在21世纪初，地球上还生活着5种真正的淡水豚：中国长江流域的白鱀豚和长江江豚，印度、尼泊尔、巴基斯坦等地的恒河豚，南美亚马孙河的亚马孙河豚，以及巴西阿拉瓜亚-托坎廷河流域的阿拉瓜亚河豚。相比于生活在近岸或远海的鲸豚，淡水豚生活在被陆地包围的淡水中，离人类更近，更容易受到来自人类的全方位的影响。2006年，生活在中国长江的白鱀豚因种种原因多年未被再次发现，被宣告功能性灭绝。
人们开始把关注目光转到剩余的淡水豚身上，尤其是生活在人口同样密集的恒河流域的恒河豚恒河亚种。恒河豚于1801年被发表，目前被分为两个亚种，分别是分布在印度河流域的印度河亚种和分布在恒河流域的恒河亚种。两个亚种的恒河豚在形态上差异不大，都具有修长的鳍状肢、宽大的尾鳍和长且明显的吻部，吻部长度通常可以达到身体长度的20%以上。
吻部上下颌都长有许多长而尖的牙齿，这些牙齿不具备咀嚼功能，主要作用是固定住猎物防止它们逃脱。吻部末端是恒河豚异常小的眼睛。由于缺乏晶状体，这对小眼睛看不见具体的物体，只能用来感知光的方向。不过幸好它们不依赖视觉，而是依靠回声定位系统来探索世界。和其他依赖回声定位的鲸豚类不同，恒河豚使用回声定位时通常是侧身游泳的，这可能与它们生活在较浅的水域有关。
恒河豚可以长到2～2.6米长，51～89公斤重，是它们所在的河流生态系统中绝对的顶级捕食者。灵活的游泳能力、回声定位系统加上带有尖牙的长长吻部，让它们可以在浑浊的河水中轻易找到并捕获猎物。在它们的食谱中，鲶形目鱼类和鲤科鱼类构成了主要部分，其它还包括舌虾虎鱼、恒河黄鲫、虾蟹和贝类等。恒河豚通常独居，但有时也会因为食物聚集成短暂的小群体。它们的寿命在20年左右，一般在10岁左右达到性成熟。
在一年之内的任何时候，恒河豚都可以繁殖；在交配之后，雌性要经历8～12个月的怀孕期才会产下一头宝宝。初生的小恒河豚体长在70厘米左右，它们还要跟随母亲数个月学习捕猎，直到完全断奶。断奶后的小恒河豚会离开母亲，独自生活。但是，它们的日子会好过吗？严重的水体污染，是它们首先要面对的第一个难题。恒河豚恒河亚种生活所在的恒河流域，是世界上人口最为密集的河流地区，在这片流域上生活着约4亿人。
稠密的人口意味大量的污染。沿岸有30个城市、70个城镇和数千个村庄，每天排入恒河的污水约有13亿升；沿岸的数百家工厂，每日的排放的未经处理的污水亦高达2.6亿升。此外，包含了大量化肥和杀虫剂的农田灌溉的废水，通过径流也最终流入恒河。同时，恒河还有很强的宗教意义。在印度教教徒眼中，流动的水意味着圣洁，在恒河里洗浴便可以洗去一身的罪孽。
遗体火化仪式也经常在恒河边举行，火化后的骨灰直接洒入恒河，这被认为可以帮助死者得到更好的来世。在种种因素的共同作用下，恒河目前是世界上污染最为严重的河流之一。严重的污染造成了恒河部分河段中的浮游生物、甲壳动物、软体动物和鱼类受到污染。食物链的富集作用又让一些有毒物质在顶级捕食者恒河豚体内累积，最终造成恒河豚死亡——人们已经在恒河豚体内发现重金属、有机氯农药、多氯联苯等污染物累积。
兴建的水坝和拦河坝，是恒河豚要面对的第二个难题。Anderson在1879年最早对恒河豚的分布进行过描述，他认为在整个恒河流域的所有干流和支流，包括河口到上游部分都有恒河豚分布。而现在，恒河豚的分布范围已经缩小到恒河流域的一些较大的支流中。为了蓄水兴建的大坝和拦河坝，将原本联通的恒河豚种群分割成了一个个碎片化的小种群。
一些小种群因筑坝导致的食物短缺消失了，而一些恒河豚则被困在两条拦河坝之间，无法跨越。1962年，孟加拉国在卡纳普里河上修筑了卡帕蒂大坝。在大坝修筑位置的上游曾经还有许多恒河豚存在，如今已经全部消失了。而在大坝下游，恒河豚虽然还没有消失，但它们的数量也正在减少。除了栖息地被分割，因拦河坝导致的枯水期水流量减少，也困扰着恒河豚。恒河所在的南亚次大陆是明显的季风气候，有明显的雨季和旱季之分。
在高温少雨的枯水期，为保证灌溉修筑的拦河坝拦住了大量河水，而这让恒河豚的游动和迁徙都成了问题。渔业捕捞造成的兼捕，是恒河豚要面对的第三个难题。渔网的材质大多为尼龙绳，它们不容易反射恒河豚发出的声波。因此，利用回声定位且视力欠佳的恒河豚会因为不能探测到渔网的存在，而被渔网缠住。恒河豚是哺乳动物，它们隔几分钟就需要到水面上换气，如果不能及时摆脱渔网，它们就会溺水死亡。
在恒河巴特那和法拉卡拦河坝之间的河段中，每年有近100只恒河豚命丧于刺网的死亡缠绕。人类的捕杀是恒河豚要面对的第四个难题。当地人认为恒河豚油具有治疗风湿病的作用，因此很久以前人们就开始猎杀恒河豚。此外，恒河豚油还被用作钓取具有高食用价值的加鲁鲱鲶的诱饵。鉴于种种现状，在20世纪90年代，世界自然保护联盟将恒河豚的保护等级从易危调整至濒危。
在印度1972年颁布的《野生动物（保护）法案》中，恒河豚被列入附表一；2009年，印度政府又宣布恒河豚为国家水生动物，恒河豚在印度的9个保护区内受到保护。同样是在2009年，世界自然基金会印度分会对恒河与布拉马普特拉河流域约6000千米长河道内的调查表明，印度的恒河豚少于2000头。在白鱀豚被宣布功能性灭绝之后，许多关于恒河豚保护的文章，都将白鱀豚的例子作为警示。
所幸的是，对于恒河豚来说，这个时候还不算太晚。恒河豚所面临的污染、生境破碎和兼捕问题已经十分明显。科学家们也提出了如增大对恒河豚监测力度、迁地保护、进一步限制恒河豚栖息地渔业作业等保护建议。至于具体的效果如何，还要看印度和孟加拉国当地政府的努力了。而在白鱀豚被宣布功能性灭绝十几年后的中国，一项关于长江流域全面禁止捕鱼的措施即将在2019年底开始实施。
这对于目前已经严重衰退的长江流域水生生物资源是一件好事。虽然白鱀豚不能再回归我们的视线，但长江里还有长江江豚，它们应该不会再离开了吧。