COVID-19大流行已经持续了近3年，目前仍然是一个全球关注的热点话题。鉴于新冠病毒的广泛传播和不断演变，全球出现了众多变种，比如alpha (B.1.1.7)、beta (B.1.351)、gamma (P.1)、delta (B.1.617.2)、omicron (B.1.1.529)等。其中，Omicron最早在南非被发现，增加的高传播力使其迅速成为全球范围内的优势毒株。
2022年12月之前，中国采取了与其他国家不同的应对策略，从2020年的武汉封城到动态清零政策，精准防控，阻止了新冠病毒的传播。随着Omicron亚变体致病性的减弱、疫苗接种的普及和防控经验的积累，2022年11月中旬，中国调整和优化了预防和控制策略。
中国在调整防控政策后，疫情在中国的快速传播引起了世界的关注，并引发了人们对此次疫情是否会驱动新SARS-CoV-2变体出现的担忧。因此，对流行的SARS-CoV-2变体进行全面的时空研究，对于全球应对当前的COVID-19大流行至关重要。北京拥有常住人口2100万，在政策调整后初期成为中国病例数最多的城市之一。因此，北京SARS-CoV-2变种的流行可以被视为中国的一个缩影。
2023年2月8日，北京疾控中心副主任王全意团队联合高福院士团队在国际权威医学期刊Lancet发表了题为Characterisation of SARS-CoV-2 variants in Beijing during 2022: an epidemiological and phylogenetic analysis的文章，全面描述了2022年收集的高质量SARS-CoV-2全基因组序列的流行病学和系统发育特征，并特别报道分析了政策调整后SARS-CoV-2的基因组特征，为北京市疫情提供了重要信息。
其中，从2022年11月14日至12月20日获得的413个COVID-19感染样本的基因组测序分析结果表明，所有病例均由现有毒株引起，北京地区90%以上的本地感染病例涉及Omicron变异株BA.5.2和BF.7，没有持续的显性变异或新的谱系产生。
2022年1月1日至11月30日，北京市共监测到39007例本地病例，5岁以下和60岁以上的个体占663人(1.70%)。由于战略调整，自11月14日起，感染人数明显增加，因此，当地11月30日至12月28日的准确感染人数是未知的，只能通过统计推断得到。
北京市2022年检测到的本地和输入性病例中，实验室确诊病例共计3745例，本研究从中随机选取病例进行基因组测序，共获得2994个完整的SARS-CoV-2基因组，其中2881个是高质量基因组，可用于进一步分析。这些序列的采样时间跨度为全年，采样地点覆盖了北京市全部17个区。
详细的分析表明，这些毒株来自10个演化支和123个Pango lineage。与本地病例相比，输入性病例的分支范围更广。
不过，在所分析的数据集中没有发现新的Pango lineage。此外，他们还发现了少量先前报道的重组SARS-CoV-2亚变体XBB (n = 1)、XBB.1 (n = 9)和XBB.2 (n = 1)。从全年的角度来看，来自支系21L (BA.2.2.1)和22B/Omicron (BF.7和BA.5.2)在2022年期间主导了北京的流行感染。
但2022年11月中旬之后，22B在北京成为绝对主导流行毒株。
自2022年11月14日起，北京市新增确诊病例大幅增加，共检测确诊病例413例，其中本地病例350例，境外输入病例63例。在这些本地病例中，BF.7占265株(75.71%)，成为11月14日以后的优势菌株，BA.5.2（16.29%）和BA.5.1（7.71%）分列第二和第三。
他们进一步将本地感染分为门诊患者和住院患者，发现两组中优势菌株均为BF.7，这与局部感染总体一致，门诊患者与住院患者的病毒株比例差异无统计学意义。因此，在中国取消最严格的疫情控制政策期间，对北京413例新感染COVID-19病例的基因组分析表明，所有病例都是由现有菌株引起的，并未出现新的变异株。
进一步的系统动力学分析表明，BA.5.2和BF.7的有效群体大小在2022年11月14日之后经历了扩张，这表明这两个毒株的遗传多样性有所增加。不过，BA.5.2和BF.7的扩张模式不同，BA.5.2有效种群规模在11月14日至25日期间变化不大，但在11月25日前后急剧增加；而BF.7的增加却是渐进式的。
北京市BA.5.2有效种群规模的突然扩大的与11月30日前后BA.5.2感染数量的增加是一致的。此外，在最近的疫情中，他们没有发现任何新的SARS-CoV-2变种在北京传播。
综上所述，在本研究中，他们报告了2022年北京地区COVID-19病例和SARS-CoV-2变体的传播趋势。流行病学调查和系统发育分析表明，本地和输入性感染在谱系分布上存在显著差异。
2023年11月14日至12月20日，BF.7和BA.5.2在北京本地感染中占主导地位，没有发现新的SARS-CoV-2变种在北京传播。在同一时期，在国际上占主导地位的新冠病毒变体，包括XBB和BQ.1，均未在北京市本地感染病例中检出。总的来说，该研究可以被认为是中国的一个缩影，因为中国的人口交流频繁，而流行的菌株具有很高的传播性。
该研究共同通讯作者、中国科学院微生物研究所高福院士说到：“考虑到变异对大流行过程的影响，检测在中国最近改变COVID-19防控政策后是否出现了新的变异很重要。我们的分析表明，两个已知的Omicron变异株亚分支，而不是任何新的变异株，是北京病例数激增的主要原因，这种现象也很可能反映了整个中国的状态。
然而，随着COVID-19在中国的大规模传播，继续密切监测是非常重要的，以便尽早发现任何可能出现的新变体。”
在同期的评论性文章中，泰伦博斯大学医学与健康科学学院Wolfgang Preiser教授和Tongai Maponga博士写道：“很高兴看到来自中国的这些急需的数据。令人欣慰的是，这项研究没有发现新变异的证据，但这并不令人惊讶，前期有效的疫情控制措施的突然停止充分解释了这种激增。
”然而，他们仍然指出，在根据北京的数据对中国整体得出结论时要谨慎，他们提到：“在一个幅员辽阔、人口稠密的国家的一个地区发生的SARS-CoV-2分子流行病学并不能外推到整个国家。在中国的其他地区，其他的进化动态可能会展开，可能包括被人类感染的动物物种，最终很有可能进一步造成病毒的进化和‘回溢’。因此，严密的检测仍然是必须持续进行的。”