发酵在中国的历史可谓悠久。早在新石器时代的仰韶文化时期，已过上农业定居式生活的祖先们就开始以农业生产之余的谷物为原料，利用微生物发酵来获取最为原始的酒精饮料。经过长期对食物自然发酵的模拟、实践和观察，老祖宗发现“曲”是酿酒的关键。
红曲霉（Monascus）是在制曲及发酵酿造中利用到的一类霉菌，由此制出的“曲”即“红曲”，明代《天工开物》中又称“丹曲”，英语则直呼其为“Red Yeast Rice”或“Red Mould”。红曲霉属真菌隶属子囊菌门，除最普遍的紫红曲霉（M. purpureus）外，还包括红色红曲霉（M. ruber）、安卡红曲霉（M. anka）等。
其实红曲霉在我国发酵酿造工艺中主要作为辅助菌种使用，原因在于，相比其他酒曲，以红曲霉为主的红曲糖化和酒化的能力都略逊色，在实际发酵生产中需要额外添加别的酒曲来完成糖化及酒化工作。
红曲霉次级代谢产生的色素主要有6种，依颜色不同分为3类。它们分别是红色色素：红曲红胺、红斑胺；橙色色素：红曲红素、红斑素；黄色色素：红曲素、安卡黄素。根据生产实践中使用的具体菌株不同，发酵中色素产生的比例会有所差异，从而带来发酵产物颜色的变化。
在食品发酵领域，红曲霉及其色素主要用于酿酒、酿米醋、制作腐乳、腌制肉类等方面，常见产品如福建连江元红酒、台湾红露酒、绍兴红方腐乳、福建永春红曲醋、红糟肉等，有时甚至直接用作保健食品或茶饮料。我国传统的红曲酒在酿制中通过添加红曲，加上后期贮存时的化学反应，能够形成诱人的红色或琥珀色。这或许就是红曲赋予红曲酒的最大魅力。
在现代食品加工业中，亚硝酸盐常被用于肉类腌制，既起到给肉制品着色保持红润色彩的作用，又能抑菌防腐，但长期摄入亚硝酸盐对人体有潜在的危害。研究表明，红曲霉的相关代谢产物能抑制多种细菌生长，因此有学者认为，可以在香肠等肉制品的加工制作中引入红曲霉发酵，在一定程度上替代肉制品中亚硝酸盐的添加，起到着色和防腐的作用。
千百年来，红曲霉始终与我们的“吃”有关，但其实它不仅能在食物上发挥作用，还有着巨大的药用价值。红曲霉还因此与诺贝尔奖扯上了关系。二十世纪七十年代早期，科学家从桔青霉（Penicillium citrinum）中分离出了第一种他汀类药物美伐他汀（Mevastatin），他汀类药物具有明显的降血脂作用。
1979年，日本的远藤章教授从红色红曲霉（M. ruber）中分离出一种活性化学物（Monacolin K），同时期的美国科学家从土曲霉（Aspergillus terreus）中分离出了Mevinolin，而后默克公司开发出了降血脂药洛伐他汀（Lovastatin）。
在此基础上，各国已经开发出许多成熟的降血脂药物，这对于因患高血脂症并引发多种心脑血管疾病的患者而言是莫大的福音，比如国内的血脂康就是由红曲制成的药物。
1981年，香港学者首次从红曲霉中分离出了一种活性抗菌成分 Monascidin A；1995年，法国研究者证实 Monascidin A 与桔霉素（Citrinin）是同一种物质，而桔霉素虽有抑菌效果，却早已被认定为一种具有肾脏毒性和肝脏毒性的真菌毒素。客观来看，大家不必对此太过担忧。Monascidin A 并不是红曲霉发酵产物中大量产生的物质。
尤其是在发酵流程和真菌育种技术日臻成熟的今天，我们已经能通过控制原料、改良技术参数、选育低毒菌株等手段，来有效避免毒素的产生，从而让红曲霉能一直在推杯换盏间向吃货们散发它那迷人的红色光芒。