政府有自我扩张的内在冲动，往往强行越位渗入并影响、干涉、主导科研领域，进而干扰正常的科研秩序，影响科学事业的健康发展。政府职能在科研管理领域有六个方面突出的越位现象，如政府考核影响科研评价、政府规划影响科研方向、政府评审影响产学结合，政府职位影响资源配置、政府机构影响顶层设计、政府政策影响企业创新，实现政府职能的恰当定位，以实现科技活动由“全能政府”向“有限政府”“服务政府”的理性回归。
科研评价本来的目标在于追求卓越，推崇创新，但不当的科研评价会挫伤创新的积极性，反而成为制约科技发展的“瓶颈”问题。科技界照搬行政管理系统的绩效考核，会产生科研评价的异化效应，导致科研项目的手段与目的倒置，科研基金被异化为政绩。
目前，科研项目资助大多采取由科技管理部门组织有关专家进行评审的方式进行。科研领域主导的专家基本上来自学术机构，评审专家与项目的市场前景没有利害关系，往往以论文论英雄，而非以市场和申请专利为导向，导致“产学研”比例失调，科技成果往往不管用、不实用、不好用、不能用。
政府要为各类科技创新主体创造良好的环境，由直接推动的“项目管理”变为间接的宏观引导，致力于把握国家科学技术研究的战略，维护科学技术活动的正常秩序，引导科技发展方向，优化社会资源配置，弥补市场失灵，营造利于创新创业的社会环境。
在政府主导的科研体系下，一方面会侧重资助与化工业、制造业、军工等行业有关的科研，民生类研发项目难以成为首要资助对象。另一方面，政府确定科技组织的建立、科研机构的运行机制的设计、各类科学计划实施，往往忽略了科学界的多样化需求和科技活动自身的规律，忽略了科学共同体的自主性。
行政力量在课题申请，课题报奖中的权重较大，出现“管理者通吃”现象。学者从政可以掌握更多的社会资源，更有利于争取到项目和经费。单纯从事学术研究的专家、学者应有的主体地位得不到体现和尊重，往往成为“知识工人”。
科学技术缺乏一个统领全局的协调管理机构，部门之间缺乏有效的联动机制，容易造成在科技决策上政府职能部门之间协调不够，不同部门科技开发项目分散，资金投入强度不够，重复投入和缺乏有效管理。
科研院所相对稳定的环境和待遇使科教机构人才密集与企业创新人才缺乏同时存在。科技人员总量多，但总体分布严重失衡。据统计，2011年，我国规模以上工业企业中设立研发机构的只有2.55万家，只占全部规模以上企业的7.8%；其中大中型工业企业中设立研发机构的有1.2万家，占全部大中型工业企业的19.8%。