2005年，西安交通大学在我国高校中首次全面实行书院制，这成为了改革开放后，书院制在国内高校普及的一个新起点。刚刚到来的2024年，是书院制在我国推行的第20个年头。20年来，越来越多的高校在原有“学院制”的人才培养组织架构基础上，开展了“书院制”人才培养改革，以期探索高等教育人才培养新路径，培养社会所需的通专结合创新型人才。
然而，高校书院制改革在取得了明显成效、探索了有益经验的同时，也面临着诸多质疑与困扰。在当下这样一个时间节点上，高校需要进一步深化书院制变革，才能实现新时代的育人目标。
据不完全统计，2005年至今，全国已有百余所高校实施了书院制改革，成立了约400家书院，而且这一数字还在持续增长。其中，高水平大学是高校书院制改革的主力军。高校书院制改革已成为“双一流”高校，特别是世界一流大学建设高校中的一项重要且常见的育人模式改革举措。与此同时，民办高校依托天然的体制机制灵活性，在书院制改革中做出了重要的探索和尝试，迅速成为高校书院制改革的重要力量。
总体看来，目前国内高校书院制有以下两种主流模式。一是定位于学生管理的生活社区模式，如较早成立的复旦大学志德、腾飞、克卿、任重四大书院，西安交通大学的彭康、文治、宗濂、南洋、崇实、仲英、励志、启德八大书院等。有些高校还将书院作为“一站式”学生社区综合管理改革试点，将其打造成为实施“三全育人”的重要抓手。二是定位于拔尖创新人才培养的实验班模式。
如北京师范大学励耘书院，兰州大学萃英学院，南开大学伯苓书院、芝兰书院，天津大学瑞恒书院，山西大学三立书院等，均是为实施国家“基础学科拔尖学生培养试验计划”及“六卓越一拔尖计划2.0”等人才培养改革试点工作而设立的。
尽管书院制改革在内地高校持续推广，但也面临诸多质疑与困扰，其育人功能的发挥并不理想。究其原因，有以下几点。第一，高校书院集群庞杂、功能泛化。
部分高校对书院改革的功能定位不够精准，职能划分也不明晰，导致书院集群成为了一个“大杂烩”式的改革试验场所。第二，书院作为新兴组织嵌入原有学院，运行机制欠顺畅。
与我国传统书院及国外大学住宿学院组织的形成逻辑不同，我国内地高校书院并非初始存在或原有组织内生而成，而是通过自上而下的制度安排，在物理空间、组织架构、课程设置等多方面，将书院制嵌入到原有、稳定的“学校—学院”组织体系及关系网络中的结果，这是一种后发的、嵌入式的教育组织模式。第三，中华优秀传统精髓传承不足。比如，传统书院在千年历史中，最耀眼的特质即是师生共进于道、朝夕相处。
但在当下，不断突破的生师比以及导师科研考核的压力，使导师制的运行成本与日俱增。
对此，国家应在鼓励改革的基础上，进一步细化组织管理、强化执行力度，加强相关政策引导并实施监管，改变新建高校书院杂乱无章的状况。具体而言，我国高校类别多样、层次各异，需要契合各校的培养目标和办学条件，选择适宜的培养模式，而书院模式的多样化也为高校提供了更多的选择可能性。
高校只有根据自身的办学传统、特点与条件深化书院制改革，才能探索出可以彰显学校特色的人才培养之路。在这方面，有关部门应结合高校的办学实际，加强书院育人模式的顶层设计。同时，作为中华文明的精神标识之一，传统书院文化具有深远的历史影响和旺盛的生命力。
高校要充分吸纳古代书院进德修身为重、师生平等对话等优秀传统，重视挖掘书院各项活动的德育价值，以通识教育为中心设计通专结合的书院课程体系，建立激励机制鼓励导师投入书院育人工作，引导师生培育书院品牌和特色。