古老的“幽灵”基因

作者: Arun Durvasula和Sriram Sankararaman

来源: 《科学进展》杂志

发布日期: 2020-02-23

研究揭示了非洲以外的人类基因组中存在不属于智人的DNA痕迹,特别是尼安德特人和丹尼索瓦人的基因。此外,新的研究发现现代西非人的基因血统中有2%到19%来自于一个在尼安德特人和现代人分化之前就已经存在的古人类种群,这表明非洲早期人类可能与某种古人类发生过混交。

人类学家和考古学家从多项对古人类DNA展开的基因组测序研究中得出过一个惊人结论,那就是在非洲以外的人的基因组中,都存在不属于智人的DNA痕迹。研究表明,在那些直接祖先不是来自非洲的人的基因中,有1%到2%来自我们最近但现已灭绝的近亲——尼安德特人;东亚人和大洋洲人也从智人的另一个近亲丹尼索瓦人那里,继承了一小部分血统。

虽然,我们对于尼安德特人和丹尼索瓦人的基因渗入了非洲以外的现代人体内一事,已经有了一定了解。但我们对于其他古人类物种的基因是否渗入了如今仍在非洲生活的人类中一事知之甚少。这是因为与热带非洲湿热的环境相比,欧亚大陆寒冷干燥的环境能更好地保存古DNA。尽管如此,我们对发生在非洲内部的古人类祖先之间的关系,以及他们与其他古人类物种之间的联系的理解正在加深。

2月12日,加州大学洛杉矶分校(UCLA)的人类遗传学家Arun Durvasula和Sriram Sankararaman在《科学进展》杂志上发表了一项新的研究,通过分析现代西非的4个人类族群,他们发现在这些人的基因血统中有2%到19%来自于一个古老的人类物种,而这种物种是一个在尼安德特人和现代人分化之前就已经存在的古人类种群。

这一发现对古人类的基因渗入研究提供了新的线索,它意味着,在非洲生活的早期人类可能也曾与某种古人类发生过混交。

我们知道,非洲之外的人类跨物种混交发生在我们的智人祖先从非洲扩张到新环境之后,他们与尼安德特人,以及丹尼索瓦人交配过。在上世纪80年代进行的一些早期基因研究曾主张,现代人类种群分布是由一次大约发生在10万年前的从非洲出走事件所导致的,但随着我们后来在现代欧亚人身上识别出尼安德特人和丹尼索瓦的血统之后,人类起源的故事开始变得更加复杂。

当然,现在我们仍然认为,对于非洲以外的现代人来说,我们的祖先有绝大部分(92%~98.5%)的确是源自于从非洲出走的人,但剩下的那一部分则源自于一些远古的人类物种——这些古人类物种的祖先早在数十万年前就离开了非洲。那么在非洲内部,又发生过些什么呢?

2017年,一组国际合作的研究人员对南部非洲的古DNA进行了研究,他们分析了16个来自曾生活在1万年前的古人类的基因组,比较了古代非洲人和现代非洲人的基因组适应性。得出结论认为,在大约10万年前的“走出非洲”事件发生时,非洲并不只有一个单一的人类种群,而是有着非常复杂的种群历史。

这一结论得到了今年1月发表在《自然》杂志上的一项研究的支持,这项研究检测了来自喀麦隆的4个古人类孩童的DNA数据,其中两个孩子大约埋葬于8000年前,还有两个埋葬于3000年前。结果表明,现在喀麦隆西部的人群并不是这4个人所代表的人类的后代。这表明,可以成为现代非洲人的祖先的古人类种群有很多。如今看来,还有可能存在着从远古人类祖先向古代非洲智人群体的基因流动。

一篇于1月30日刊登在《细胞》杂志的一篇论文指出,非洲人身上所具有的尼安德特人记号比我们之前以为的更强,出现这种情况的一种可能方式是,当时的人在走出非洲,与尼安德特人交配之后,又重新返回了非洲。

而在Durvasula和Sankararaman的这篇新论文中,他们还发现一个神秘的古人类基因也可能深入了西非人的直接祖先身上。

研究人员将尼安德特人和丹尼索瓦人的DNA与来自西非的4个人类种群的DNA数据进行了比较,并由此建立了一个可用于解释古人类和现代非洲人之间的关系的统计模型。有趣的是,他们认为西非人有部分基因组来自远古的人类物种,但这种古老人类物种不是尼安德特人,也不是丹尼索瓦人。他们的模型表明,这种血统属于一个我们目前还没有找到其基因组的古人类种群。

这种“幽灵”般的人类种群可能是在36万到102万年前,从人类与尼安德特人的祖先中分离出来的。这远远早于发生在43000年前将尼安德特人的DNA带回到西非的基因流动事件。这些时间线表明,这种幽灵般的人类物种与尼安德特人很像,它们曾在过去10万年间在非洲出现过。对此的另一种解释是,在非洲以外的地方也有这种古人类存在,并在他们迁移回非洲之前就与那里的种群杂交过。

现在,从事相关研究的基因学家和人类学家都希望能进行进一步分析,他们呼吁,应该对当代非洲人群展开更多的基因组研究。

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