石正丽答Science问:“特朗普欠我们一个道歉”

作者: 石正丽

来源: 中国科学报

发布日期: 2020-08-10

中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽接受美国《科学》杂志采访,详细回答了关于新冠病毒来源和研究所工作的问题,强调病毒溯源是一个科学问题,需要全球科学家共同努力。

美国《科学》杂志网站7月24日发表对我国科学家石正丽的采访报道。在这篇报道中,中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽回答了一系列关于新冠病毒来源和研究所工作的问题。本报经美国科学促进会(AAAS)授权,翻译并刊登《科学》杂志对石正丽访谈全文。

病毒跨种感染事件一直都存在,我们国家在科研项目、设施设备和人才队伍建设等方面都有部署。随着全球气候变化和人类活动范围的扩大和频率的加强,感染的风险不断加大,我们的研究也证实和支持这一点。我们的研究工作对传播规模等并没有涉及。

这次疫情一方面让我深刻认识到我们工作的重要性,一定要持续下去。另外一方面,我也认识到,如果我们准备更充分的话,比如在预防疫苗和治疗药物的基础研究和技术储备方面,或许可以做得更好。

根据我们团队以及国际同行的研究,其很可能来源于蝙蝠,经过一个或多个中间宿主体内演化,最终出现一株能适应人并在人间传播的病毒。但是中间宿主是哪个或哪些动物、如何传播到人的过程尚不清楚。

从自然宿主蝙蝠向人跨种传播有两种可能,一是蝙蝠直接把病毒传播给人,二是蝙蝠病毒传播到一种或多种动物中间宿主再传播给人。对SARS-CoV-2来说,第一种可能性不能排除,但非常非常小。我倾向于第二种可能。新冠病毒最早从中间宿主到人的跨种传播,发生在什么时间、什么地点,目前从科学上并没有研究清楚。从历史经验看,艾滋病等重大疾病的最初暴发地都不是起源(最初发生跨种传播)地。

这也是为什么病毒溯源是一个极富挑战的科学难题的重要原因之一,关于2019新冠病毒的源头和传播路径,需要有开拓的视野,需要全球的科学家共同努力,需要时间。

我们在湖北监测蝙蝠病毒多年,没有发现武汉甚至湖北省的蝙蝠携带有和SARS-CoV-2亲缘关系很近的冠状病毒。我认为新冠源头在湖北武汉的可能性基本不存在。您指的应该是云南省墨江通关镇那个蝙蝠洞。迄今没有附近居民被冠状病毒感染,所谓矿区附近居住的感染者“零号病人”前往武汉的说法不成立。

正如您指出的,有些早期患者与华南海鲜市场没有关系。我们在华南海鲜市场卷帘门把手、地面和污水等环境样本中检测到SARS-CoV-2核酸,我们在冷冻动物样本中并没有检测到SARS-CoV-2核酸。该市场也许是新冠病毒肺炎早期人群聚集暴发的地点。

在湖北省政府有关部门的部署下,华中农业大学和我们团队都在华南海鲜市场采集过环境样本和冷冻动物样本。我们只在卷帘门把手、地面和污水等环境样本中检测到SARS-CoV-2核酸。

在湖北省政府有关部门的部署下,华中农业大学和我们团队都采集过武汉市周围和湖北省部分养殖场的养殖野生动物和畜禽样本,我们团队没有在这些样本中检测到SARS-CoV-2核酸。

我们在华南海鲜市场的环境样本,包括卷帘门把手、地面和污水中检测到SARS-CoV-2核酸,基因拷贝数非常低。

我没有参加流行病学调查,对这方面不清楚。我们实验室是在12月30日第一次收到“不明原因肺炎”的临床样本。

在没有确定答案之前,我不能判断。病毒溯源是一个科学问题,要由科学家用科学事实和证据说话。但前边谈到的历史经验是值得重视的。

我们没有接受过生物信息学专业培训,没有计算过RaTG13和SARS-CoV-2之间的进化距离。我认为从自然宿主携带的冠状病毒进化到SARS-CoV-2应该是经过一个或者多个中间宿主的传播。穿山甲携带的冠状病毒、RaTG13和SARS-CoV-2的基因序列比较接近,有共同的祖先。从目前的数据分析来看,我还不

我们实验室到目前为止分离获得的三株SARS样冠状活病毒中,和新冠病毒最接近的,基因组相似性只有79.8%,差异非常显著。2月3日我们在《自然》期刊发表论文,报道了一株与新冠病毒相似性达到96.2%的蝙蝠病毒(命名是RaTG13)。冠状病毒是最大的动物RNA病毒之一,其基因组长达3万个核苷酸。基因组序列3.8%的差异对于冠状病毒来说是一个显著的差异。

3月18日,来自美国斯克利普斯研究所、哥伦比亚大学、杜兰大学,英国爱丁堡大学,澳大利亚悉尼大学的五位知名学者在《自然—医学》发表了题为《SARS-CoV-2的可能起源路径》的文章,指出RaTG13在受体结合区域与新冠病毒的差异还是很明显的。

4月23日,美国VOX新闻网站引述了悉尼大学病毒进化专家Edward Holmes的观点,他认为SARS-CoV-2和RaTG13在基因组上的差异相当于约50年的自然进化过程产生的分化差异。

蝙蝠携带的RaTG13和新冠病毒基因组差异位点达到1177个,通过自然进化积累到足够数目的突变必须经过一个漫长的进程,而产生的突变又与新冠病毒对应位点高度一致的概率微乎其微,因此,RaTG13在自然界中演变为新冠病毒的情况仅仅存在理论上的可能。

