《自然》在线发表了中科院武汉病毒所石正丽团队和复旦大学张永振团队的两篇有关新型冠状病毒论文，分别分析了最初来自华南海鲜市场病人的样本数据。张永振团队通过海鲜市场的一名病人身上获得的病毒分析，获得了病毒基因组，结果显示，该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒密切相关。论文接收日期为2020年1月7日，论文接受日期为1月28日。
张永振及同事研究样本取自一名41岁的男性海鲜市场工人，论文展示了武汉疾病与控制中心的流行病学调查结果，市场除了销售鱼类和带壳类动物，还有各种野生动物，包括刺猬、獾、蛇和鸟类（斑鸠），并且充斥各种动物尸体和动物肉类。患者自述可能接触过市场上的野生动物，但没有接触过活禽。其于2019年12月26日在武汉一家医院住院，表现出呼吸系统疾病症状，包括发烧、胸闷和咳嗽。
联合使用抗生素、抗病毒药和糖皮质激素进行治疗，但患者表现出呼吸衰竭，治疗三天后病情无改善。研究对从患者收集的支气管肺泡灌洗液（肺分泌物）进行了基因组测序。他们在基因数据中鉴定出了一种新型病毒基因组（即新型冠状病毒2019-nCoV），并发现该病毒基因组与蝙蝠体内发现的SARS样冠状病毒SL-CoVZC45有89.1%的核苷酸相似性。
另外，研究将新冠病毒的基因组序列与两种冠状病毒基因序列进行了深度比较，包括人源冠状病毒SARS-CoV和蝙蝠源冠状病毒SL-CoVZC45。结果显示，新冠病毒基因序列中有典型的beta冠状病毒的DNA序列终端结构域，并且与SARS-CoV在多个开放阅读框（蛋白编码区域）是高度相似的。
研究对其完整病毒基因组的系统进化分析表明，该病毒与一组SARS样冠状病毒（Betacoronavirus属，Sarbecovirus亚属）最为相似。论文指出，根据以上数据推测蝙蝠仍然最可能是新冠病毒的天然宿主。但由由于海鲜市场中存在大量其他动物，到底这次新冠病毒是不是来自蝙蝠，具体的中间宿主是什么还需要进一步研究才能得出。
另一篇石正丽团队的研究对新型冠状病毒进行了鉴定和表征，揭示了其与严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒的相似性。这篇分析文章同样发现了新型冠状病毒来源于蝙蝠的证据，不过中间宿主来源还需要更多研究。论文接收时间为2020年1月20日，论文接受时间为1月29日。论文此前于1月23日发表在预印本网站bioRxiv。石正丽团队的研究分析了7例重症肺炎患者的样本，其中6人为武汉海鲜市场内的工人。
论文指出，临床医生最早根据临床症状及体温升高、淋巴细胞、白细胞减少(有时为正常)、胸片新发肺部浸润、抗生素治疗3天后无明显改善等标准，将这些患者确定为病毒性肺炎。论文将导致这种病毒性肺炎的病毒称作新型冠状病毒2019-nCoV。当然，在论文接收和发表期间，科学家也相继对新冠病毒的临床症状和病毒传播途径也有更多认知。这里讨论的内容都是基于论文获得样本和数据的时间。
研究者在其中5名病人身上获取的病毒全长度基因组序列彼此之间几乎完全一致（相似度超过99.9%），与SARS冠状病毒有79.5%的序列一致。此外，研究人员发现，新型冠状病毒在全基因组水平上与一种蝙蝠冠状病毒具有96％的同源性，即该病毒序列与一种蝙蝠冠状病毒在全基因组水平上相似度高达96%，表明蝙蝠可能是该冠状病毒的来源。
为了分析新冠病毒与SARS-CoV的关系，研究分析了两种病毒的七个保守的非结构蛋白的成对蛋白序列。结果表明新冠病毒的非结构性蛋白也存在于SARS冠状病毒中，表明该病毒是一种与SARS相关的冠状病毒。电镜下观测到的2019-CoV另外，论文确认了2019-nCoV进入细胞的路径与SARS冠状病毒一样，同样是通过ACE2细胞受体来完成感染。
从感染2019-nCoV的病人体内分离出的抗体具备在低血清稀释度下中和病毒的潜力。但是能不能用抗SARS病毒抗体来中和2019-CoV还并不清楚，研究指出，有关这一点需用SARS病毒感染中痊愈的病人的血清抗体来确认。这项研究指出，病毒最有可能的传播途径是通过个体的呼吸道，不过其他途径也不是没有可能，仍需更多患者数据来进一步研究传播途径。