2020年2月11日，世界卫生组织（WHO）总干事谭德塞在世卫组织总部瑞士日内瓦举行的新闻发布会上，宣布将新型冠状病毒（2019-nCoV）感染引起的疾病正式命名「COVID-19」。同日，国际病毒分类委员会（ICTV）宣布新型冠状病毒的正式名称：严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）。然而，有关此次改名所引起混乱和争议，也随之而来。
2019年12月，「不明原因肺炎」在中国武汉出现。由于最初的感染者很少，再加上缺少相应的名称，注意到该病情的八名武汉医生以「SARS确诊病例」、「疑似非典」之名进行讨论。而起初注意到该病毒的国外研究机构则直接把新型冠状病毒称为「Wuhan coronavirus」（武汉冠状病毒）。
2020年1月7日，上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心和公共卫生学院、华中科技大学武汉中心医院、中国疾病预防控制中心传染病预防控制研究所、武汉疾病预防控制中心、澳大利亚悉尼大学等单位向顶尖学术期刊《自然》（Nature）提交有关新型冠状病毒的论文：《一种与中国呼吸道疾病相关的新冠状病毒》，研究团队将该病毒称为WH-Human 1冠状病毒（WHCV）。
1月12日，经全基因组测序确认为新型冠状病毒，WHO将其命名为「2019-nCoV」（2019新型冠状病毒）。不过很多人并不知道，这个新型冠状病毒的名称，只是临时性的。2月7日，国家卫生健康委发布关于新型冠状病毒肺炎暂命名事宜的通知，决定将「新型冠状病毒感染的肺炎」暂命名为「新型冠状病毒肺炎」，简称「新冠肺炎」；英文名称为「Novel Coronavirus Pneumonia」，简称「NCP」。
2月9日，中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽与复旦大学基础医学院分子病毒学实验室姜世勃教授在《中国病毒学》（Virologica Sinica）杂志上的一篇论文中建议，将最新病毒称为传染性急性呼吸综合征 (transmissible acute respiratory syndrome，TARS-CoV)。
2月11日，WHO宣布了该病毒引发的疾病正式命名「COVID-19」。对于新的疾病名称，WHO解释说，在 COVID 中，CO 表示 coronavirus（冠状病毒），VI 表示 virus（病毒），D 代表 disesse（疾病），19 代表 2019 年。值得注意的是，COVID-19 是该疾病的名称，而不是引起该疾病的病毒的名称。世界卫生组织总干事谭德赛出席新闻发布会。
就在 WHO 发布会同时，ICTV 专家组在其官网及预印版平台 BioRxiv 发布了有关病毒命名的详细说明。ICTV 冠状病毒研究小组的一篇论文显示。「根据该病毒的系统发生、分类学和惯例，国际病毒分类委员会正式认定该病毒为与严重急性呼吸综合征相关的冠状病毒 (SARS-CoVs) 的姐妹病毒，并将其指定为严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2（SARS-CoV-2）」。
也就是说，新冠病毒与我们所知道的 SARS 病毒，属于「近亲」。关于病毒和疾病名称的争议，也由此开始。很显然混乱来自 WHO 和 ICTV，因为它们采用完全不同的方式来命名。当然 SARS-CoV-2 也不是 WHO 满意的名字，WHO 也没有计划采用它。
根据相关世卫组织发言人在给 Science 杂志的电子邮件中写道：从风险沟通的角度来看，使用 SARS 这个名称可能给某些人群带来不必要的恐惧，特别是在 2003 年受到 SARS 爆发影响最大的亚洲，这可能会带来意想不到的后果。出于这个原因和其他原因，WHO 将继续使用「有关 COVID-19 的病毒」或「COVID-19 病毒」这一名称。
贾斯图斯·利比格大学吉森分校（Justus Liebig University Giessen）的病毒学家约翰·齐布尔（John Ziebuhr）称，根据最近的基因组测序，新病毒与导致 2002-2003 年 SARS 流行的病毒属于同一物种，该病毒被称为 SARS 相关冠状病毒。
这种病毒对世界其他地方来说可能是新奇的，于是该委员会的做法是在武汉和其他地方对从病人身上分离出的病毒附加了一个「2」，即命名为 SARS-CoV-2。但齐布尔同时提到，世卫组织已通知他，这个名字与疾病不太吻合，而且这种新病毒与 SARS 相比，感染率较低，死亡率更高，更常引起轻度疾病。
值得一提的是，如果这两个名字都被大家认可的话，那么将会首次出现病毒和疾病的名字不一致的现象。人们已经习惯了病毒和疾病的名字是一样的，比如天花病毒会引起天花，而艾滋病是由艾滋病毒引起的。突然一切变得都不一样了，因为 COVID-19 是由 SARS-CoV-2 引起的。
明尼苏达大学传染病研究与政策中心主任迈克·奥斯特霍尔姆（Mike Osterholm）表示他也不会使用 SARS-CoV-2 这个名字，他不认为这是一个准确的名字，实际上将一种完全不同的疾病（SARS）与该疾病（COVID-19）混淆了。但是齐布尔回应称，许多其他研究人员可能会开始使用新名称。
他说：「我从包括中国科学家在内的许多同事那里得到的积极回应……使我充满信心，在很短的时间内，病毒名称 SARS-CoV-2 将被研究界及其他广泛接受。」
对于此次的改名，上海复旦大学病毒学家蒋世波表示，尽管这两种病毒属于同一种类，但 SARS-CoV-2 的传播速度比 SARS-CoV 快得多，但致死率较低。SARS-CoV 病毒在夏季消退了，但没人知道在未来几个月中新的病毒会做什么。人们可能会认为它存在类似的行为，而且在夏天到来时可能会停止采取预防措施。
中山大学传染病研究人员孙才军表示，鉴于病毒快速传播的特点，他更倾向于将这种病毒命名为群体性急性呼吸综合征冠状病毒（clustered acute respiratory syndrome coronavirus，简称 CARS-CoV）或快速传播的呼吸系统综合症冠状病毒（rapid spread respiratory syndrome coronavirus，简称 RARS-CoV）。
然而并非所有人都对指定名称感到困扰。芝加哥伊利诺伊大学的病毒学家 Lijun Rong 认为：无论以何种名称命名都不会影响公众对疫情的反应。他说，人们只是希望病毒尽快消失，「名字就仅仅是名字」。那么，在过去，各种病毒是如何命名的呢？实际上，之前一些新发现的致病病毒的命名，多半带有地区的名字，也就是首先发现或分离出该病毒的地名。
比如 MERS，表示的是 Middle East respiratory syndrome（中东呼吸综合征），该病毒是 2012 年首次在中东地区发现的。于近年发现的致命埃博拉病毒（Ebola virus），首次发现于刚果民主共和国，Ebola 是当地一条河的名字。类似的新发现疾病，还有 Lyme disease（莱姆病），Lyme 则是美国东北部康涅狄格州的一个小镇。
2015 年，WHO 对于新发现的病原体或疾病，制定了新的规则。WHO 在一份新病原体或疾病命名的指导性文件中，要求科学家们在命名的时候，要注意避免命名给国家、经济和当地的人们带来一些不必要的负面影响。冠状病毒根据 WHO 发布的命名指导，建议一种疾病或病原体的名称，应该包括以下因素：基因的描述、和症状有关、影响的人群、严重性或季节性等。
如此看来，SARS 的命名，全称是严重急性呼吸综合征，虽然在 2015 年新规则前就命名了，但是却很符合 WHO 的指导意见。