《柳叶刀》最新论文:新型冠状病毒感染病例与源头分析

作者: 药明康德

来源: 药明康德

发布日期: 2020-01-31

《柳叶刀》最新发表的两篇论文分别对新型冠状病毒的感染病例和基因组进行了详细分析。病例分析显示,患者多为年长男性,且多有慢性疾病,症状以发热和咳嗽为主,治疗主要采用抗病毒和抗生素疗法。基因组分析表明,病毒与舟山蝙蝠体内的冠状病毒最为接近,但可能通过未知野生动物传播给人类。

昨日,权威医学期刊《柳叶刀》在线发表了两篇关于新型冠状病毒的最新论文,一篇涵盖病例分析,另一篇侧重基因组分析。下面是两篇文章中的关键信息。

第一篇感染病例分析

患者特征逐渐明朗不到一周前,《柳叶刀》同样在线发表文章,分析了41例确诊感染的病例。今天的这篇文章,则将分析的病例数增加到了99例。对照两篇文章的数据,患者特征也愈发明朗起来。

本次的研究为回顾性分析,患者均为在今年1月1日至1月20日,在武汉金银潭医院接受治疗的确诊患者。分析表明,有49名患者曾有华南海鲜市场的暴露史,占比为49%。其中,有47名患者具有长期暴露史(大部分为市场销售人员或市场管理人员),2名患者只有短期暴露史(顾客)。相比之下,上周的《柳叶刀》论文中,这一比例为66%(27名患者/41名患者)。

从患者的性别和年龄特征上看,本次分析的病例中,男性占了多数,共67名(68%)。这一比例与之前的数据(73%)相当。而从年龄分布上看,最新数据的年龄中位数为55.5岁,较先前的49.0岁有所上升。世界卫生组织在上周的新闻发布会中多次提到,这次的感染病例中,有不少具有基础疾病。本次的分析结果与这一观点具有一致性。

分析表明,在这99名患者中,有50名患者同时具有心血管疾病、内分泌系统疾病、消化系统疾病等慢性疾病,占比约为51%。这些基础疾病可能削弱了他们的免疫系统。值得一提的是,上周的《柳叶刀》文章中,这一比例仅为32%。本篇论文的作者们在讨论环节指出,这些分析结果表明,新型冠状病毒更有可能感染那些具有慢性疾病(免疫功能较弱)的年长男性。

症状与治疗

在本篇论文中,作者们也介绍了这些患者的常见症状,和常用的治疗方案。数据表明,有83%的患者出现了发热,82%的患者有咳嗽。这两者是最为常见的临床特征。相比之下,其他的一些疾病特征则相对比较少见——有31%的患者出现了气短,11%的患者出现了肌肉疼痛,这些都没有超过半数。而剩余的一些症状,则占比不超过10%。在治疗方面,大约四分之三的患者(76%)接受了抗病毒疗法。

这篇《柳叶刀》论文介绍说,患者使用的药物包括奥司他韦(oseltamivir)、更昔洛韦(ganciclovir)、以及最近引起广泛关注的抗HIV感染疗法洛匹那韦/利托那韦(lopinavir/ ritonavir)。与此同时,有70%的患者接受了抗生素治疗,有15%的患者接受了抗真菌治疗。这些是为了应对患者出现的其他感染。

一些讨论论文的最后,作者们根据数据,做了一些相关的讨论。

首先,他们讨论了一些“未知”。我们知道,无论是SARS病毒,还是MERS病毒,都从蝙蝠身上起源,且经过中间宿主传染到人类。然而目前我们还不清楚,本次新型冠状病毒的来源究竟是何方。另外,病毒的具体传播率也依然不得而知。其次,他们讨论了感染的死亡率。从本篇论文的数据来看,99名患者中,有11名在论文发表时已经死亡,死亡率为11%。

这一死亡率与SARS感染相当(10%),但不如MERS感染那么严重(35%)。作者也指出,随着时间的推移,正在住院的患者中,可能还会有新增的死亡病例。而从卫生应急办公室发布的最新公告来看,31个省(区、市)的累计死亡率为2.2%,现有的重症病例率为20.7%。作者们还根据实验室检测的结果,指出大部分患者的淋巴细胞计数有所降低。

这可能是因为在感染之后,体内的细胞因子风暴引发了一系列免疫反应,导致淋巴细胞的数量发生变化。这些结果表明本次新型冠状病毒可能会影响到淋巴细胞,与SARS类似。而较低的淋巴细胞计数,或许也可以成为临床诊断的参数之一。

结语

正如作者们在论文最后所言,本篇论文的样本数虽有增加,但和总确诊病例相比,依然较少。此外,疑似病例的情况也尚未考虑在内。这些信息只能让我们窥见新型冠状病毒感染的早期特征。我们也期待随着更多分析结果的出炉,科研人员和医务人员们能更好地了解这种疾病,更好地对其进行诊治和防控!

