2月20日，管轶教授和广西医科大学胡艳玲教授团队共同在预印本网站bioRxiv发表新冠相关研究论文，指出在穿山甲样本中发现了新冠病毒相关冠状病毒，属于此次新冠病毒的两个亚型，其中一个受体结合域与新冠病毒密切相关。3月26日，Nature杂志发表了这一研究成果。研究发现，从走私到中国的少数穿山甲中检测到的冠状病毒，与SARS-CoV-2冠状病毒具有较近的亲缘关系。
虽然这种相似程度不足以说明穿山甲是直接参与当前SARS-CoV-2暴发的中间宿主，但研究结果表明，穿山甲是冠状病毒的第二个哺乳动物宿主，应严令禁止野生动物市场交易穿山甲，从而将未来病毒感染人类的风险降至最低。
尽管有证据显示，蝙蝠可能是SARS-CoV-2的储存宿主，但目前仍不清楚哪种中间宿主动物可能帮助把SARS-CoV-2传给了人类。目前暴发的新冠肺炎早期病例，与武汉华南海鲜市场有关，但该市场在疫情发生后迅速进行了清理，阻碍了对SARS-CoV-2起源的动物溯源工作。一个可能宿主是穿山甲，穿山甲也是最常见的非法贩运哺乳动物，在食物和传统医药中都有使用。
管轶和同事对取自18只马来穿山甲的样本进行了分析，这批穿山甲是2017年8月至2018年1月在中国南部开展的反走私行动中查获的。研究人员在其中5只穿山甲体内检测到了SARS-CoV-2的近缘冠状病毒。之后，研究人员又在2018年在第二个省查获的另外12只穿山甲中的3只，以及在2019年采集了样本的第三个省的1只穿山甲中，分别检测到了相似的冠状病毒。
这些样本中分离的病毒与SARS-CoV-2的序列相似性约为85-92%，其中一种病毒的受体结合域序列与SARS-CoV-2具有很强的相似性——受体结合域负责编码帮助病毒进入宿主细胞的“刺突”蛋白。不过，迄今鉴定出的所有穿山甲冠状病毒序列中，都缺少在人SARS-CoV-2中观察到的一种特异性改变，这让研究人员难以确定它们在新冠病毒感染人类过程中的作用。
穿山甲是除蝙蝠外，迄今唯一报道过的受到一种SARS-CoV-2近缘冠状病毒感染的哺乳动物。这些研究结果突显出穿山甲在冠状病毒生态学中的潜在重要作用，但无法直接说明穿山甲参与了这次SARS-CoV-2感染人类的过程。研究人员建议，在接触这些动物时应提高警惕，同时需要对穿山甲展开进一步监测，以了解它们对于可能感染人类的冠状病毒的出现起到了哪些作用。
2月7日，华南农业大学曾对外发布消息称，穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主，穿山甲一夜之间成为“众矢之的”。研究人员表示，他们在广东省野生动物救护中心获得了一批穿山甲的组织样本，其中4份来自中国本土的中华穿山甲，25份来自马来西亚。
研究人员在对这批样本检测时，发现了一种冠状病毒，对病毒的基因组分析，发现在E、M、N和S基因中分别与2019-nCov的氨基酸同源性为100%、98.2%、96.7%和90.4%。2月20日，由中国团队发布两篇的论文也研究了走私穿山甲的冠状病毒，与2019-nCoV的病毒相似度分别为90.23%和91.02%。
但实际上，研究人员在论文中表述的病毒基因高相关性，只涉及受体结合域特定位点，并没有涉及整个基因组。华南农业大学寄生虫学家、前文论文作者之一Xiao Lihua在之后的发布会上解释说，这是生物信息学小组和研究实验室之间令人尴尬的错误沟通的结果。
发现SARS病毒起源小组成员之一的新加坡国立大学医学院病毒学家王林也发表示，“即使这两种病毒的受体结合域达到99%的相似度，也不足以说明两者的联系”。
加拿大麦克马斯特大学研究冠状病毒的研究人员Arinjay Banerjee表示，“确定宿主的基因相似性应该比这些研究报告的要高。SARS病毒与果子狸冠状病毒有99.8%的基因组相同，这就是为什么果子狸被认为是病毒的来源。如果穿山甲是此次疫情爆发的根源，那么也不会是这些研究中的这些穿山甲。”
迄今为止，穿山甲是除蝙蝠以外，唯一发现被2019-nCoV病毒感染的哺乳动物。
虽然穿山甲是孤立动物，种群数量相对较小，处于濒危状态，但也不能排除穿山甲是从蝙蝠或其他动物宿主中独立获得2019-nCoV相关病毒的。北京中国科学院动物研究所的生态学家蒋志刚表示，这些论文提出的问题比它们回答的问题多。
他问道，“如果穿山甲是病毒的来源，而它们来自另一个国家，为什么没有在那个地方的人被感染的报告?”如今，穿山甲是否当了新冠病毒的中间宿主尚未可知，但随着对野生肉类的追求和在中国传统医学中使用规模的需求不断增长，从东南亚到中国，穿山甲等野生动物的非法走私猖獗，穿山甲濒临灭绝已经是一个不争的事实。非典爆发后，果子狸曾被大量捕杀。
因此武汉江汉大学研究动物行为的Sara Platto也担心，所有关于穿山甲来源的猜测，可能会驱使人们进一步杀死甚至消灭它们。