1月31日，印度理工学院9名研究人员在预印本网站bioRxiv发表论文，声称在2019-nCoV突刺蛋白中发现了4个插入物与艾滋病病毒-1 gp120和Gag高度相似，由此推论新型冠状病毒为人造病毒的可能性大于自然进化的可能性，暗示该病毒可能来源于实验室。不过，2月2日，印度研究人员已将上述有关新型冠状病毒来源于实验室的论文撤稿。
此前，网上不断有各种版本的流言，或多或少都把此次疫情的发生与国内科研机构的实验室病毒标本泄露关联在一起。对此，2月2日下午，中国科学院武汉病毒所研究员石正丽在朋友圈说：“2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有关系。”《中国科学报》记者向她本人求证此条朋友圈消息属实，并获准通过本报发布。
同时，1月31日，《科学》也发布最新调查报道称，生物信息学家正努力用科学击败“阴谋论”。作为石正丽的长期合作伙伴，美国非盈利组织环保生态健康联盟疾病生态学家Peter Daszak在接受《科学》采访时表示，每当新疾病、新病毒出现时，都会产生诸如实验室泄漏或者生物工程制造一类的“阴谋论”。“这令人羞耻！”中山大学医学院院长郭德银也对《中国科学报》表示：“阴谋论从来不需要提供证据，但科学需要。
”目前，基于基因组序列对病毒在进化上的分析结果，为证明病毒来源于自然界提供了强有力的证据，足以击破人工合成的流言。1月11日，由复旦大学上海公共卫生临床中心暨公共卫生学院张永振教授领导的团队在virologic.org网站发布了第一个新型冠状病毒基因序列。第二天，另外5个来自不同患者的病毒基因组序列由国家卫健委领导的小组在全球共享流感病毒数据库GISAID发布。
随后，全球科研人员陆续公开分享更多患者的病毒基因组全序列，目前已有53例患者的病毒基因组全序列被共享在GISAID。国内一位病毒学专家告诉《中国科学报》：“这些病毒序列应用现代测序技术，从患者血清中就可以提取。”研究人员正在对这些病毒基因序列进行深入研究，试图了解新型冠状病毒的起源，以及它与在蝙蝠等其他动物中发现的病毒的进化关系。
华盛顿大学生物信息学专家Trevor Bedford告诉《科学》：“从病毒序列中得到的最重要的信息之一，是病毒一次性进入人体，然后进行人际传播。”对此，前述国内病毒学家解释：“这意味着，目前正在传播中的病毒来源于同一个‘祖先’，传播路径可能是病毒从动物偶然传染给某一个特定的人，发生了变异，然后开始人际传播。所以，如果能找到最早发生感染的‘零号病人’，病毒源头就找到了。
”据《科学》报道，一个可能的解释是，近期有一批动物被感染，通过感染某一个商贩把病毒带到人类。基因组序列显示，此次流行的新型冠状病毒nCoV-2019共有29000多个核苷酸碱基。研究人员将它与已知冠状病毒家族其他成员进行了比较，发现其与蝙蝠来源的冠状病毒关系最密切。
1月23日，中国科学院武汉病毒所研究员石正丽带领的团队在bioRxiv发表文章指出，与此前在云南中菊头蝠上检测到的蝙蝠冠状病毒RaTG13相比较，nCoV-2019在整个基因组中与其有96.2%的一致性，与SARS冠状病毒有79.5%的一致性。不过，Bedford分析，石正丽团队提出的RaTG13序列与nCoV-2019有近1100个核苷酸的差异。
他结合其他冠状病毒的假定突变率估计，这两种病毒在25到65年前有一个共同的祖先，RaTG13病毒突变为nCoV-2019可能需要几十年的时间。在“进化树”上拥有合理的位置，代表了这一病毒由自然进化而来。“对病毒这种仅由RNA构成的生物而言，基因组序列的差异就能展现其进化关系，为其来源于自然界提供了强有力的证据。”郭德银解释。
要认定病毒来源，通常采用“进化树”的方法，画出家族系谱图，还需要定量比较相似核苷酸的数量。专家们的共识是，1100个核苷酸的差异意味着，nCoV-2019从蝙蝠到人之间还存在1个或多个中间宿主。Bedford创建的冠状病毒家族系谱图，其中包括蝙蝠、果子狸、SARS和nCoV-2019序列。例如，SARS病毒起源虽然起源于蝙蝠，但果子狸冠状病毒与人类SARS病毒之间的差异只有10个核苷酸左右。
所以，这就可以推断，果子狸是SARS病毒的中间宿主。又如，2018年4月，石正丽联合军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所童贻刚团队、华南农业大学动物科学学院马静云团队等发现，导致2016年广州仔猪致死性疾病的SADS冠状病毒，与发生疫情猪场附近的蝙蝠洞穴中发现的冠状病毒全基因组序列一致性高达98.48%，从而认定这次疫情源于冠状病毒的跨种传播。
“进化树”分析带来另一个好消息是，目前为止分析的不同nCoV-2019序列之间最多只有7个核苷酸的差异。这不仅表明它是最近才一次性进入人类体内的，更表明它尚未发生明显的变异。不过，在其传播过程中，科研人员仍然没有掌握武汉华南海鲜市场发挥的作用，只能确定其在早期疫情中“推波助澜”。
“对于nCoV-2019从自然界中的某种宿主到中间宿主再到人，科学虽然难以以一种重现的方式去证明，却可以用确凿的证据，以完备的逻辑形成证据链，去确证结果。”郭德银最后强调。