和水稻、小麦、玉米不同，作为营养全面的世界第三大主粮作物，百余年来马铃薯并不是靠种子种植的，而是依靠地下的块茎，即种薯进行无性繁殖。马铃薯普通栽培种是同源四倍体，这使得马铃薯的遗传育种十分困难，品种改良周期漫长。9月28日，《自然—遗传》在线发表了黄三文团队首次测序完成的杂合二倍体马铃薯基因组。
该研究成果不仅提供了迄今最完整的杂合马铃薯基因组、最全面的马铃薯单体型比较分析，而且为解决马铃薯自交衰退问题、设计马铃薯二倍体杂交种子奠定了基础。目前，优质马铃薯新品种并不多，市场上售卖的马铃薯和几十年前人们吃的是同样的品种。一些上百年历史的马铃薯品种仍然在广泛种植。黄三文说，马铃薯普通栽培种杂交后代性状分离严重，导致其育种研究困难。解决方法就是用杂交种子代替种薯。
要实现用杂交种子种植马铃薯，就必须破解马铃薯单倍体、二倍体和四倍体基因组。目前单倍体和二倍体基因组都已经绘制完成。近年来，国外多家科研机构和育种公司已经开展了二倍体马铃薯杂交育种计划。但是，他们都遇到一个问题：培育的自交系纯度不高，导致杂交种出现性状分离，影响了商品性。这说明通过传统育种方式很难培育高纯合度的自交系，因此需要加强对马铃薯基因组的理解，开展马铃薯基因组设计育种。
对马铃薯基因组的研究始于2005年。由14个国家29个单位的97名研究人员组成的国际马铃薯基因组测序联盟对一种优良的马铃薯育种材料二倍体RH的基因组图谱发起了科研攻关。然而，由于二倍体马铃薯基因组存在高度杂合、物理图谱质量不高、测序成本高等难以克服的困难，项目举步维艰，测序联盟濒临解散。
这时，黄三文带领的中方团队另辟蹊径，提出了一套新的策略：以单倍体马铃薯DM为材料来降低基因组分析的复杂度，并采用快捷的全基因组鸟枪法策略和低成本的新一代DNA测序技术，大大加快了整个项目的进程，于2009年完成了单倍体马铃薯基因组的测序、拼接和注释工作。2011年，《自然》以封面文章的形式发布了第一个单倍体马铃薯DM的参考基因组。
在那篇文章中，测序联盟也分析了仅组装10%的二倍体马铃薯RH基因组序列。近10年过去，黄三文团队使用同一个马铃薯材料RH，完成了当年测序联盟没有完成的工作。这对2011年那篇文章算是一个圆满回应。马铃薯是高度杂合的作物，二倍体马铃薯杂合度高达2%，两套染色体之间存在大量差异。
二倍体基因组的工作量比单倍体多了不止两倍，因为不仅是多了一套完整且不同的基因组，而且两套基因组之间会互相干扰，影响测序结果的准确性。马铃薯二倍体基因组测序成功，将为破解马铃薯四倍体基因组、加速马铃薯育种奠定基础。科学家组装基因组的过程，类似拼图。利用常规测序方法，一个基因组可能被打碎成数百万、数千万的碎片，而组装算法就是要找到碎片与碎片之间的连接点，从而将碎片拼接成完整的基因组序列。
在植物基因组内部存在着大量极相似的“重复序列”片段。这些片段就相当于拼图时形状、颜色非常相近的碎片，组装算法也很难确定它们真正的位置，因而很容易引起错误的组装结果。在高杂合基因组中，来自父方和母方的序列相似度接近99%，差异点仅有1%~2%，组装算法很有可能将来自父方的碎片与来自母方的碎片连接在一起，形成错误的组装结果，甚至导致无法完成整个拼图，即获得完整的全基因组序列。
以上原因导致构建高质量的马铃薯杂合基因组十分困难。距离破译第一个马铃薯基因组已过去将近10年，基因组测序技术和组装算法都在不断升级。技术的进步和马铃薯科研成果的积累，综合在一起，使得他们有机会破解这个重要的二倍体马铃薯基因组。
该研究提出了高准确率HiFi read与遗传群体测序、HiC测序相结合的技术路线，克服了“重复序列”和“高杂合”这两个障碍，成功组装了染色体级别的单体型，为复杂基因组的解析提供了借鉴。在完整基因组序列的基础上，我们进行了序列比较、基因表达、有害突变预测、重点基因的挖掘等分析。有性繁殖过程能对变异进行选择。有害突变过多的后代可能无法存活，或者在性状上表现比较差。
这些后代被淘汰的时候，有害突变也就被淘汰掉了。大部分二倍体马铃薯自交不亲和，一般通过薯块进行无性繁殖，这就导致基因组重组事件少，基因信息不流动，自然突变产生的有害突变就会积累下来，从而使得基因组内有害突变的水平较高。我们在RH二倍体马铃薯中检测到了22134个有害突变。
这些有害突变散布在两套基因组中，与其他类型的变异呈马赛克式分布，并且有害突变还有可能与优良基因紧密连锁，很难通过传统杂交的方法彻底淘汰有害突变。为避免这些有害突变，只能通过培育不同遗传背景的自交系，然后将不同的自交系进行杂交，使有害突变保持在杂合状态，掩盖其不良效应，这样才不会对杂交种的表型产生影响。
找到这些有害突变的位置，一方面为一定程度上消除有害突变提供了条件；另一方面也说明，由于有害突变分布广泛，要彻底而系统地消除有害突变难度非常大，面临着很大的挑战。近年来，在农业农村部和深圳市的支持下，黄三文联合多家单位发起了“优薯计划”，即用基因组学和合成生物学指导马铃薯产业的“绿色革命”，用二倍体替代四倍体，并用杂交种子替代薯块，对马铃薯的育种和繁殖方式进行颠覆性创新。
马铃薯二倍体基因组的解读，让‘优薯计划’的实现又向前迈进了一步。