方锦清老师在其博文中对中国科技信息研究所组织的《中国精品科技期刊顶尖5000领跑者》提出疑问，询问是否评选会一直进行下去，是否会有论文多次重复入选，以及评选的论文是否为十年一个周期。现以2014年度F5000论文遴选过程为例，做出5点说明。
首先，高被引提名论文的产生基于《中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）》中的论文和引文数据，计算不同期刊的相关指标，遴选出2014年的精品科技期刊，并根据论文发表时间的不同和论文所在学科的差异，分别进行归类，按照累计被引用次数排序。其次，中国科学技术信息研究所继续与各个精品科技期刊编辑部协作配合推进F5000项目工作，通过同行评议或期刊推荐的方式遴选学术水平较高的研究论文作为提名论文。
然后，依托各个精品科技期刊编辑部的支持和协作，联系和组织作者，补充获得提名论文的详细完整资料，提交到领跑者5000工作平台参加综合评估。接着，中国科学技术信息研究所进行综合评价，根据定量分析数据和同行评议结果，从信息完整的提名论文中评定出2014年度F5000论文，颁发入选证书并将之放入“领跑者5000——中国精品科技期刊顶尖学术论文”展示平台。
最后，F5000论文项目今后还将择优选入发表在精品期刊以外的优秀论文。此外，中国科协主管的《中国学术期刊文摘》从2015年第1期开始，设固定栏目摘登F5000论文。