为何男性痛风发病率高过女性？为何女性患过敏性皮炎概率高过男性？这可能是因为男性和女性身上菌群不同所导致的。“菌群性别组学”，或者叫“菌群性二型”的概念是2013年提出的，指的是人体菌群也存在性别差异。
不久前，中国科学家发表论文，揭示了男女菌群在15个位点（包括肠道、呼吸道、口腔、皮肤等）7个方面所存在的重要差异及其机制，为研究男女在对菌群相关疾病的易感性差异等领域提出了首个参考标准，从而在“菌群性别组学”研究领域取得基础性突破。诸多疾病的发生、发展离不开免疫与代谢，而菌群在调节免疫代谢中扮演着重要角色。
许多疾病与菌群失调有着密切的联系，包括肥胖、Ⅱ型糖尿病、炎性肠病（IBD）、结肠癌、痛风、乳腺炎、急性皮炎、牙周炎、肺纤维化、抑郁症、细菌性阴道病（BV）等，这些疾病被称为菌群相关疾病。而菌群的性别之分导致男女在对某些疾病易感性上存在差异。比如，女性皮肤的正常菌群多样性显著低于男性，这或许可以解释为什么女性患皮肤病，特别是过敏性皮炎的概率显著高于男性。