在快速、准确的检测方法出现之前，消除家禽类食品中的毒害细菌是件很棘手的事情。研究人员正在研究使用疫苗、益生菌、益生元，甚至精油等方法，以减少农场里的细菌感染。
根据美国疾控中心的数据，美国每年有近300万起病例是由受沙门氏菌和弯曲杆菌感染的食物引起的。那些感染沙门氏菌的患者中，有26500人送医就诊，致死420例，直接医疗费用约为3.65亿美元。尽管弯曲杆菌不太可能导致送医或死亡，但它的危害仍不容小觑，可能导致腹泻、恶心、呕吐，有时还会造成长期健康问题。其中，学龄前儿童和老年人患病风险最高。
这些病原体可以潜伏在不同种类的食物中，而鸡肉和鸡蛋是重灾区。研究人员经常在超市出售的鸡肉中检测出沙门氏菌或弯曲杆菌——高达8%-24%的包装检测结果为阳性。即便如此，销售被细菌感染的生鸡肉并不违法。法律只要求制造商对生产线上的鸡肉进行抽检，只要阳性检测比例未超标，就可以继续生产，无需整顿。
有人认为，鸡肉与生菜不同，通过烹饪煮熟后可杀死微生物。但要求整顿的人发现这种说法有漏洞：如果杀死微生物真这么简单，为什么还会有这么多人患病？
为了进一步探索沙门氏菌和弯曲杆菌在家禽上的存活时间，《Knowable》杂志采访了威斯康星大学麦迪逊分校的微生物学家Steven C. Ricke。2021年，他在《动物生物科学年度评论》上发布了一篇关于家禽安全的文章。以下摘录对话内容经过编辑，对长度进行了缩减以保证语义清晰。
问：要想在农场或加工过程中消灭病原体，我们面临着哪些挑战？
答：弯曲杆菌的最佳生长温度约为42摄氏度，恰好是鸡的体温，因此它在家禽中的适应性相当好。沙门氏菌的携带者包括野外鸟类、家猫和蟑螂，此外还有喜爱谷物的小鼠和大鼠。储存家禽饲料时，病原体可通过上述途径进入饲料中。此外沙门氏菌还可以通过空气传播。禽类很容易受到弯曲杆菌和沙门氏菌的感染。
沙门氏菌是一种狡猾的生存专家——所以你能想象挑战有多大。你没法时刻盯着通过加工线的鸡肉，并看出哪里有沙门氏菌，毕竟采样本身就是一个挑战。理想的情况是对每一个出厂的成品都进行检测，如果发现沙门氏菌和弯曲杆菌就立刻采取措施消灭病菌。目前我们还没有足够快或足够精确的检测方式来实现这一目标，虽然多项研究正在进行，但我们暂时还无法达到。
如果我们有更快、更好、更精确的检测工具，这些问题就会迎刃而解。例如在测试控制措施时，你并不知道测试效果如何，除非你的测试工具足够强大，并能量化应用该措施后测试数据的具体下降数值。
基于免疫学检测，沙门氏菌有不同的血清变种，我们还需要快速识别不同血清型变种的工具。识别出不同的血清型变种非常重要，因为并非所有的沙门氏菌都是同一种类型。
血清型变种鼠伤寒沙门菌（Typhimurium）和肠炎沙门氏菌（Enteritidis）是很多疾病爆发的根源，也是医学界主要关注的病原体。而其他血清型变种相对而言没有那么危险。因此在理想情况下，最好有一个传感器，可以立即告诉你这是哪种沙门氏菌血清型变种、在哪里、有多少数量。
沙门氏菌分为数千种血清型变种，其中只有一些会给人带来麻烦。该图显示了欧盟三年来食物中毒案例以及肉鸡和火鸡肉样本中的血清型变种。Typhimurium（深蓝色）和Enteritidis（橘黄色）变种占很大比例。
问：你在论文提到，为了对抗这些病原体，家禽业使用了益生菌（有益的细菌）和益生元（促进益生菌生长的营养物质），甚至还有精油，这是出于什么考虑？
答：由于大众越来越关注抗生素的耐药性，所以家禽业一直在努力遏制常规的抗生素使用。但问题是抗生素很好用，所以现在有很多人正试图用其他化合物来实现其作用。通过将精油、益生菌和益生元添加到饲料或水中，让其发挥各自不同的作用。
精油具有抗微生物的特性。如果化合物和病原体调配得当、浓度适中，则精油可用于杀死食源性病原体。益生菌和益生元发挥作用的机制不同，为的是第一时间防止病原体在肠道扎根。
有些人认为这些产品更像是“骗人的万金油”。实际上这背后有很多科学依据，我们曾经实验过柑橘精油，它们对病原体的生长和生存有很强的抑制作用。在一项研究中，柑橘精油将沙门氏菌减少了一个可观的量级，即一到两个对数，这一突破对行业来说至关重要。我不会声称我们已经实现了对病原体的完全杀灭，因为哪怕抗生素也没有做到这一点。当然，不是所有精油都有抑制作用。在最好的情况下，我们希望将病原体减少到检测标准以下。
用于家禽业的益生菌包括芽孢杆菌、双歧杆菌和乳酸杆菌。它们几乎都存在于酸奶中，但可能是不同的菌株，为的是帮助建立健康的肠道微生物群。益生元是不可消化的碳水化合物，例如低聚果糖、低聚半乳糖和半乳甘露低聚糖，它们本质上都是益生菌的食物。据我所知，没有证据表明益生元对病原体有用，这就是其作用所在，就好比你在饿死病原体的同时也在喂养益生菌。
