据新华社长春12月30日电，吉林省松原市中级人民法院12月30日公开开庭审理中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及张磊贪污一案。公诉机关指控：被告人李宁系中国农业大学教授，担任中国农业大学农业生物技术国家重点实验室主任、中国农业大学生物学院李宁课题组负责人，还担任多项国家科技重大专项课题负责人。被告人张磊系中国农业大学农业生物技术国家重点实验室特聘副研究员、科技部多项课题负责人。
被告人李宁同张磊利用其管理课题经费的职务便利，自2008年7月至2012年2月期间，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，贪污课题科研经费共计人民币3756万余元。上述款项被李宁、张磊转入李宁实际控制的公司占为己有，并投资其他多家公司。
庭审中，公诉机关出示了同案被告人张磊的供述、证人证言以及用于套取科研经费的虚假合同、发票等书证，还出示了司法会计鉴定书等，李宁、张磊及辩护人进行了质证。控辩双方在法庭主持下充分发表了意见。李宁对指控的犯罪事实进行辩解，张磊当庭表示认罪悔罪。李宁、张磊还进行了最后陈述。庭审结束后，法庭宣布休庭，择期宣判。
备受关注的院士涉嫌贪污案，2012年初，国家审计署对中国农业大学的科研经费进行审计，查出部分项目用假发票报账，随着审计的深入，审计署查出李宁课题组存在870万元的科研经费违规报销问题。同年5月，课题组返还中国农大703万元。之后，在2013年5月，北京市检察院进行了调查，但未立案。2014年5月，吉林长岭县的检察人员来到北京，最高检察院指定松原市人民检察院继续侦查李宁课题组科研经费问题。
之后，李宁的助手张磊因涉嫌犯贪污罪于5月30日被长岭县公安局执行逮捕。张磊曾是李宁的博士生，毕业后在李宁创立的北京济普霖生物技术有限公司和北京济福霖生物技术有限公司任副总经理，李宁是这两家公司的总经理。
2014年10月31日，最高人民检察院反贪污贿赂总局局长徐进辉在新闻发布会上称，中国工程院院士李宁涉嫌利用职务便利，以虚假发票和事项套取科研经费转入本人所控制公司的方式，先后涉嫌贪污公款2000余万元，已于6月被正式批捕。2015年4月，松原市检察院就李宁案，向松原市中院提起公诉。2015年8月20日和21日两天，松原市中级人民法院一审开庭审理。
松原市人民检察院指控李宁伙同张磊利用其管理课题经费的职务便利，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，将人民币3750多万元的结余经费非法占为己有。这也是直到2019年12月30日开庭之前唯一的一次开庭，距今已4年多。
李宁案之所以引人注目和他的院士身份不无关系。他在2007年当选为中国工程院院士，年仅45岁。2015年1月，中国工程院主席团审查确认，暂停李宁的院士资格。
2018年末至2019年初，沈国舫、任继周等15位中国工程院及中国科学院院士，曾联名致信最高人民法院院长，希望尽早审结李宁院士案。2019年7月，沈国舫再次发信，“希望司法界人士能挺身而出做出决断！”据《经济观察报》此前的报道，该联名信说，“因为工作原因，我们对李宁有过一些接触，对他的为人和学识有一定了解。
李宁是我国动物生物科技领域不可多得的领军科学家，在国际和国内都享有较高的声誉……李宁已被羁押超过四年，距一审开庭也已三年多，竟然至今没有判决结果，只是一次又一次延期羁押，而且相关部门也未批准取保候审。正如《光明网》评论员文章所说：从法律程序上看，在四年羁押期内审而不判的状况，已超出相关法律规定的最长审限”。
该联名信还说，“李宁是党和国家多年培养的动物生物学方面的领军科学家，在动物生物反应器和动物生物育种等领域取得了国际领先的科技成果，但是由于李宁作为领军科学家的长期缺席，目前这些成果及前期投入都面临荒废的窘境，令人惋惜！
”“我们认为，如果司法机关有确凿证据证明李宁涉及犯罪，宜尽早依法判决；如果无充分证据证明李宁有罪，自然应该按照法律疑罪从无的规定判决无罪，让其回到工作岗位，参与科技创新，继续为国效力。”
