“脉诊验孕”之所以产生如此大的舆论效应，其争论的焦点事实上已经从探讨这种诊疗手段本身延伸至中医科学性之争。现代医学对于传统中医的怀疑一直未停歇，最早可以追溯到清末。最近，自2007年，方舟子著有《批评中医》一书后，人们关于中医是否科学的讨论更是层出不穷。
建立在笛卡尔哲学体系上的近现代科学，本着怀疑一切、质疑一切的宗旨，对于自然科学求解或寻找真理的途径，完全依赖于假设、证明、推理和实验。从这个意义上来说，中医并不符合这样的体系。
早在两千多年前，中医学就以阴阳五行学说为方法论，以证候为研究对象，形成了以藏象经络、病因机理为核心，包括诊法、治则及方剂、药物理论在内的独特、完整的理论体系。中医不仅认为人是一个有机整体，脏腑经络、四肢百骸都相互联系，相互影响，而且人体与自然界也是一个密不可分的整体。这也是最基本的中医辨证论。
然而，这种传统医学，它至今无法以现代科学体系所证明。
中国武装警察部队总医院病理科主任纪小龙的观点很有代表性。“现代医学至今依然无法准确地证实经络、穴位的存在。与之相比，传统医学更像是一种文化而非医学。”纪小龙曾在博客中写道：“人类进化和有文字记载的证据表明，社会政权的3个框架是：神权到君权到民权；经济进展的框架是：农业到工业到信息；医学经历的框架是：巫医到经验医到实证医。历史观看，中医是巫医与经验医的组合。
现在历史观看，中医作为文化、哲学的范畴，是两千多年的智慧结晶，可以永存，但中医作为医学、诊治疾病，还停留在当年的层次，其路越走越窄。”
同样在西医队伍中也存有相对中立的观点。“其实在某些功能性疾病诊疗上，中医的望闻问切存在一定优势，比如脾湿肾虚等功能失调症状。
”北京医师协会副会长、首都医科大学宣武医院胸外科主任支修益在接受《中国科学报》记者采访时说，“但是对于器质性病变的诊断，还是西医的影像学和病理检验更为科学可靠。特别是恶性肿瘤比如肺癌，胸部CT或PET-CT、纤维或超声支气管镜活检、病理切片和分子病理，以及血液肿瘤标志物和基因检测等，既是诊断肺癌的金标准，也是评估治疗效果和随访的重要依据。”
支修益表示，事实上，目前中医界绝大多数学科带头人对于中医治疗肿瘤的认识都是客观的。“他们将中医药放在了扶正祛邪，辅助治疗肿瘤的位置上，比如如何调理放化疗病人的脾胃，降低放化疗带来的毒副作用等。”支修益说。只是现实生活中，有些恶性肿瘤患者和家属在西医那里得不到肯定的答复后，往往寄希望于某些神奇的“秘方”，这些祖传秘方则常常是缺乏科学依据的。