新冠病毒来源问题再起波澜。1月31日，印度理工学院德里分校的研究人员在生物预印本BioRxiv发表论文称，新冠病毒特有基因插入片段跟HIV很像，不太像自然进化而来。作者声称，在新冠病毒的S蛋白（刺突蛋白）中发现了4个插入片段，这4个片段是新冠病毒所独有的，其他冠状病毒中没有这些插入片段。
所有的4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）的复制蛋白gp120或Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。但该结论遭到科学界的一致反对，作者也已撤回该论文。
然而，当地时间16日，法国著名病毒学专家，因发现艾滋病毒（HIV-1）而获得2008年诺贝尔生理学或医学奖的吕克·蒙塔尼耶（Luc Montagnier）教授在接受法国的一个医学专业媒体采访时表示：他们用数学模式对病毒基因研究得出的结果，确认了之前印度学者提出的新冠病毒带有艾滋病基因的发现。新冠病毒应是武汉实验室“研制艾滋病疫苗的意外产物”。蒙坦耶所指实验室为武汉P4实验室。
随即，蒙坦耶遭到法国多位科学家的驳斥，其中就包括了蒙坦耶在艾滋病研究领域的前同事Simon Wain Hobson教授。据路透社报道，法国总统府时隔一天后（17日）也对蒙坦耶的说法进行了驳斥。法国总统马克龙办公室一名官员说：“我们在此厘清，迄今为止，没有事实证据可证实新型冠状病毒源头与中国武汉P4实验室的研究工作有关联。”广泛的科学共识认为，新型冠状病毒，即SARS-CoV-2，源于蝙蝠。
此外，在白宫17日举行的疫情例行记者会上，美国顶级传染病学家福奇也否认了上述猜测。他表示，这种冠状病毒极有可能是自然地从动物传给人类的。2020年4月18日，首都医科大学校长、著名生物学家饶毅教授在其个人微信公众号“饶议科学”撰文《对某校引进诺贝尔奖得主的意见》指出：以蒙塔尼耶是诺奖得主的身份，不仅是病毒学专家而且是病毒学顶尖学者，声称新冠病毒的来源和新冠病毒含艾滋病毒的核酸序列，有很强的欺骗性。
新冠病毒不含艾滋病毒的序列，已经有很多科学家公开说明了。蒙塔尼耶还有一个头衔，他曾经任上海交通大学讲席教授。他说“我有许多中国朋友，疫情爆发之前几周就在中国”这句话可能没有错。但是，他没有坦白他已经被法国和世界科学界所严厉批评，他已经丧失基本标准，从事伪科学多年。