基础研究项目申请书主要包括三个方面：立项依据（why）、研究内容和研究方案（how）、研究基础（who）。申请书是写给同行评议专家看，要想获得资助要突出体现两个方面，一是要让同行评议专家认可你以前的工作，甚至感到钦佩；二是让同行评议专家感觉你的新思路和新方法可以实现你的既定目标。要做到这两点并不简单，有了创新思维后，还必须认真凝练，做些前期探索。
同时要写好项目申请书，以期说服同行评议专家获得经费支持。
撰写申请书之前，首先要明确一个问题，写基础研究申请书最重要的是什么？很显然，是科学问题。我理解的科学问题就是在阅读文献中，在生产实践（理论实验）中或学科交叉基础上，发现现有研究尚未解决、尚未明确的问题或解决问题有更好的思路、方法，如果涉及到具体技术层面，要上升到科学层面。这是申请书的核心，整个申请书就要围绕如何解决科学问题来设计。
项目名称与项目摘要是申请书的“脸面”。在同行评议专家心目中占有及其重要的分量。项目名称非常关键，资深专家从题目中就能看出项目是否有创新型、技术方法是否先进、研究目标能否实现。一般来说，项目名称一般在25字内，要做到新颖性与科学性、规范性的统一，不宜过长，范围不宜过大。
国内基础研究项目与国外基础研究项目的同行评议专家，因文化、习惯、背景等不同，对项目名称的“口味”也不尽相同，特别是国外回来的学者，在申请国内基础研究项目时要注意项目名称不能太直观，最好有让专家眼前一亮的感觉。项目摘要一般350—400字为宜，撰写的好坏是同行评议专家对项目内容评判的第一印象。项目摘要的撰写经常出现“头重脚轻”，申请者经常苦恼于，我才刚刚开始怎么就超字数了？
我认为，项目摘要应十分精练，主要包括三个方面：提出问题，解决问题，意义。
立项依据就像讲故事，一定要引人入胜，切忌简单罗列。撰写时一定要体现逻辑性与水平，包括文献量，要注意参考文献要有最新的国内外文献。切忌将基础知识与理论长篇大论，评审专家基本上是小同行，不需要去给他普及基础科学知识。立项依据写作思路可以从以下几个方面着手：开门见山提出科学问题。
然后围绕问题来分析文献（即现有研究的不足）；进而提出解决这个问题的思路，如新的角度、新的技术平台、新的方法等；最后简要叙述整体思路，并明确意义，这部分可参考项目摘要中的内容。
研究内容一定要和项目名称紧密结合。研究内容要具体，在逻辑上讲，既要相关，又要相互独立。可以概括为几个部分，一般是3-5条，进而用简练的语言描述研究问题的思路。
研究内容切忌简单罗列，切忌贪大求全，这样显得研究内容庞杂并缺少前期工作。如把前期简单实验作为第一个研究内容，同行评议专家可能会认为你一点前期探索都没做；如把很多实验作为研究内容，又把实验结果作为研究基础，专家也可能会认为项目已经做得差不多了，还要资助干嘛？
研究基础是回答同行评议专家“为什么让我”做这个问题。
研究基础包括两个层面，一方面是较为宏观的基础，指的是申请者的个人条件，如学历、专业技术职务、高水平的科研训练经历以及在国际主流期刊发表论文经历等。另一方面就是微观的基础，指的是根据你的项目研究内容，你是否做过一些探索性的前期工作，如资源的收集，基因的筛选等，这方面可以是实验数据，图片等。这些都需要体现在工作基础、工作条件和个人简历中去，撰写需注意扬长避短。
经费预算是“致命的小问题”。
编制预算前，最好做个假设：你的基本研究条件已经具备，如装备条件、实验环境，有一个好的想法，好的题目，你想做研究，要申请经费支持。同时一定要根据研究的实际需要来科学编制，若主观杜撰，则很容易出现漏洞。如课题组如没有研究生，但预算很多研究生劳务费基础研究项目属于探索性项目。撰写预期研究结果首先要对科学问题的解决程度作出表述，即研究目标的实现情况。
其次成果指标要留有余地，最好要有弹性，如发表论文3-5篇，其中1-2篇被SCI收录；培养研究生3-5名；申请专利1-2项等。
创新是基础研究的灵魂。创新的来源主要来自三个方面，一是在阅读文献时在前人研究的基础上有新的想法；二是在生产实践中发现又尚未解决的问题，有了新的解决思路；三是在学科交叉过程中，有了新的方向。基础研究项目的选题最重要的就是要有创新性。
可从三个方面进行深入的思考：第一，从学科自身发展过程中寻找科学问题。包括过去遗留下的没有解决或没有彻底解决的问题；当前面临的新问题或热点难点问题；未来有需求或当前需要研究或探索的问题。第二，从学科交叉点或面上选题。包括新理论、新方法、新工具、新手段等的应用；新方法、新工具、新手段本身的发展；开辟新方向、新视野、新角度等。第三，面向国民经济和社会需求，从实际对象或过程中提炼问题。
确定了创新性的选题后，要千方百计寻求支持，开展一些前期工作，结果可以选择发表，也可以保留实验数据。这为撰写申请书提供了很大的方便。