似乎知道什么是对的，尽管他并不总能做到。1941年之后，海森堡还多次参加过纳粹政权的出国演讲邀请，有的事先征求过他的同意，有的则没有。
二战结束后，海森堡和其他德国物理学家被美国军队送往英国囚禁。在被软禁几个月后，他于1946年重返德国。在德国科学的战后重建过程中，海森堡凭借自己的声誉和影响力，在担任洪堡基金会主席期间，为增进国际间的科学合作不遗余力，直至1976年2月1日逝世。