大病初愈，吴仲华就让吴孟超为自己写健康证明。吴仲华院士以创立叶轮机械三元流动理论著称于世。1988年1月初，经北京医院B超与CT检查，吴仲华被诊断患上了肝癌，上下震动。1月22日在夫人李敏华院士的陪同下，吴仲华赴上海华东医院治疗，2月2日转上海长海医院治疗。2月9日上午由肝胆专家吴孟超教授亲自手术，手术很成功。
但鉴于肝癌康复的特殊性，吴孟超指出：“由于肝癌平均复发率较高（术后1年左右约有50%的患者复发），切不可疏忽大意。除要继续治疗与严格地定期检查外，在营养、休息、情绪等几个主要方面都要十分当心。在安排生活、休息与工作时必须周全考虑，一二年内应以治疗、休息为主。
”吴仲华在术后养病期间，仍念念不忘科研工作，病房成了他的办公室，他在住院期间仍不断地给各方写报告倡议在国内开展燃气蒸汽联合循环等总能系统的研究。为了能够“光明正大”地开展工作，他还让吴孟超亲笔手写了一份“完全可以恢复正常工作及正常的外事活动”的健康证明。康复期间吴仲华拟订的赴美学术交流方案。为了郑重起见，这份证明不仅加盖有长海医院公章，吴孟超还在上面钤上了自己的印章。
凭着这份健康证明，吴仲华更加超负荷地工作了。1990年他应邀赴美国讲学4个月，系统地讲解了叶轮机械三元流动理论，由美国航空航天局（NASA）录像，出版专著，并作为他们的培训教材；其间他还访问了国际著名的航空发动机研究所——比利时的冯·卡门研究所（VKI）。