首次研究氯己定漱口水对整个口腔微生物群影响的研究发现，其使用显著增加了产生乳酸的细菌的丰度，这些细菌降低了唾液的pH值，并可能增加牙齿损伤的风险。
由普利茅斯大学健康学院的Raul Bescos博士领导的一个团队，让受试者连续七天使用安慰剂漱口水，随后再连续七天使用氯己定漱口水。在每个阶段的末期，研究人员对口腔中的细菌丰度和多样性进行了分析，同时测量了pH值、唾液缓冲能力（中和口腔中酸的能力）、乳酸、葡萄糖、硝酸盐和亚硝酸盐的浓度。
今天发表在《科学报告》上的研究结果发现，使用氯己定漱口水七天后，在厚壁菌门和变形菌门家族中的物种丰度增加，而拟杆菌门、TM7和梭杆菌门的数量减少。这种变化与酸度增加有关，表现为唾液pH值和缓冲能力下降。
总的来说，氯己定被发现减少了口腔中的微生物多样性，尽管作者警告说，需要更多的研究来确定这种多样性的减少本身是否增加了口腔疾病的风险。
唾液的主要功能之一是维持口腔中的中性pH值，因为进食和饮水会导致酸度水平波动。如果唾液pH值过低，可能会对牙齿和黏膜造成损害，黏膜是围绕牙齿并在口腔内部内的组织。
这项研究还证实了先前研究的发现，即氯己定破坏了口腔细菌将硝酸盐转化为亚硝酸盐的能力，亚硝酸盐是降低血压的关键分子。在使用氯己定漱口水后，唾液和血浆亚硝酸盐浓度降低，随后出现收缩压升高的趋势。这些发现支持了由该大学领导的早期研究，该研究表明，当人们用抗菌漱口水而不是水漱口时，运动的降血压效果显著降低。