2020年1月26日，《科学》杂志发文质疑普遍认为的武汉海鲜市场是新型冠状病毒起源地的说法，其证据如下：首先时间不匹配。作者认为刚刚发表的《柳叶刀》上的案例分析列出来的41个病人中，最早的案例是2019年12月1日，没有证据表示这个病例与武汉华南海鲜市场有联系。同时，这41人中总共有13例都与海鲜市场无关。
据中国卫生组织和WHO报道，第一例病人是12月8日出现症状的，而与“大部分”病例相关的海鲜市场是1月1日才关闭的。乔治城大学（University of Georgetown）著名传染病专家丹尼尔·卢西（Daniel Lucey）认为，如果关于疾病潜伏期的最新数据是正确的，那么第一例病人应该在11月就已经被感染；如果这样，那么新型冠状病毒可能在12月底发现的海鲜市场相关的聚集病例之前就已经出现。
其次数据的准确性。卢西认为《柳叶刀》杂志的文章数据也对中国最初一波数据的准确性提出了质疑。疫情开始初期，公开信息的主要官方数据来自于武汉人民医院，他们指出1月11日有41例病人，并且是仅有的确诊病例，数据一直到1月18日都没有变化。武汉人民医院并没有表示海鲜市场为起源地，并重复性地认为，此疾病并没有人人传播，大部分病例确实与海鲜市场有关。
卢西对《科学》杂志表示，“中国一定已经意识到这一流行病并不起源于武汉华南海鲜市场”。除此之外，斯克里普斯研究中心（Scripps Research Institute）生物进化专家克里斯蒂安·安德森（Kristian Anderson）分析了2019-nCoV的影响后，试图明确它的起源。
他认为可能有三种情形：有人在海鲜市场外感染然后将病毒带到了海鲜市场，这与目前报道的数据还是一致的；另外两种情况则是一群动物或者一个动物感染后又进入了海鲜市场。1月25日，安德森在一个病毒学研究网站上发布了他的研究：关于2019-nCoV的27个可能的基因组数据分析，该数据认为，它们有一个“最近的共同祖先”——早至10月1日就开始了。
对于上面的质疑，《柳叶刀》上文章的通讯作者、北京首都医科大学的曹彬教授和其他共同作者回复道，“华南海鲜市场似乎并不是病毒的仅有起源地；实话说，我们现在还不太清楚病毒到底从哪里来”。卢西注意到，MERS最初被认为来源于2012年6月的一名沙特阿拉伯的病人，但后来的研究追溯到2012年4月约旦一所医院所爆发的无法解释的肺炎病人上。经研究发现，死于约旦的两名病人保存样本证明了他们确实感染了MERS病毒。
因此，卢西建议，追溯中国人和动物的血液样本，包括其他动物市场摊贩，可能会揭示出2019-nCoV的真实起源。他说：“在这些错综复杂的数据中，应该会有一个清晰的信号。”