以孵化投资方式转化科研院所技术成果，是相对有效的一种成果产业化方式，但这一过程困难重重。院所项目普遍存在以下几个问题或操作隐患：
1）知识产权问题。研究所技术进入项目公司的二种方式，要么技术作价入股，要么技术许可。目前研究所在技术估值上有些浮躁，不管何种技术，市场如何，凡说到估值，少则认为五、八百万，多则二、三千万，对于投资本不大（千万以内）的项目公司来说，不适合高作价入股。技术许可相对来说能比较快解决问题，能让项目公司小步快跑，但一个关键问题是如何解决好公司后续自主研发与授权技术之间的关系问题，避免存在法律风险。
2）研究所技术团队的技术认知问题。目前院所技术人员一个通病是对自身技术在整个产业化过程中的作用拔得太高，而实际上从技术—样品或样机—标准化地批量产品，单纯说技术的话，可能只走了30%-40%的路程，后来还有大量的路要走：a. 客户试用过程中，往往有很多我们没有想到的问题或缺陷，环境适应性问题、兼容性问题、易用性问题等。b. 量产稳定性问题。c. 性价比问题。
当科研人员把项目仅当成一个一次性成果时，强调品质，强调高指标，在材料选择、产品结构设计、生产工艺上有时可以说是不计成本，而市场产品通常强调性价比，强调最合适的指标以最优的价格销售，因此，项目公司成立之后在生产环节往往需要花大量时间精力，而不能简单沿用研究所生产样机的方式。3）研究所核心技术团队激励问题。
所有企业的成与败，归根到底是人的因素，好的团队可以把二流的技术、二流的市场做成一流的企业，差的团队能把一流的技术、一流的市场做成失败的企业。项目公司成立的相当一段时期内，研究所原始技术团队必须与公司紧密合作，甚至加班加点：完善技术、调试产品、客户演示、新产品设计开发等等，积极性何在？除了成就感之外，必须解决他们与公司利益捆绑问题，自己觉得有些奔头或吸引力，否则说破天，效果也有限，这是人性问题。
目前存在的问题是，研究所如何平衡这些人与所内其他人的利益问题，从公司赚多了，会不会影响他所里的奖金绩效，会不会影响他正常的职业发展等等。