2020年9月27日，国家自然科学基金委员会发布了《2020年度国家自然科学基金申请项目评审结果（第二批）的通告》。《通告》称2020年第20次委务会议决定资助医学领域面上项目4584项、青年科学基金项目4505项、地区科学基金项目917项，合计10006项。
据基金委此前消息，2020年国家自然科学基金项目申请集中接收期间，国家自然科学基金委员会共接收项目申请269671项，经初审及复审后共受理267541项。
根据《国家自然科学基金条例》、国家自然科学基金相关项目管理办法以及专家评审意见，自然科学基金委2020年第19次委务会议决定资助面上项目14773项、重点项目737项、重大项目1项、重点国际（地区）合作研究项目102项、青年科学基金项目13771项、优秀青年科学基金项目（含港澳）625项、创新研究群体项目37项、地区科学基金项目2260项、部分联合基金项目（NSAF联合基金、天文联合基金和大科学装置科学研究联合基金）180项，合计32486项。
也就是说，2020年度国家自然科学基金资助率约在15.88%左右，再创历史新低。从近几年的数据来看，国家自然科学基金各大在各个学部之中的资助率不尽相同。2014-2019这6年间，自科基金面上项目平均申请资助率约为22.61%。而8大学部中，申请资助率最高的数理科学部平均项目获批率可达27.27%；而获批率最低的管理科学部平均资助率仅在18.41%，不足20%。
同样，在青年科学基金项目申请中，数理科学部平均获批率最高，达到29.89%，接近30%；而医学科学部青年基金项目申请的竞争最为激烈，5年平均获批率仅有16.75%。
国家杰青与优青项目的申请中，学部之间差距不大，然而总体来说，信息科学部的竞争相对激烈，在杰青、优青两个项目中的申请获批率均为最低，相比其他学部低出1个百分点左右。
据国家自然科学基金委官方统计数据，2019年，国家自然科学基金面上项目申请获批率约为18.98%，较上一年度下降约2个百分点。总体申请难度的增加，也让各大高校的申请获批率有不同程度的下降，但依旧有高校能取得高达30%，甚至40%以上的资助率。
据统计，2019年国家自然科学基金面上项目申请获批率最高的高校为清华大学，共获批项目数254项，资助率高达40.16%。
在获批项目数高于300项的高校中，北京大学的资助率最高，为34.21%；中山大学、复旦大学、上海交通大学和华中科技大学的资助率同样在25%以上。2019年，青年科学基金项目总体获批率约为17.90%，而在获批数量大于100项的所有高校中，西北工业大学的获批率却高达44.06%，获批项目152项，是申请获批率最高的学校，表现十分突出。
获批数量大于200项的高校中，中南大学获批率最高，达25.17%；深圳大学、中山大学、上海交通大学、北京大学、四川大学、华中科技大学、复旦大学、西安交通大学的资助率也在20%以上。