李宁的辩护律师认为，李宁案的发生与当年科研经费管理制度不合理密切相关，2014年之前的科研经费管理制度，要求每年年底未用完的经费以及结题后的结余经费都应上交，但由于新一年的课题经费经常出现较长时间的滞后，迫使很多科研人员用假发票等形式将经费留用，以解决来年经费断档期的经费使用问题，否则将导致课题无法继续进行。具体到李宁案中，他为实施科研项目而饲养的那些实验动物，都将因科研经费断档，而无法维持养活。
而在2014年之后，中国对于科研经费的管理，已经做出了较大的调整。2016年7月，最高人民检察院印发了《关于充分发挥检察职能依法保障和促进科技创新的意见》，明确规定：“为科研机构和科技工作者营造良好创新环境，提供有力司法保障”；“对于法律和司法解释规定不明确、法律政策界限不明、罪与非罪界限不清的，不作为犯罪处理”；“没有徇私舞弊、中饱私囊，或者没有造成严重后果的，不作为犯罪处理。
在科研项目实施中突破现有制度，但有利于实现创新预期成果的，应当予以宽容。”
评论：李宁案是个风向标，中国科学院科技战略咨询研究院研究员肖尤丹认为，李宁的案件是当前我国科技体制改革全面进入深水区过程之中一个有着特别典型意义的司法案件。
一方面科研项目管理问题，由于某些观念惯性往往被局限于学术共同体或者科技管理部门内部，且常常由于科技体制机制改革和政策调整，而处于并不稳定的变化之中，因此绝大多数科研项目管理问题被限制在政策管理层面予以处理，在不存在重大社会影响或非常严重情节的情况下，少有直接进入司法途径、并产生巨大社会影响力的刑事案件。
但是，这一案件表明前沿科技创新活动、乃至大科学家与法治、司法并不绝缘，从而进一步引发科技领域体制机制改革的探索性、突破性与刑事法律的制度刚性和确定性之间的重大冲突。事实上，与一般性法律明显脱节是科技政策文件的常见现象，无论是政策适用对象、规范关系，还是政策用语，都与法律概念、法律关系存在明显差别，甚至难以对应，这就导致在科技领域中以管理关系代替法律关系，几乎成为了常态。
比如，课题负责人（PI）更多是以科技活动组织主体的身份出现在科技政策中，至于这个身份能不能使其成为或者如何成为“受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员”则几乎从未被提及。
另一方面，政府科技项目投入作为某种导向，在更多时候仅被视为对科技进步的促进和对科研人员的激励，很多政府项目资助本身也直接体现为国家给予科研人员的荣誉和奖励，而并不是某种法律责任，更不是有牢狱之灾的刑事责任。
但从目前媒体披露出的情况来看，李案的核心就是科研项目经费使用导致的刑事责任问题，这些财政资金在看似促进科研活动的同时，更给那些并不擅长处理财务问题的科学家们带来了巨大的管理麻烦，甚至导致了严重的法律后果。问题看起来似乎集中在财政经费是否是国有财产和这些经费使用是否合法合规上，但这其实并不是关键。
同样，作为国家财政投入的奖学金、助学金，却并不会因为这些经费被取得者拿来吃饭或者买衣服等非教育目的，就要求他们承担侵占或者挪用财政经费的法律责任。这说明，问题的核心是提供科研经费这一行为的法律性质。但是很遗憾，长期以来利用财政资金设立科技项目资助科研活动的法律性质并不明确清晰，笼统的政府科技投入一词完全掩盖了政府与受资助单位及科研人员之间极为复杂的法律关系。
与市场化的合同委托研发不同，在绝大多数情况下，政府科研项目本质上并不是合同委托研发，而是附条件的无偿资助或者资金捐赠。虽然同为财政投资，科研项目资助经费和公共基础建设投资、政府购买服务、政府部门基于特定公共管理任务委托研发工作等并不是一回事。
本质上，政府并不是研发成果的使用方，也无法直接通过研发成果弥补投入，而是借助研发资助实现培养锻炼科技人才、提高全社会科技创新能力以及向全社会提供了知识公共品的公共政策目的。因此，可以说李宁案暴露最大的问题就是，在从计划经济时代向市场经济时代转型过程之中，在科技管理领域中，对于科研项目经费到底是一种行政资源工具，还是一种市场性创新要素，在理解上出现了重大偏差。
在科技体制改革进入深水区之际，李宁案确实是一个很重要的风向标——我们该如何看待政府对科技创新活动的投入及其效益和影响？尤其是在那些并不是跟跑的，新业态、新技术、新领域当中，我们是不是要有新的、更符合科研规律和市场规则的法律监管手段，或者是不是要采取更审慎包容的监管立场？李宁案的背后，实际上是一系列涉及到我们今天科技体制改革的更深层次问题。