1955年6月，中科院学部成立。自诞生伊始，咨询就成了这个思想库的使命。中国科学院学部是国家科学技术方面的最高咨询机构，是国家的科学技术思想库。这是中共中央对学部的要求，也是学部的自我定位。60年，凝聚着老中青院士们为科技发展献计献策的心血和情怀，反映了科技发展对国家发展、民生进步的支撑和推动。
21世纪初是艾滋病在我国尚未引起关注的年代。当时，在中科院院士曾毅的带领下，学部院士们深入边远地区，接触高危人群，对国内的艾滋病情况作了广泛的调研。最终，这些心血凝结成了2000年的《关于迅速遏制艾滋病在我国蔓延的呼吁》和2004年的《关于全面加强艾滋病宣传教育和行为干预的建议》两份咨询报告。报告提交之后，我国政府不仅制定了《艾滋病防治条例》，还制定了许多重要的艾滋病防治举措和行动计划。
中科院学部还有相当多关于民生健康的咨询项目。如“我国人口老龄化的若干问题和建议”咨询项目，全面分析了老龄化将给我国经济、社会发展和健康保障等方面带来的深刻影响，提出了应对挑战的初步方案，报告上报后，老龄化问题随即被纳入中央高层的重要议事日程。
2000年，国家西部大开发战略实施。中科院学部咨委会设立了“西部地区生态环境建设与可持续发展问题”重大咨询研究项目，通过对西部地区有代表性的干旱、高原等关键生态区的调研，先后向国务院报送了7份咨询报告，为农业部、科技部、水利部等有关部门的决策提供了方向和依据。
2003年，我国东部沿海地区环境污染问题突出。中科院学部为此向国务院提交了《东南沿海经济快速发展地区环境污染状况调查及其治理对策》的报告，提出应将发达地区的环境污染与北方荒漠化引起的沙尘暴、长江黄河上游的水土流失等列为“同等重要”的环境问题进行治理。
针对新疆经济发展重大问题、难点问题和热点问题，从2006年起，学部组织了“天山南北院士行”科技咨询活动，该活动已组织了近10年，先后有数百位院士专家参与其中。
2008年，世界金融危机爆发。学部及时上报了《关于“保增长，扩内需，调结构”的建议》，并针对国务院采取的重大决策部署开展了咨询研究，形成的《发展我国战略性新兴产业调查报告》为国家决策提供了重要参考。
2009年9月，为积极应对全球气候变化，学部设立了全球气候变化的重大咨询项目，建立专门研究支撑机构持续开展相关研究，并向国务院提交了《关于2009哥本哈根气候谈判的若干建议》咨询报告，为我国的气候谈判提供了有力的科学支撑。
长久以来，学部的咨询项目以“主动咨询”为主，而所谓的“主动咨询”指的是由学部主动提出咨询项目，服务于政府决策。如今，学部在咨询工作上的努力丝毫未曾松懈。加强与国家部委、政府和智库的互动，将科学技术纳入决策之中，将咨询工作纳入民主和法制的轨道，仍是学部努力的方向。