抗生素污染是全球性的，并非某国特有现象，但中国的抗生素污染却日趋严重。一个广为引用的数据是，中国抗生素使用量占全球一半。抗生素污染的源头来自以下几个领域：一是医用，二是畜牧养殖业，三是食品加工业和公众日常生活使用，其中以前二者为主。找到了抗生素污染源就能够找到有效的监管和控制方式，也就是堵与疏，监控和引导。
在监控方面，要有一系列行政和法规管理以及具体实施方法；在引导方面，需要让所有人知晓利害得失，并能找到其他方式来替代抗生素的使用，少用和不用抗生素。
在监控抗生素的污染上，可以看到，中国过去是行业监管，现在刚刚进入多部门全面监管及全社会监管。在医用性抗生素监控方面，2004年，原卫生部发布了第一版《抗菌药物临床应用指导原则》。
2010年，携带耐药基因的“新德里金属-β-内酰胺酶1”超级细菌在印度和中国出现，再次表明抗生素滥用导致的耐药性问题已经十分严重。从抗生素使用并造成污染的第一大源头——畜牧养殖业的监管来看，较早的是1994年原农业部发布的《动物性食品中兽药的最高残留限量（试行）》。
迄今，我国环保机构并没有将抗生素污染作为重要的污染源来治理，只是把抗生素菌渣列入《固体废物污染环境防治法》，但是，抗生素水体污染比菌渣污染严重得多。调查发现，长三角地区某市水源地附近有三家医药公司排污口，一些长江支流交汇处有六七家制药厂，这些企业排放的废水中含有高浓度抗生素。因此，把抗生素水污染纳入法规管理，是当务之急，而且要明确，抗生素也是一种污染源，甚至比二氧化碳、硫化物和重金属污染还要严重。
治理抗生素污染当然需要第二大措施——疏通和引导。作为抗生素使用大户的畜牧养殖业，尽管有一系列政策和法规限制养殖户使用各种抗生素，但是在生猪、肉鸡、水产等养殖过程中，因养殖密度高，不少养殖户为降低感染发病率，习惯在饲料中添加各类抗生素。因此，更好的做法是要结合“疏导”的方法，例如学习丹麦的养猪业，养殖户不在饲料中添加抗生素，提升猪肉质量，使其更美味，更受消费者欢迎，才会引导养殖户少用和不用抗生素。
从监控和引导上减少抗生素污染，同样要从政府监管、行业管理过渡到全社会参与，进行全方位的抗生素减用、限用和禁用。一方面，需要让全民获得一个信念——同一健康，即人、动物、微生物、植物共享一个环境，人类少用抗生素，能让人和其他生物、环境都能获得健康。另一方面，全社会治理抗生素污染也意味着各行各业需要共同行动，因为抗生素污染不只是医疗、农业、食品加工业的问题，而是全社会的问题。
2016年，原国家卫计委和农业部等14个部门联合制定公布《遏制细菌耐药国家行动计划（2016～2020年）》，商务部也在同一年发布《全国药品流通行业发展规划（2016～2020年）》，这表明，治理抗生素污染需要多部门全社会联合行动。
在抗生素污染日趋严重的今天，全社会参与，由主要污染源的农业和医疗部门负主要责任，再结合堵与疏的方针，方有可能逐步减少抗生素污染，以减轻由此带来的对人类和生态环境的种种负面影响。