了解演化的朋友应该都知道，只要往上追溯，任何两个生物都能追溯到某个共同祖先，而祖先还能继续溯源到祖先的共同祖先，最终构建起一棵足以囊括古今众生的演化之树。大家熟悉的演化树大概就是这个样子的。然而病毒却似乎不在这棵树上。大部分病毒的结构很简单，基本上就是一个蛋白质构成的外壳包着一些遗传物质，平时就与死物无异，一旦感染细胞，它们就将自己的基因注入宿主细胞当中，利用宿主细胞复制自身产生新的病毒。
这种奇怪的生活方式让我们难以将其置于演化之树的任何地方。病毒是生物吗？它们又从何而来呢？下面，我们就来看看病毒起源的三个假说。病毒的故事或许还要从远古说起。在那个了无生机的地球上，海洋占据了世界的绝大部分，而无垠的大海之下是数亿年连绵不断的火山活动。在某些机缘巧合之下，海水中产生了史上第一批有机大分子，从而点燃了生命的星星之火。生命最初或许就诞生在类似这样的地方。
慢慢的，有一些大分子，比如说RNA，DNA以及蛋白质开始或独立或彼此协作地复制自身，这个阶段可以称为“分子生命”。然而在一片祥和的分子生命中却产生了一个异类，那就是包括现存所有生物的最近共同祖先“露卡”（LUCA）在内的一些分子生命，它们发展出了一个改变了生命法则的结构，那就是细胞。
拥有膜结构的细胞可以更好地保护其中娇弱的RNA和蛋白质等核心大分子，极大增强了这些生物的适应力，意味着它们会把原始的分子生命摁在地上摩擦。而有一种假说就认为，病毒正是原始分子生命世界的遗民，它们在在最后一刻创造出了寄生的生活方式，反过来利用了敌人的细胞结构，宛如一群远古的复仇之魂，对于夺取它家园的族裔作着永恒的抗争。
这个假说一度十分盛行，毕竟病毒的构造是如此简单，乃至简陋，它们与细胞生命的差异又是如此巨大。基因这浓眉大眼的也能叛变？对，在这个假说里，基因为了让自己流传下去什么事情都做得出来。细菌中广泛存在一种名叫“质粒”（plasmid）的小片段环状DNA，这些基因基本上就是一群打工仔临时工，细菌随时可以从环境中吸收它们为己所用，也随时可以赶走它们。
于是在漫长的演化中，有些质粒学会了一件事：我们不要一辈子打工！这些质粒从打工仔变成了二五仔，反过来把它们的细菌老板给劫持了，夺走了细菌所有的营养来复制自身。随着时间推移，有些质粒就变成了病毒。进入21世纪以后，一系列发现开始让科学家愈发意识到病毒的起源还有别的可能性。
2003年，科学家发现了一种非常不讲道理的病毒——“拟菌病毒”（Mimivirus），这个病毒的体型达到了0.4到0.5微米，在显微镜下看都快跟细菌差不多了。引发这次疫情的冠状病毒都被认为是比较大的一类病毒了，体型也不到0.1微米。
从此，病毒与某些单细胞生物的界限开始变得模糊了起来，比如说“拟菌病毒”的结构与基因和一类叫做“古菌”的单细胞生物非常相似，唯一的不同是，拟菌病毒丢失了一部分自主完成细胞分裂的关键基因，所以不得不寄生在其它生物的细胞当中，利用宿主的细胞来生长繁殖。那么，病毒究竟应该是远古的复仇之魂，还是叛逃的基因，亦或是堕落的生物呢？这三种假说都有合理之处，同时也存在着不能解释的问题。
也许，病毒的起源故事远比这一切假说都更加复杂，甚至未必有着唯一的来源。我们可能永远也弄不清病毒从何而来，但是病毒却真真切切地在我们的演化中留下了深深的烙印。由于病毒无比强大的变异能力，我们永远也无法预测何时何地会出现一个对我们有致命威胁的病毒，最终逼得很多生物不得不采取一些用变异打败变异的手段。
“最好”的病毒，是既不引起太严重的症状（不然搞死了宿主自己也完蛋），但也不能太温和（毕竟宿主身上往往同时寄生着别的病毒，抢资源的时候该下的狠手还是得下）。所以在漫长的演化中，这种博弈会促使病毒最终与宿主达成某种默契，比如说人类与可能会引起普通感冒的鼻病毒就属于这种关系。但是，病毒会变异，有些变异会导致病毒的宿主改变。
病毒与新的宿主没有长期磨合的默契，就会出现“下手没轻没重”的问题，其中有些下手特别重的就会给宿主带来致命疾病。在长期的演化中，人类已经和那些从远古祖先开始一路陪伴的病毒达成完美默契了，与从家畜那里来的病毒，比如麻疹、流感等等，磨合得还不完美，但多少有点默契，所以极少引起很严重的疫情。唯独来自于野生动物的病毒跟我们丝毫没有一丁点磨合，因此引起大瘟疫的疾病几乎全部来自野生动物。