近日,南方科技大学博士生谢国辉以共同第一作者的身份,收获了人生中的第一篇Science论文。这项研究解析了最后一种结构未知的真核RNA聚合酶——Pol V的功能机制,提出其通过滞留在染色质上而招募下游作用因子引起DNA甲基化和基因沉默的工作模型。审稿人在评价中指出,该研究为解析真核生物RNA聚合酶的分子结构找到了最后一块“拼图”。
2019年5月,谢国辉作为科研助理进入南方科技大学教授杜嘉木课题组,开始了结构生物学的研究。那时的他,对这个领域还是一知半解。他面临着一项怎样的研究呢?植物在不同环境、生长的不同阶段都会对自身的基因进行表达调控,某些时候会把一些基因沉默掉,促进另外一些基因的表达,以此来适应它的生长环境。DNA甲基化就是一种重要的基因表达调控方式,这是杜嘉木课题组研究的主要方向。
植物中DNA甲基化需要一个非常特殊的RNA聚合酶,即Pol V的参与。与常规的RNA聚合酶合成RNA不同,Pol V不仅要合成RNA,还需要停留在染色质上为其他因子提供“定位”,因此是一个既要动(合成RNA)又不能动(停留在染色质上)的矛盾体。
当时,导师让谢国辉与另一位一作胡泓淼博士一起摸索,去揭开Pol V结构上的面纱。谁承想,这一摸索就是三年多。期间,谢国辉转换了身份,于2021年攻读博士学位,手上的这项研究,分量也更加沉重。在一次次失败、崩溃中,不断总结经验,靠着极其微量的样品外加想象,一点点地摸索出复合物的性质,最终成功达成电镜数据收集与结构解析。打开手机订单页面,谢国辉好奇地数了一下这3年里到底用了多少花菜?
结果让他大吃一惊:整整用了1.5吨花菜!为什么当初选择花菜作为实验材料呢?谢国辉告诉《中国科学报》,“我们研究的Pol V在植物中含量极低,提纯难度大,这给我们前期的研究带来了极大的挑战。在一次学术交流中,中科院曹晓风院士提到可以使用花菜提纯蛋白,这给了我们极大的启发。
”提取花菜的蛋白,首先需要将花菜的花削下来,用液氮冷冻后研磨成粉,加入细胞核提取液中,再将细胞核提取出来,并进行蛋白复合物的提取纯化,但能够纯化出来的Pol V微乎其微。
更令人抓狂的是,很多时候拿到细胞核提取物再进行纯化后,根本鉴定不到蛋白质,“我们每一步都会检测,可以看到最开始是有Pol V蛋白的,然后随着不断地纯化,蛋白可能在某一步骤就突然不见了,这是令我们最头疼的时候,因为影响的因素有很多,需要逐个排查。”谢国辉无奈地说。3年来,谢国辉和同伴重复了上百次蛋白提纯的实验过程。
在前两年的时间里,谢国辉每隔一周就要切几十公斤的花菜,他将提取到的细胞核冻存在冰箱里,做实验时就从里面取一部分出来。为此,谢国辉还收获了有趣的外号:花菜杀手。“我本来就不爱吃花菜,这下子彻底不吃了,但是每次和同学一起去聚餐,他们都会点一份干锅花菜放到我面前。”谢国辉回忆起同门聚餐的场景,不禁笑了起来。连续做十七八个小时的实验,对谢国辉来说是常态。
从白天到黑夜,从凌晨到黄昏,他几乎见过了每一个时刻的学校。事实上,做基础研究,在实验中常常会遇到难以克服的事。庆幸的是,谢国辉遇到了好的科研领路人——杜嘉木教授。“在实验设计与实验结果分析方面,杜老师给了我很多的帮助和指导。即使是实验进行不下去的时候,老师也没有给我太大的压力,而是鼓励我先放下课题,调整心态。”谢国辉说道。
在蛋白纯化最不顺利的那段日子里,大概有两周多的时间,谢国辉与胡泓淼都没有去做实验,“我们相互鼓励,重新回看实验记录本,查漏补缺,不断进行探索,同时向导师和同学请教,他们的经验给了我很大的启发。”
在谢国辉看来,他能以一作发表Science论文,除了有运气成分之外,更重要的是做科研一定要有内驱力。“做实验虽然会遇到很多失败的时候,但办法总比困难多,或许正是这股不甘于失败的驱动力,让我能够在漫漫科研路中坚持下来。”谈及未来规划,谢国辉告诉《中国科学报》:“现在的成果使得我再一次坚定了科研信念,更加专注于眼前,希望能够在杜老师的引导下,继续前行。”