当古DNA技术被引入人类学研究后，一系列新的成果逐渐揭开了中国人的起源之谜。我们的祖先在5万年从非洲走出后，带着优异的素质迅速取代了沿途的古人类，迁徙到长江流域和黄河流域，独立发展出了农业文明。而随后的扩张和融合，则奠定了整个中国，甚至东亚的格局。
在追问现代人的起源和迁徙路线时，向亚洲迁徙的这些分支一直保留着浓厚的神秘感，这不仅是因为相关的区域缺少研究数据，融合、扩散和再融合的现象也让问题本身变得非常复杂，甚至呈现出了一些相互矛盾的信息。
东亚是一片涵盖巨大的地理区域，包含了中国、日本、东南亚等地，是人类演化的重要舞台之一。世界上超过三分之一的人口在这片区域生活，保留的语言种类也达到了相似的比例。至少在19 000 年前，陶器从这里诞生；至少在15 000 年前，人类从这里迁入美洲；至少在9000 年前，农业从这里独立发展出来。
在欧亚西部，关于这段历史的宏大叙事是这样的：大约在5万年前，现代人类学会了制作复杂的石器工具。在这些属于旧石器时代晚期的工具中，有一种非常具有代表性。它是用预制好的石核，通过全新的方式打造的，整体更细长，边缘也更锋利。
在东亚地区，古人类学家的发现有些不同。大约4万年前，现代人迁徙到了中国和印度东部的广阔地区，他们在当地引起了巨大的文化行为变化。当地开始出现复杂的骨器、装饰用的贝壳项链和穿孔兽齿，以及世界上已知最古老的洞穴艺术。
2009年，有科学家公布了第一项关于现今东亚人的基因组调查，这项大规模调查涵盖了近2000人，大约来自75个群体。其中有一项结果特别值得关注：东南亚人的遗传多态性比东北亚的要高一些。他们认为，有一支独立的现代人首先迁徙到东南亚，然后再向北进入中国以及其他地方。
中国是世界上为数不多独立发展出农业的地区之一。考古证据表明，从大约9 000年起，古人就在中国北部的黄河流域种植水稻和其他作物了。大约在同一时期，中国南方的长江流域也有另一群人开始种植这些农作物了。长江流域的农业文明沿着两条路线往外扩张：一条大陆路线，在大约5 000年前到达越南和泰国；一条海洋路线，在同样的时间抵达了中国台湾地区。