在小鸡出生的24至48小时内，它们非常容易受到感染，因为它们的肠道微生物还没有发育完善。而使用益生菌和益生元可以加速小鸡肠道微生物的生长。一个健康的肠道微生物群被建立起来后，就可以成为一个屏障，防止病原体扎根。这被称为“竞争性排斥”，就像是屋子里已经住满了租客，病原体就没有办法住进房子了。你能做的一切都是为了抵御病原体，留存有益细菌，做到这一点你就胜利了。
问：有些团体试图让美国农业部承认沙门氏菌为鸡肉中的“杂质”，也就是说被感染的鸡肉不能上架出售。在大肠埃希菌（O157:H7）被宣布为牛肉中的杂质后，相关发病率大幅下降。你认为这是否是一个不错的举措？答：我理解这种将沙门氏菌归为杂质的想法，但这个问题比较复杂。首先，你面对的是鸡和牛这两种不同的物种。
其次，沙门氏菌有相当大的分布和适应性，它无处不在，以至于我曾经说过你可以在外面几乎所有地方找到沙门氏菌。除此之外，世界上有超过2500个沙门氏菌血清型变种，但并非所有的沙门氏菌都致病，我认为大家在讨论时经常忽略这一点。此外，肉类食物上存在的沙门氏菌数量无法精确测量。问题的关键是食品上沙门氏菌的数量到底有多少，如果肉食上只有一个沙门氏菌，那生病的概率基本为零。
但是如果肉食上有一百万个沙门氏菌，风险就会高得多。可问题就在于我们没法对沙门氏菌进行定量检测。
问：你的意思是我们没有检测方法能检测出食物中含有沙门氏菌的数量吗？
答：其实是有办法可以做到的，但很慢。如果你想要像老式科幻电影中的传感器一样立刻获得结果，目前我们还做不到，可能需要至少三到四天才能出结果。目前我们正在进行大量研究，而且已经发现了更多的快速检测方法，定量也越来越精确，我认为更高效的检测方法触手可及。
问：在与这些病原体的斗争中，您认为目前最重要的进展是什么？
答：全基因组测序已经改变了行业的游戏规则，主要是因为它能够更准确地定位病原体的爆发来源，给科学鉴定带来了彻头彻尾的改变，这就像犯罪节目中的法医环节。你可以从沙门氏菌病患者的DNA中提取信息，从他们吃的食物中找到病株，然后可以去农场寻找同源的沙门氏菌，或者从食品供应链的其他地方发现线索，它使你能够更精确地追踪病因。
全基因组测序也有助于我们更好地了解这些病原体。例如，由于我们知道整个遗传密码，我们可以确定哪些基因使细菌具有毒性。食源性沙门氏菌和弯曲杆菌通常不会导致成年鸡生病。因此，一个基本的问题是，它们为什么会成为人类的病原体？
问：沙门氏菌感染，特别是鸡蛋中的沙门氏菌感染，在其他一些国家已经大大减少。在美国，这一挑战是否在某种程度上更难以克服？是因为太贵了吗？还是因为太不方便了？答：这些原因都是。
那些已经有效消除了这些病原体的地方是生产规模比较小的国家。例如，他们对运输饲料进入农场的卡车进行全面卫生消毒。这一过程不仅成本高昂，而且范围太广，从经济角度来看在美国不太可能实现。但也有一些干预措施在美国是可行的。例如，英国进行了非常广泛的家禽疫苗接种过程，在消除鸡蛋中的沙门氏菌方面效果很好。美国也采用了疫苗，但部分问题在于疫苗有一定的特殊性。
比方说，你研发了一种对肠炎沙门氏菌有效的疫苗，但伤寒沙门氏菌可以乘虚而入，所以现在你必须研发第二种疫苗。所以这个目标不是一成不变的。疫苗接种项目现在非常活跃，随着我们对沙门氏菌的了解越来越多，更多的疫苗正在研发。
问：还有什么其他有效的方法吗？答：你想问的应该是我们所说的多效手段——几种在机理上彼此非常不同的干预措施，可以以不同的方式解决问题。
我们的确做了些努力，比如将温和热量与有机酸相结合，并且取得了一定成效。我们现在迫切需要更多投资，用以弄清楚哪些益生菌最有效，哪些搭配使用最有效，这样你就可以得到一箭双雕的效果：用益生菌来防止沙门氏菌的扎根，用精油来消灭已经存在的沙门氏菌。我们需要更多的科学资源来做更多调查，有良好的检测手段和定量工具在真正的农场进行实地测试。
问：目前的研究方向是什么？
答：有了机制上更明确的干预措施之后，我们可以知道病菌在做什么，以及它们如何发生作用。传统意义上，生产者主要依赖于小道消息，而现在我们已经超越了这一点。生产这些产品的农民和公司知道，我们真正需要的是那些经过同行评审的研究成果。我们正处于一个令人兴奋的时代，因为我做的就是这种基于机制的研究。现在我们既有政府的支持，也有行业的支持。
问：你们现在在做什么具体工作？
答：我们正在做家禽加工设施的微生物组图谱：绘制在那里发现的所有微生物，并试图找出那些我们称之为指标性生物的东西。这些生物体是非致病性的，但它们的行为与沙门氏菌的行为类似。我们的想法是，它们通常被发现时数量众多，而且非常容易量化，这使得它们比沙门氏菌更容易检测和测算。通过监测这些指标性生物，你可以确定你的干预措施是否有效。
如果指标性生物体从2000个下降到2个，那我们就知道那里的沙门氏菌数量应该也下降了。