伦敦大瘟疫是1665年至1666年间发生在英国的一场大规模传染病（鼠疫）事件，超过八万人死亡，相当于当时伦敦人口的五分之一。这是继14世纪黑死病之后伦敦遭遇的最严重的瘟疫。雪上加霜的是，遭瘟的同时伦敦又遭遇大火，导致数十万居民无家可归。根据英国小说家笛福在《瘟疫年纪事》（1722）中的记载，瘟疫暴发前数年，市面上流行的《占星预言》早已让伦敦居民惶恐不安。瘟疫出现不久便开始迅速蔓延。
清教作家托马斯·文森特在《城市中上帝的可怕之声》（1667）中曾作过形象描述：“秋天到来时，人们就像那落叶，被可怕的风所摇撼……从来没有如此之多的丈夫和妻子共赴黄泉，也从来没有那么多的父母携带着他们的孩子一起踏上死亡之路。”之后每周死亡人数继续攀升，高峰期死亡人数达到每周七千人。到九月上旬，原本的欧洲第一大城市已然变为一座死城。
面对传染病的侵袭，数十万伦敦居民猝不及防，其中大量外来务工人员、行会学徒、男女仆人以及贫民和流浪汉等，境况最为凄惨。据记载：一户贫民母女一同感染瘟疫，因无钱治病，结果母亲发疯杀死婴儿后自杀。瘟疫引发大逃亡。率先出逃的是英王查理二世，他携王室内廷整体搬迁到牛津。紧随其后的是教士、律师以及学者。由于出逃之人可能携带鼠疫，使得周围城镇的人惊恐万状。
他们在当地治安官员带领下成立自卫队，采取关闭河道、封锁城门、把守交通要道等措施，将难民拒之门外，甚至投掷石块驱逐他们离境。有鉴于此，留驻伦敦的主要行政管理的人员在伦敦市长劳伦斯爵士的率领下，以枢密院名义发布抗击瘟疫的第一道命令：瘟疫死者的家属必须在房间内自行隔离40天。
由于疫情开始大面积扩散，枢密院被迫采取更为严厉的举措，即“按区隔离”，同时宣布所有居民严禁外出自由活动，由医生、药剂师和神职人员组成的“鼠疫医师”上门诊治。苦于医疗人手及资源严重不足，政府号召伦敦普通民众发扬互助精神，展开自救行动。伦敦行政机构对抗击瘟疫强有力的领导很大程度上归因于1603年英国议会通过的“关于被瘟疫感染人群的管理法案”。
痛定思痛，英国政府在史无前例的大瘟疫中逐步认识到，政府的医疗救治是辅助性的功能，更重要的在于制定卫生法规，管制医药行业，健全并完善卫生防疫体系，从而推进公共卫生科学化和现代化的进程。事实上，在疫病期间，除隔离之外，伦敦市政府已经着手构建公共卫生体系，包括安排专业人员“下沉”到居民区进行诊疗，发起志愿者清扫街道的“清洁运动”，编制每周死亡人数统计报表。
此外，大瘟疫也使得行政当局注意到民众的配合与支持是各项政策成败的关键。
综上所述，英国近现代制度真正的变革不在于王室，而是历经大瘟疫（以及伦敦大火）的洗礼淬炼出的行政机构及其公共服务体系。瘟疫是人类文明发展如影随形的衍生品。在危及英国国家生存的同时也“建构了一个现代社会”。在王权（逃离）缺位、政府力不从心的情况下，伦敦民众在自救互助的实践中不仅实现了个人主体性，而且与留守伦敦的市政当局及技术官僚阶层共同创建出一种崭新的社会共识。