故宫博物院的成立长期以来，紫禁城作为皇家禁苑，其整体面貌如何，并不被外界所知。所藏历代珍宝以及旷世奇珍，人们亦是无从得见。军阀混战之际，政局跌宕不安，当权者亦想将紫禁城据为己有。溥仪迁出紫禁城后，清室善后委员会成立，主要负责接收、清查宫内及其所属机构资产，并一一登记造册。
为了杜绝各方觊觎之心，争取早日成立故宫博物院并向公众开放，经过紧张的筹备后，1925年10月10日，故宫博物院董事庄蕴宽在紫禁城乾清门广场主持了盛大的故宫博物院开幕典礼。开幕典礼当天可谓盛况空前。昔日，民众难得一睹皇居风采，何况是饱览宫内珍宝，如今竟成现实，可谓是亘古未有之事。禁锢百年的紫禁城终于以绰约姿态展现在世人面前，那些曾经集权势、威望、恐惧、神秘于一体的宫苑，已成为人们尽情游览的公园。
南迁之争及筹备南迁1931年，日本关东军在沈阳发动“九一八事变”，旋即侵占中国东北地区，平津局势岌岌可危。眼看局势紧张，故宫博物院遂未雨绸缪，特择院藏精华文物装箱储置，为文物播迁避难预作准备。北平（北京）是著名的文化古都，历史遗迹及珍宝文物众多，倘若处置不当，随时都有被日军劫掠的风险。因此，社会各界对于故宫博物院的前途及北平文物的安全都甚为忧心。
在此影响下，文化界人士形成两种主张：一是力主古物南迁，以保全文脉；二是反对南迁，担心古物运出北平，会动摇民心，引起社会不安。第二种主张者认为应在国际社会的声援下，在北平设立一个不设防的文化区，期望日军不会对北平动武，希望北平古建和古物能够得以侥幸保存。正当双方僵持不下之际，华北局势陡然紧张，日本吞并华北的野心昭然若揭。1933年，国民政府与日本政府签订了《塘沽停战协定》。
此后，日本帝国主义又策动华北五省自治，妄图将华北变成“第二个满洲国”。在此危急情势下，故宫博物院加紧做好文物南迁的准备，“故宫开始文物南迁的筹办工作，经院理事会讨论决定，并报国民政府同意，选择院藏文物中的精品，最后决定南迁上海储存”。
国宝安全无小事1934年5月，马衡接替易培基担任故宫博物院院长，主要负责清查存放在上海及遗留在北平的文物。
1936年12月，南京分院朝天宫库房建设完成，南迁文物遂由上海转运南京，入库存置。好景不长，1937年“八一三事变”爆发，日军从海上进攻上海，淞沪会战旋即爆发。8月15日，日军飞机开始频繁轰炸南京，局势愈发不利，在建的中央博物院也被迫停工，稍事安顿下来的南迁文物再度陷入战火之中。在此危难之际，国宝不得不再度转移。与文物南迁不同，此次西迁需要面对恶劣的自然环境与简陋的运输条件。
西迁之路，不仅要翻山越岭，而且还要时常躲避日军的飞机轰炸与敌人的尾随追击。此次文物西迁使命重大，为了能够把这些珍贵的文物尽快打包运走，当时故宫博物院和中央博物院的所有人员纷纷投入到这项紧张的工作之中。面对1万余箱文物，工作人员夜以继日地埋头打包，谁也不知上海能顶住炮火多久，日本人何时会进攻南京。为了确保西迁文物的安全，工作人员根据文物材质的不同，反复推敲和研究采用何种材料、方法或手段能够确保无虞。
短短数月内，中央博物院就将几十万件文物全部打包完毕。
文物再度万里迁运人类历史上史无前例的文物大迁徙就此拉开帷幕。
这些文物大致分三路运出：南路文物共计80箱，自南京启运后，经汉口、长沙、贵阳，运抵安顺，并存放在安顺华严洞内，1944年底又抢运至四川巴县；中路文物共计9331箱，自南京启运后，经武汉、汉口、宜昌，抵达重庆，后又转移至四川乐山县；北路文物共计7287箱，自南京启运后，北上徐州，再经陇海线到宝鸡，后迁至汉中，又抢运至成都，最后运至四川峨嵋县。
西迁途中主要靠手推车和人力扛运文物，船队在湍急的长江中上游流域几次遇险翻船，汽车运输文物时遇公路被冲毁或过河无桥……庆幸的是这些文物并未丢失或损坏，堪称奇迹，世人谓之“文军西征”。文物西迁过程，可谓步步惊心。文物工作者既要冒着被敌机轰炸的危险，又要面对土匪、日本特务的觊觎，还要克服山路崎岖、激流暗礁等恶劣的自然环境。
他们不顾个人安危，誓死护送国宝运抵西南大后方，不少随行人员牺牲在西迁的路上，为保护中华民族的瑰宝献出了生命。
光复后的故宫博物院1945年8月15日，日本天皇宣布无条件投降，中国人民迎来了抗日战争的全面胜利。10月10日上午10时，华北战区受降仪式在故宫太和殿广场举行。
这次北平受降仪式，是中国战区16个受降仪式中规模最盛大、最隆重的仪式，出席人数及规模远超南京中国陆军总部礼堂举行的日军投降签字仪式。日军高级将领代表交出军刀，并在投降书上签字，这一瞬间永载史册，使得无数中国人扬眉吐气，倍感民族自豪。不久，张庭济接到马衡院长的指令，于10月23日会同国民政府教育部平津区特派员沈兼士办理故宫博物院北平本院各部门接收工作。
经过一段时间的清查和整顿，光复后的故宫博物院在此迎接各界的参观与访问。此时的故宫以午门为正门，并采取新的开放办法，改为三路参观线路。随着北平故宫博物院的接收工作陆续完成，景山、太庙、大高殿等处遗迹也都一并收回故宫博物院管辖。为了保证故宫博物院的统一与完整，1947年9月，经国民政府同意，古物陈列所被裁撤，并纳入故宫博物院统一管理。
国宝运台
1948年，蒋介石深知败局已定，一面下野在浙江奉化休养，一面暗中将黄金及其他重要物资分批运往台湾，这其中就包括故宫博物院所藏文物。国民党政府强令北平故宫博物院择取精品文物运台，但是在故宫博物院院长马衡等人的坚决抵制下，未能得逞。1949年1月31日，北平宣告和平解放。3月6日，北平市军管会正式接管故宫，马衡仍旧担任故宫博物院院长，全体员工原职留任，故宫博物院由此迎来了新生。
如今，两岸故宫文物依旧分离，但两岸文化交流却始终延绵不绝，两岸故宫同宗同源的事实亘古不变。环顾历史，在600年的文化传承中，紫禁城将“天人之际”“礼乐复合”的中国文化思想一以贯之地发扬光大，既体现出强烈的民族融合，亦有西学东渐的文化特质，是“有容乃大”文化胸怀的实物例证，是中华民族当之无愧的“大成之城”。