第二篇基因组分析

与舟山蝙蝠病毒最接近

在这项研究中,科学家们从9名患者的支气管肺泡灌洗液与培养物中分离出了样本,进行基因测序工作。从这些样本中,科学家们一共拼接出了8个完整的病毒基因组,以及2个部分完整的病毒基因组。在获得了这些基因组信息后,研究人员们首先比对了它们之间的基因序列。比对结果表明,这8个完整的病毒基因组高达99.98%,几乎完全一致!

考虑到病毒本身较容易突变,这个比对结果告诉我们,从病毒感染人体到医务人员对病毒进行系统性的检测,这中间相隔的时间极短。蝙蝠是许多冠状病毒的野外“储存库”|Pixabay

那么,这些病毒从何而来呢?这篇论文的作者们将其他已知的冠状病毒基因组也纳入了比对的范畴,这也包括了知名的SARS病毒和MERS病毒。比对结果表明,与新型冠状病毒完整基因组序列最为接近的,是2018年在浙江省舟山市的蝙蝠体内分离出的两株病毒,相似性达87.99%。相比之下,新型冠状病毒与SARS和MERS病毒的序列就没那么相像,相似性分别为79%和50%。

基因序列说明了什么?

在进一步的分析中,这些病毒的基因组序列向我们透露了更多细节。先前对于冠状病毒的研究表明,其表面的S蛋白在病毒的感染和传播上有着非常重要的作用。S蛋白可以分为两部分,一块叫做S1亚基,负责和细胞表面的受体结合;另一块叫做S2亚基,负责“钻”入细胞。前面我们提到,与舟山蝙蝠体内发现的两株冠状病毒相比,此次新型冠状病毒的基因组序列相似性很高。

而在S蛋白上,科学家们则看到了一个很有意思的现象——负责“钻”入细胞的S2亚基,与蝙蝠病毒的相似性达到了93%;而负责识别细胞受体并与之结合的S1亚基,相似性则只有68%。这也表明在感染人类上,新型冠状病毒可能有着其特殊性。那么,这种病毒究竟结合的是什么受体呢?研究人员们发现,尽管与SARS病毒总体而言相似性不是那么高,但在S1亚基上,两者却有着不少保守的氨基酸。

基于这些结果,辅以计算机模型,研究人员们猜测新型冠状病毒可能和SARS病毒一样,结合的是人体的ACE2受体。但他们也指出,一些SARS病毒用于和ACE2结合的氨基酸位点,却在新型冠状病毒中发生了变异。因此它也有可能结合我们目前未知的某种受体。

其他的一些讨论

在分离用于测序的样本时,科研人员们也对患者的来源进行过汇总。这9名患者中,有8名在华南海鲜市场有着暴露史,表明他们有可能是在市场内接触到了感染源。然而,第9名患者却从未去过华南海鲜市场,如何感染病毒尚不明确。目前我们尚不清楚第9名患者如何感染病毒|数据来源:参考资料[3];制图:药明康德内容团队。完整数据请访问参考资料[3]

作者们做了两种可能性的分析。

首先,由于这名患者曾住在华南海鲜市场附近的宾馆,可能通过飞沫传播,感染上了这种病毒;又或者,这名患者体内的病毒来自某个目前还不明确的来源。现在,我们无法区分这两种可能性。

在后续的讨论中,本文的作者们表示,新型冠状病毒和蝙蝠中分离出的病毒序列最为相似,但不大可能直接由蝙蝠传染给人类,理由如下:首先,去年12月,我们才听到有感染病例的消息,而武汉的蝙蝠在当时大部分已进入冬眠;其次,华南海鲜市场中并没有发现贩售蝙蝠的现象。

相反,很多“非海鲜”的动物却见在其中贩售,包括可能作为中间宿主的哺乳动物;第三,尽管新型冠状病毒的序列和蝙蝠中分离出的序列最为相似,但两者的相似程度依旧不到90%,表明舟山的蝙蝠体内找到的病毒,不大可能是本次疫情的直接病毒来源。相反,现有的病毒应来自其他的来源;最后,我们已知的两种严重的冠状病毒SARS和MERS,虽然最初的病毒储存库都是蝙蝠,但均通过中间宿主传给人类。

综合来看,研究人员们认为,本次新型冠状病毒可能最初也同样来自某种蝙蝠,然后通过某种在华南海鲜市场贩售,目前还未知的野生动物,传染给了人类。作者们也在文章的最后指出,本次疫情的爆发,再次强调了野生动物体内未知病毒对人类的潜在威胁。

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