小柯秀 | 一个会写科学新闻的机器人

作者: 赵路

来源: 中国科学报

发布日期: 2020-03-10

小柯机器人由中国科学报社与北京大学科研团队共同研发,旨在帮助科学家快速获取全球高水平英文论文的最新科研进展。最新研究包括外泌体作为细菌毒素诱饵、基于机器学习的手术低血压预警系统、以及用于识别和可视化单细胞分支的新算法。

“小柯”是一个科学新闻写作机器人,由中国科学报社联合北京大学高水平科研团队研发而成,旨在帮助科学家以中文方式快速获取全球高水平英文论文发布的最新科研进展。

美国纽约大学医学院Ken Cadwell和Victor J. Torres团队合作的最新研究,揭示外泌体可作为诱饵来提供针对细菌毒素的保护作用。3月4日,《自然》在线发表了这一成果。

先前表明,自噬蛋白ATG16L1对于宿主抵抗编码α—毒素的耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株是必需的,α—毒素是一种成孔毒素,其与多种靶细胞和组织表面上的金属蛋白酶ADAM10结合。自噬通常涉及将胞质物靶向溶酶体进行降解。研究人员发现ATG16L1和其他ATG蛋白通过在外泌体(内体来源的细胞外囊泡)上释放ADAM10介导了宿主针对α—毒素的保护作用。

细菌DNA和CpG DNA诱导人细胞以及小鼠分泌带有ADAM10的外泌体。体外实验表明转移的外泌体通过作为结合多种毒素的清除剂来保护宿主细胞,并且体内实验也证明其提高了感染MRSA小鼠的存活率。这些发现表明,ATG蛋白在感染后介导了以前未知的防御形式,即促进了外泌体作为细菌产生毒素的诱饵的释放。

荷兰阿姆斯特丹UMC的Alexander P. Vlaar小组,比较了基于机器学习的早期预警系统和标准治疗对择期非心脏手术中低血压深度和持续时间的影响。相关论文近日发表于《美国医学会杂志》。术中低血压与发病率和死亡率的增加有关。目前已研发出一种基于机器学习的早期报警系统对术中低血压进行预测。

为了探讨早期预警系统结合血流动力学诊断指导治疗方案在临床应用中是否能减少术中低血压,研究组在荷兰阿姆斯特丹的一个三级医疗中心进行了一项初步、非盲、随机临床试验,2018年5月至2019年3月,招募了68例计划行择期全麻非心脏手术的成人患者,均适应持续有创血压监测。将68例患者随机分配,34例接受早期预警系统,34例接受标准治疗。低血压定义为平均动脉压低于65mmHg至少1分钟。

低血压时间加权平均值定义为血压低于65mmHg的深度×低于65mmHg的时间÷手术总持续时间。最终有60例患者完成了试验。手术的中位时间为256分钟。干预组低血压的时间加权平均值为0.10mmHg,对照组为0.44mmHg,差异显著。干预组患者低血压的中位时间为8.0分钟,对照组为32.7分钟,差异显著。干预组未发生严重不良事件导致的死亡,对照组发生2例(7%)。

美国宾夕法尼亚大学Robert B. Faryabi研究团队取得一项新突破。他们开发了TooManyCells算法用于识别和可视化单细胞进化枝的关系。相关论文于3月2日发表在《自然—方法学》杂志上。研究人员开发了TooManyCells,这是一套基于图形的算法,可以高效、无偏倚地识别和可视化细胞的进化枝。TooManyCells引入了一个可视化模型,该模型基于概念与降维方法的正交。

TooManyCells还具有一种有效的无矩阵分裂分层谱聚类,它不同于普遍的单分辨率聚类方法。TooManyCells可以对单细胞进化枝进行多分辨率和多维探索。这种方法的优势是可以立即检测出优于大众的聚类和可视化算法的稀有和常见聚类,正如使用现有的单细胞转录组数据集和在白血病T细胞中获得新的耐药性数据建模数据所证明的那样。

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