人体肠道中定居着大量细菌，其总数可以达到人体细胞总数的10倍以上。它们中的大部分都是肠道环境中的正常成员，即“好细菌”。不过，肠道有时候会被致病菌感染，导致腹痛、腹泻、便血等各种症状，这些致病菌就是“坏细菌”。那么“好细菌”和“坏细菌”之间又是什么关系呢？
其实，“好细菌”和“坏细菌”之间的关系并不是一成不变的，在某些环境下，肠道中的正常成员也会导致疾病。
也就是说，“好细菌”在特定条件下也可能变成“坏细菌”。总之，肠道菌群和人体之间的关系是非常复杂的。肠道中生活的细菌与人体免疫细胞之间构成了一个“生态系统”。所以，对肠道而言，一个健康的生态系统才是最重要的。如果生态系统失调，无论是因为菌群失调，还是因为免疫缺陷，都有可能使某些原先正常的“好细菌”转变成“坏细菌”，从而对人体产生危害。
我们可以用宏观的生态系统作类比。在正常的森林生态系统中，植物、食草动物、食肉动物应该处于动态平衡的状态。如果人类把所有食肉动物都消灭了，那么植食动物，如田鼠、兔子、鹿，就可能大量繁殖，导致植物被过度啃食、森林被破坏，生态退化。肠道也像一个森林生态系统，当生态平衡被破坏，肠道就会出现问题。如果肠道维持着一个比较正常的生态环境，那么肠道中的正常菌群不仅不会对人体构成危害，还能抵御外来致病菌的入侵。
除了直接竞争资源以外，正常菌群的代谢活动还会合成不利于致病菌生长繁殖的产物，从而抑制它们的生长。最近的一项科学研究发现，当小鼠肠道被致病菌克雷伯氏肺炎杆菌感染过后，小鼠会对该细菌的后续感染具有一定的抵抗力。有趣的是，这种抵抗力并非来自小鼠的免疫系统，而是源于其肠道中的正常菌群。
基因组学技术的发展使科学家可以分析大量的基因序列，从而在基因水平上研究具有不同致病潜力的肠道细菌。比如，通过比较一般不致病的多形拟杆菌和具有致病性的抗万古霉素粪肠球菌的基因差异，科学家发现了这两种细菌在肠道中“行为差异”的根源。
不幸的是，目前人类似乎已经离不开抗生素了，也出现了抗生素滥用的现象，比如，对于不应该使用抗生素的疾病（如流感）使用抗生素进行治疗。总而言之，抗生素的广泛使用大大增加了难以治疗的耐药性肠道细菌感染的可能性。
不过，目前有一种新方法可以用来治疗艰难梭状芽孢杆菌感染。这种方法就是“粪菌移植”，即将健康人的肠道菌群移植到病人的肠道内，以重建一个平衡的肠道菌群生态系统，从而控制艰难梭状芽孢杆菌感染。有研究表明，粪菌移植对于治疗艰难梭状芽孢杆菌感染的有效率接近90%，这无疑给治疗这种致命性疾病提供了一条新的途径。