从狩猎采集到农业的转变改变了人类演化，也改变了我们最亲密的伙伴狗的演化。粪化石正是科学家了解饮食如何影响这些变化的重要信息来源。牛津大学的考古学家格雷格·拉森说：“粪便是一个人的肠道快照。”最近，一项对13处青铜时代犬类粪化石的分析表明，在饮食习惯转变为以谷物为基础后，狗的肠道微生物也受到了影响。这些变化还有可能在驯服狗的过程中发挥了作用。
研究人员对在意大利东北部一个古老的农业社区遗址中发现的粪化石做了基因测序，这些化石大概来自3600年到3450年前。与大多数现代犬类相比，排出这些粪便的狗中编码淀粉酶的基因拷贝较少，而淀粉酶是一种分解肠道中淀粉的消化蛋白。今天的许多狼完全缺乏这种基因，科学家通常将这种差异归因于家养狗的食谱从以肉为主转向谷物。除了动物自身的蛋白质外，肠道微生物也有助于消化。
当研究人员对粪化石中的微生物残余物进行测序时，他们发现细菌产生了大量淀粉酶的证据。意大利博洛尼亚大学微生物学家马尔科·坎代拉说，狗本身的基因组还没有完全演化到能够处理农场主提供的谷物饮食的程度，“因此它们需要微生物来帮忙”。相关研究发表在iScience上。英国杜伦大学的动物考古学家安杰拉·佩里表示，虽然这些化石微生物组揭示了狼和狗的中间阶段，但驯化并不是一个简单的线性过程。
拉森指出，即使是现代狗也携带着不同数量的淀粉酶基因。尽管如此，佩里说，微生物可能已经弥补了狗自身基因组不足的问题，这一点很重要。在我们从狩猎采集饮食转变为农业饮食期间，这种现象也可能发生在人类肠道中——坎代拉和他的同事正在研究这种可能性。