《科学》杂志官网显示，截至今年9月底，定制出版办公室共出版过39期定制出版刊物，内容类型包括某一前沿科学技术领域论文，某一地区或科研机构、实验室的情况介绍。最早一期定制出版物《干细胞论文集》于2006年出版，受美国医疗设备生产和销售公司碧迪公司赞助。在这本出版物的目录中，明确将内容分为“介绍”“研究论文”“政策论坛”“碧迪广告”等四部分。其中，“研究论文”占其主要部分。
定制出版办公室在介绍短文中这样写道：“这些论文只是干细胞生物学中一小部分令人兴奋的进展，已在过去几年的《科学》杂志中刊发过。”更为谨慎的是，他们指出，该论文集的封面图片也是来自2000年12月25日出版的《科学》杂志。此后，《科学》杂志的定制出版物一直沿袭这一传统——主要的内容均为已经刊发的科学论文，只在封二、封底等处刊登赞助商的宣传海报。
也就是说，即使是定制出版，其内容也经过了与当期出版没有利益冲突的同行评议，符合学术出版伦理。同时，《科学》杂志还会刊出另一类非发学术论文的定制出版物，多是学术机构的介绍性文章。2011年，自《科学》在中国设立定制出版办公室始，便尝试性地推出了《2011年中美临床与转化医学研讨会论文集》定制内容，该期刊物依然严格遵守了此前的规则，内容均来自该学术研讨会。
自这一期开始，定制出版办公室便明确指出：“这些内容由定制出版办公室组织、编辑及出版，而没有经过《科学》杂志编辑团队。”同时标明了文章的学术引用格式。此后，事情渐渐发生了变化。记者调查发现，定制出版物的内容“尺度”变得越来越大。中医药增刊便是其中最为“特别”的一组。该中医药增刊连续刊发了三期，三期《传统医学的艺术与科学》增刊发表的都是学者们为此次增刊新撰写的文章。
定制出版办公室仍然详细写明了文章没有经过《科学》杂志编辑团队及同行评议，但组织了国际专家组进行严格评估，还专门强调了这些是“回顾或展望”类文章。文章的引用规则中也比以往增加了“《科学》受赞助增刊（Sponsored supplement to Science）”的字样。然而，仔细阅读后，读者会发现，这些文章在格式和内容上与一般学术论文并没有差别，极易被误认为是原创的正规学术文章。
在《科学》杂志上发表论文，对所有学者而言都是一项值得骄傲的荣誉。无疑，如同传统医学增刊一样的定制出版给了一些学者这样的机会。同时，这样的“机会”也为他们带来或多或少的声望、奖励乃至科研经费。记者查询了传统医学增刊中部分作者所在机构的个人主页，发现大多数参与此次定制出版写作的学者，都明确写明是在《科学》杂志上发表文章，却没有对“增刊”进行清晰完整的标示。
例如，国内某知名大学教授在学校官网个人主页的《学术成果》一栏中，列出了他在此次增刊上发表的文章，出处为“Science”（《科学》杂志），只在引用格式的页码数字前以字母“S”表明代表增刊之意，而此期增刊上《科学》杂志所规定的引用格式特别强调了出处为“Sponsored supplement to Science”（意为《科学》杂志受赞助的增刊）。
在普通读者甚至专业人士看来，如此处理有模糊正刊与增刊之嫌。来自赞助方香港浸会大学中医药学院的Li Min教授也在官网《个人学术出版物》一栏中列出为增刊创作的文章，标出出处为《科学》杂志特辑（Special issue）。都柏林圣三一学院教授海伦·谢里丹情况也类似。另有一些中国科学家，则将定制出版办公室外聘作者当成《科学》杂志记者，将接受他们采访的报道置于个人网页上予以展示。
一名熟悉《科学》杂志情况的匿名人士告诉《中国科学报》记者：“《科学》杂志正刊根本不可能接受这些文章，只能是赞助方花钱买页面，为自己脸上贴金。”Pinholster在邮件中重申了“增刊不会发表原创研究（original studies）”这一原则，但并未对传统医学增刊上的文章是否属于原创研究进行回应。她还表示，《科学》杂志的出版人和主编会对定制出版进行“一事一议”的沟通。
至于如何规避赞助方利用定制出版物获取利益，《科学》杂志方面没有置评。记者注意到，2011年后，只有受中国科研机构赞助的增刊存在上述混淆不清的问题，其他增刊依然保持了严谨性。例如，由GE公司赞助的《蛋白质印迹法论文集》（Western Blotting Collection）中刊登了4篇学术文章，均在《科学》杂志及其旗下的期刊上发表过。
上述匿名人士提到，2011年5月至2016年3月4年多的时间里，中国客户大约提供了20笔定制出版物的赞助费，无疑这些客户想利用《科学》杂志的名誉获取进一步利益。“这显然是一桩‘生意’。”这名人士告诉《中国科学报》记者，“这损害了《科学》杂志的声誉，也搅乱了中国的学术风气。”尽管《科学》杂志并未正面公开承认传统医学增刊一类定制出版物存在问题，但其向媒体的回应已经表明，这样的定制出版物是不正确的。
这是否意味着类似的“增刊生意”将走向终结，还要留给时间来证明。