瑞典病理学家弗克汉斯曾经说过：“人类的历史即其疾病的历史。”传染病伴随着人类文明进程而来，并对人类文明产生深刻和全面的影响，甚至比战争的影响还要更猛烈。回顾几千年文明史，人类与传染病的斗争从未停歇，历史上很多次传染病改变了人类的文明进程。
人类传染病始于农业文明。人类最早的狩猎和采集的文明阶段，基本上就没有所谓的传染病，因为那时候人口稀少，不可能发生传染病。
大约在1万年前，生产方式从狩猎和采集转到了农耕，农业文明带来了传染病。因为农业文明阶段人群定居在一起，定居点越来越大，这时期人类已经把很多动物驯化成家养的了。1万年以来，人类历史上最厉害的几次大的传染病流行，基本上都是从动物身上传到人身上来的。科学研究表明，那些农业文明延续得最久的地区，最容易成为滋生新的传染病的发源地。
瘟疫使古希腊和古罗马文明走向衰落。
根据西方史料，最早一次有文字记载的大的传染病是公元前430年至公元前427年在雅典发生的瘟疫，希腊历史学家修昔底德详细描述了这次瘟疫流行的情形。当时这个传染病是怎么来的呢？人类历史上传染病大规模流行的原因之一是战争。大规模的征战使得士兵们从一个地方跑到很远的另外一个地方，因为疆土的快速扩张，在新的区域赢得战争的同时，也会在陌生区域遇上他们从未遭遇过的新的病菌，而他们对这些病菌没有任何免疫力。
为了争夺希腊的控制权，公元前431年，古希腊最大的两个城邦——斯巴达和雅典爆发了战争，长达27年之久，史称“伯罗奔尼撒战争”（公元前431～前404）。战争爆发的第二年，即公元前430年，雅典城邦暴发瘟疫，并且持续大约3年之久。这次重大传染病造成的后果非常惨重，它使得雅典军队有四分之一的人死亡，瘟疫继续在南部希腊肆虐，导致了四分之一的城邦人口死亡。
这次瘟疫造成西方文明史上一次重大的改变。因为雅典本来有称霸整个希腊半岛的雄心，但因为这次瘟疫，死了那么多人，仗也难再打下去了，雅典就称霸不起来了。公元前427年，此次瘟疫结束后，雅典虽然仍坚持与斯巴达作战，但是到公元前404年，终因人力和物力的匮乏而向斯巴达投降，被迫签订屈辱的和约，斯巴达自此取得了希腊霸权。从此，古希腊文明开始迅速走向衰落。
无独有偶，古罗马帝国的衰败也与传染病有关。公元165～180年间，在罗马帝国时期发生了非常厉害的瘟疫，那时候罗马帝国正是安东尼统治时期，史书上也将此次瘟疫称为“安东尼瘟疫”。瘟疫在15年左右的时间内导致罗马帝国本土三分之一的人口死亡。到了公元211～266年间，罗马帝国又遭到第二次传染病的大袭击。这两次瘟疫横行之后，再加上其他一些原因，罗马帝国就衰落下去了。这便造成了西方文明史上又一次重大的改变。
黑死病催生了文艺复兴和宗教改革。腺鼠疫的暴发使中世纪成为欧洲历史上“最黑暗的时代”。这种传染病的一个症状，就是患者的皮肤上会出现许多黑斑，所以又被人们叫作“黑死病”。对于那些感染上该病的患者来说，痛苦地死去几乎是无法避免的，没有任何治愈的可能。1347～1353年，席卷整个欧洲的被称为“黑死病”的大瘟疫，夺走了2500万欧洲人的生命，占当时欧洲总人口数的三分之一！
在黑死病暴发之初，统治欧洲的天主教会解释不了这种现象，只能笼统地称为“天谴论”。按照这种理论，黑死病是上帝对人间的惩罚，人们只有通过祈祷、忏悔来洗脱自己的罪孽，从而摆脱瘟疫。然而，人们很快就发现，在来势凶猛的黑死病面前，任何祈祷和忏悔都是无效的，就连高高在上的天主教士都不能幸免。
人们不免对神权统治产生了怀疑，这种对于信仰的质疑产生了最早的宗教质疑和反宗教的运动，为宗教改革运动做了铺垫，也是宗教改革的起点。
传染病：殖民者的种族灭绝“武器”。哥伦布到达美洲之前，美洲的土著印第安人人口在5千万到1亿之间。今天美洲印第安人的数量却非常少。为什么会这样？这是因为绝大部分印第安人死于传染病。一些观点认为，死于疾病的北美印第安人超过九成。
北美大陆在几万年时间内都是与世隔绝的，印第安人生活在温室环境中。突然欧洲白人来了，还带来了可怕的传染病，包括天花、麻疹、鼠疫、霍乱、伤寒、流感、肺炎、梅毒、胸膜炎、猩红热、腮腺炎、百日咳等，使得美洲土著90％的人口死亡。