我们只分离到3株蝙蝠SARS样冠状活病毒,它们和SARS病毒基因组相似性为95%~96%,和SARS-CoV-2的相似性不到80%。结果分别发表在Nature [2013, 503(7477):535-538]、Journal of Virology [2016, 90(6), 3253-3256]和PLoS Pathogens [2017, 13(11): e1006698]。

我们从样本中分离病毒或者提取核酸,主要是在武汉本地完成测序工作的。

我们2018~2019年期间在研究所的生物安全实验室做过转基因(人ACE2)小鼠感染实验和果子狸感染实验,用的病毒是和SARS病毒相近的蝙蝠SARS样冠状病毒,相关工作严格按照我国关于病原微生物实验室生物安全管理条例等规定进行操作。结果显示蝙蝠SARS样冠状病毒可以直接感染果子狸,也可以通过人的ACE2受体感染小鼠。但对小鼠致病力低,对果子狸不致病。结果正在整理中,会尽快公布于众。

您说的这种可能从来没有发生过。我们最近检测了全体实验室人员的血清,没有任何人被蝙蝠SARS样冠状病毒和SARS-CoV-2感染。到目前为止,研究所全体人员都为零感染。

我们检测了收集的所有蝙蝠样本,包括蝙蝠肛拭子、咽拭子和粪便样本,其中2007份呈冠状病毒阳性。除RaTG13以外,没有发现和SARS-CoV-2基因序列更近的冠状病毒。

我们在2019年12月30日获得了第一批来自7位患者的样品。

通过冠状病毒通用RT-PCR方法和能检测所有SARS相关冠状病毒的定量RT-PCR方法,我们发现了其中5例患者样本呈阳性。12月31日,当我们通过对冠状病毒通用RT-PCR扩增产物测序时,我们发现这是一种新型SARS相关冠状病毒。其间,我们经过数据分析和多方验证,进行了全基因组测序和病毒分离,并于1月12日及时通过世卫组织向全球公开了病毒全基因组序列。

我们是在2013年从云南省墨江县通关镇的蝙蝠粪拭子中获得了该样本,并通过冠状病毒通用核酸检测(RT-PCR)获得了RdRp的部分序列。因为该序列与SARS冠状病毒相似度并不高,所以我们并未特别关注这个序列。2018年,随着测序技术能力的提高,我们对剩余样本测序,获得了RaTG13的除5'端15个核苷酸之外的全基因组序列。

由于实验过程中多次使用样本提取病毒核酸,在完成病毒基因组测序后,实验室不再存有该样本,也未进行病毒分离等进一步研究。此外,在实验室采集的众多蝙蝠样本中,只在上述这一份样品中检测到了RaTG13病毒。2020年,在获得SARS-CoV-2的序列后,我们将其与所有未发表的序列进行了比较,发现RaTG13与新冠病毒存在96.2%的序列一致性。这种病毒从没有被分离培养过。

Ra4991是一个野外样品编号,RaTG13则是样品里测得的冠状病毒的编号。我们更改名称时主要考虑将样品的时间和地点体现出来,13是采样的年份2013,而TG是通关的首字母缩写。

由于受经费和人力所限,我们不可能完成所有样本的全基因组序列的测定。希望在未来2年内完成部分样本中冠状病毒全基因组序列的测定。需要指出的是,有些样本病毒核酸量很低,不可能获得全基因组序列。

没有。

基于日常学术交流和讨论了解的情况,我认为没有这种可能性。

随着各种新发突发传染病在全球不断出现,各国科学家全面了解野生动物携带病毒的情况,不仅是从源头上预警新发突发传染病的关键,也是传染病防控的重要科学依据。在这个背景下,我与美国生态健康联盟主席、首席科学家Peter Daszak开展了合作研究,并在病毒监测、新病原发现等领域建立了良好的合作关系。

研究团队在蝙蝠种群中发现了多种序列不同的冠状病毒,其中一些冠状病毒具有潜在跨种传播至人畜的风险,如SARS相关冠状病毒、MERS相关冠状病毒、SADS相关冠状病毒等,为相关传染病防控提供了重要线索。关于美国国立卫生研究院(NIH)停止对双方合作项目的经费资助,我们表示不理解,且感到非常遗憾。

这个项目本该是有助于联合全球的科学家共同开展传染病预警预测的国际合作项目,将进一步推动相关疫苗和药物研发以保护我们免受冠状病毒带来的威胁。根据过去20多年的经验,冠状病毒一直干扰和影响人类正常的生产和生活,在此,我也呼吁全球进一步加强对新发传染病等病毒溯源方面的国际合作,希望各国科学家携手开展相关研究。病毒溯源的目的是防止再次发生同类疫情对人类社会造成的危害,在疫情到来后人类也能够更加有效应对。

没有。

我们实验室的冠状病毒研究是在BSL-2或BSL-3实验室开展,未在BSL-4实验室开展。研究所的BSL-4实验室投入运行后,根据BSL-4实验室的管理规定,我们在BSL-4实验室中使用低致病性冠状病毒作为模型病毒对科研人员进行了培训,旨在为进行高致病性微生物的实验活动做准备。疫情发生后,国家明确规定新冠病毒培养、动物感染实验应在生物安全三级及以上实验室开展。

因研究所的BSL-3实验室不具备从事非人灵长类动物实验的硬件条件,为了开展相关研究,研究所向国家有关部门申请并获得了BSL-4实验室开展新冠实验活动资质,并开展了恒河猴动物模型实验等。相关实验活动受到研究所生物安全委员会监管,符合生物安全管理规定。

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